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- PDB-5ts2: Crystal structure of a phosphopantetheine adenylyltransferase (Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ts2
タイトルCrystal structure of a phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD, PPAT) from Pseudomonas aeruginosa bound to dephospho coenzyme A
要素Phosphopantetheine adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / coenzyme A biosynthesis / PPAT / CoaD / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


[citrate (pro-3S)-lyase] ligase activity / pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Citrate lyase ligase, C-terminal / Citrate lyase ligase C-terminal domain / Phosphopantetheine adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEPHOSPHO COENZYME A / Phosphopantetheine adenylyltransferase / Phosphopantetheine adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a phosphopantetheine adenylyltransferase (CoaD, PPAT) from Pseudomonas aeruginosa bound to dephospho coenzyme A
著者: Edwards, T.E. / Davies, D.R. / Fairman, J.W. / Lorimer, D. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2016年10月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
D: Phosphopantetheine adenylyltransferase
E: Phosphopantetheine adenylyltransferase
F: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,55525
ポリマ－112,9606
非ポリマー4,59519
水3,405189
1
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
D: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1758
ポリマ－37,6532
非ポリマー1,5226
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area15110 Å2
2
B: Phosphopantetheine adenylyltransferase
E: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1758
ポリマ－37,6532
非ポリマー1,5226
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5130 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area15040 Å2
3
C: Phosphopantetheine adenylyltransferase
F: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2069
ポリマ－37,6532
非ポリマー1,5527
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5710 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area15040 Å2
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area25250 Å2
ΔGint-307 kcal/mol
Surface area35950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.380, 101.350, 105.710
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 1 and (name N or name...
21(chain B and ((resid 1 and (name N or name...
31(chain C and ((resid 1 and (name N or name...
41(chain D and ((resid 1 and (name N or name...
51(chain E and ((resid 1 and (name N or name...
61(chain F and (resid 1 through 29 or resid 31...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETMETMET(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA19
12ALAALALYSLYS(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA-6 - 1582 - 166
13ALAALALYSLYS(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA-6 - 1582 - 166
14ALAALALYSLYS(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA-6 - 1582 - 166
15ALAALALYSLYS(chain A and ((resid 1 and (name N or name...AA-6 - 1582 - 166
21METMETMETMET(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB19
22METMETLYSLYS(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1589 - 166
23METMETLYSLYS(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1589 - 166
24METMETLYSLYS(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1589 - 166
25METMETLYSLYS(chain B and ((resid 1 and (name N or name...BB1 - 1589 - 166
31METMETMETMET(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC19
32ALAALALYSLYS(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC-6 - 1582 - 166
33ALAALALYSLYS(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC-6 - 1582 - 166
34ALAALALYSLYS(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC-6 - 1582 - 166
35ALAALALYSLYS(chain C and ((resid 1 and (name N or name...CC-6 - 1582 - 166
41METMETMETMET(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD19
42HISHISPHEPHE(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD-1 - 1577 - 165
43HISHISPHEPHE(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD-1 - 1577 - 165
44HISHISPHEPHE(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD-1 - 1577 - 165
45HISHISPHEPHE(chain D and ((resid 1 and (name N or name...DD-1 - 1577 - 165
51METMETMETMET(chain E and ((resid 1 and (name N or name...EE19
52ALAALACODCOD(chain E and ((resid 1 and (name N or name...EE - T-6 - 2012
53ALAALACODCOD(chain E and ((resid 1 and (name N or name...EE - T-6 - 2012
54ALAALACODCOD(chain E and ((resid 1 and (name N or name...EE - T-6 - 2012
55ALAALACODCOD(chain E and ((resid 1 and (name N or name...EE - T-6 - 2012
61METMETASPASP(chain F and (resid 1 through 29 or resid 31...FF1 - 299 - 37
62VALVALILEILE(chain F and (resid 1 through 29 or resid 31...FF31 - 3239 - 40
63ALAALAPROPRO(chain F and (resid 1 through 29 or resid 31...FF34 - 3942 - 47
64LYSLYSASNASN(chain F and (resid 1 through 29 or resid 31...FF40 - 4248 - 50
65HISHISLYSLYS(chain F and (resid 1 through 29 or resid 31...FF0 - 1588 - 166
66HISHISLYSLYS(chain F and (resid 1 through 29 or resid 31...FF0 - 1588 - 166
67HISHISLYSLYS(chain F and (resid 1 through 29 or resid 31...FF0 - 1588 - 166
68HISHISLYSLYS(chain F and (resid 1 through 29 or resid 31...FF0 - 1588 - 166

-
要素

#1: タンパク質
Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT


分子量: 18826.633 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain LESB58) (緑膿菌)
株: LESB58 / 遺伝子: coaD, PLES_03601 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B7V2S6, UniProt: Q9I6D1*PLUS, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-COD / DEPHOSPHO COENZYME A / デホスホCoA


分子量: 687.554 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H35N7O13P2S
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.27 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PsaeA.00960.a.B1 batch PS02167 at 18.6 against MCSG1 screen condition E9 0.2 M CaCl2, 20% PEG 3350 supplemented with 20% ethylene glycol, 2 mM MgCl, and 2 mM ATP in the cryo-protectant, ...詳細: PsaeA.00960.a.B1 batch PS02167 at 18.6 against MCSG1 screen condition E9 0.2 M CaCl2, 20% PEG 3350 supplemented with 20% ethylene glycol, 2 mM MgCl, and 2 mM ATP in the cryo-protectant, crystal tracking ID 259488e9, unique puck ID sls7-3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46.865 Å / Num. obs: 46486 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 43.25 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 16.63
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.360.5073.020.824199
2.36-2.420.4113.70.867198.8
2.42-2.490.364.30.9198.7
2.49-2.570.2795.380.927198.4
2.57-2.660.2276.550.951198
2.66-2.750.1877.80.969198.5
2.75-2.850.13910.250.984198.3
2.85-2.970.1112.60.989197.6
2.97-3.10.08315.90.993198
3.1-3.250.07217.970.995197.6
3.25-3.430.05622.340.997197.5
3.43-3.640.04626.080.998196.8
3.64-3.890.04229.340.998197.2
3.89-4.20.03732.660.998196.8
4.2-4.60.03535.170.998196.4
4.6-5.140.03436.760.998195.6
5.14-5.940.03634.970.998195.6
5.94-7.270.03236.170.999194.9
7.27-10.290.02941.560.999193.7
10.290.02740.410.998188.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3k9w

3k9w


解像度: 2.3→46.865 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.4
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2444 2158 4.65 %
Rwork0.1804 --
obs0.1834 46437 97.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 127.28 Å2 / Biso mean: 51.2273 Å2 / Biso min: 20.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→46.865 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7501 0 277 189 7967
Biso mean--69.12 47.07 -
残基数----971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01410896
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071388
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.394652
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4085X-RAY DIFFRACTION11.1TORSIONAL
12B4085X-RAY DIFFRACTION11.1TORSIONAL
13C4085X-RAY DIFFRACTION11.1TORSIONAL
14D4085X-RAY DIFFRACTION11.1TORSIONAL
15E4085X-RAY DIFFRACTION11.1TORSIONAL
16F4085X-RAY DIFFRACTION11.1TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3002-2.35370.30231830.22852921310499
2.3537-2.41260.3251470.23582931307899
2.4126-2.47780.30131380.2252953309199
2.4778-2.55070.30281340.22312925305999
2.5507-2.6330.2971340.22992971310599
2.633-2.72710.31081440.23722950309498
2.7271-2.83630.31881170.22352965308298
2.8363-2.96530.29291240.222953307798
2.9653-3.12170.30541360.21252955309198
3.1217-3.31720.26571060.21692988309498
3.3172-3.57320.25331490.1932929307897
3.5732-3.93270.22611920.16482913310597
3.9327-4.50130.18291620.14222940310297
4.5013-5.66960.19751700.13572936310696
5.6696-46.87460.23321220.14993049317194
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.26254.18624.10741.75431.12052.98220.07070.4236-0.24540.03180.1986-0.10490.1647-0.054-0.28540.3868-0.04140.05660.4032-0.0940.4234-1.824435.3518-22.3685
23.55552.06334.14812.39811.6435.29980.01580.3093-0.15380.26470.0865-0.26690.98810.5347-0.18380.3928-0.01190.15610.407-0.12010.54547.260831.9384-14.4447
36.85441.80742.00316.90683.16855.671-0.39960.08850.678-1.18260.23270.2021-0.84310.21850.13490.5116-0.08440.15670.3761-0.07360.47478.722544.4644-21.6425
45.0594-0.21430.04254.527-1.34511.66610.00040.6752-0.1651-0.67830.1312-0.7616-0.31590.4158-0.14750.4623-0.09610.14510.4399-0.16540.37178.792841.4847-25.2597
56.2106-0.52714.75457.5004-3.29626.7544-0.5061-0.47040.44860.1324-0.107-0.8416-0.88990.30640.5980.35260.02280.07210.513-0.03970.4608-0.116241.5098-14.9697
64.62540.00214.47716.5940.30154.44690.3863-0.79480.0208-0.1453-0.1981-0.6897-0.087-1.0178-0.20140.52550.0142-0.0050.4242-0.04030.5258-6.11249.5697-12.4775
74.8705-1.98683.77825.9054-4.53844.61580.142-0.1214-0.4641-0.59940.06850.36840.3532-0.2874-0.16560.4740.0382-0.03640.4027-0.04970.334-7.304740.6856-17.42
83.18072.30882.11293.158-1.18326.57930.3496-0.37340.8043-0.3172-0.3081-0.6917-0.3334-0.4567-0.19230.5409-0.04170.01360.4091-0.0470.630710.090136.2255-4.8767
96.1549-4.32143.23233.2726-1.1868.8961-0.47450.2454-0.16990.03560.7278-0.2309-0.7465-0.4491-0.10360.4458-0.04870.11690.253-0.03260.581419.404348.2323-7.7518
104.3096-2.32442.81163.03662.11489.19980.03650.5436-0.7823-0.35320.4672-0.75910.10960.2814-0.51810.3599-0.08130.0980.4748-0.07870.713124.691942.2516-12.3432
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126.035-2.28392.02052.67931.13752.6936-0.0802-0.22010.61770.62550.0545-0.8154-0.55870.48520.05420.47490.1441-0.04260.4636-0.06850.3327-15.494464.1319.1757
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208.787-1.4048-0.79023.36483.08587.9271-0.13820.24170.04560.0245-0.02430.1076-0.2274-0.53190.15060.3239-0.0664-0.01710.26750.1040.417215.518645.48977.7439
213.7065-1.01421.83218.1325-2.92883.614-0.4059-0.22020.29610.00240.2157-0.3378-0.4928-0.14240.19320.68020.04330.02120.3547-0.04480.357310.672269.702410.3962
224.056-0.4399-2.00644.9045-0.58958.5862-0.2906-0.0049-0.5758-0.0961-0.0864-0.00650.48810.63960.34740.19210.0207-0.03190.2949-0.06890.3644-15.153427.3895-9.2135
235.8198-0.6586-4.60135.53651.2313.76770.1541-0.0340.1169-0.2526-0.12810.1372-0.9763-0.26170.00460.31250.0288-0.07950.3339-0.04570.3364-17.332335.7746-14.0217
244.3865-0.3573-2.55624.79340.35732.8106-0.13710.0343-0.21420.3814-0.10650.68860.3598-0.23760.29020.2847-0.01920.01080.273-0.07480.3479-21.592426.2893-3.7956
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274.2101-0.76881.40967.4532-2.48054.036-0.1490.02520.11840.4306-0.0287-0.4921-0.22460.03760.1980.2262-0.0564-0.05330.40980.01170.4188-1.932230.4547-2.6049
287.9272-1.1532-0.11364.15150.68144.27470.1141-0.024-0.1216-0.0241-0.46620.4045-0.4209-0.37530.3560.30380.0201-0.03480.313-0.1040.4342-26.905440.1245-1.1332
291.3494-0.0856-1.36491.58711.1454.78470.1490.0393-0.1038-0.4474-0.08560.0582-0.6236-0.2033-0.12930.52240.08380.00380.2748-0.01310.3487-13.42571.4616-1.5723
302.47690.09890.35160.5497-0.32653.01830.06120.18920.0916-0.25-0.0554-0.0556-0.3348-0.0190.01020.7730.0894-0.00850.2936-0.00680.3824-9.673173.5296-3.4978
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364.81984.30594.65494.12294.35094.8327-0.69260.44380.3454-0.70360.43440.024-1.731-0.49130.37970.71390.1694-0.06840.6072-0.02630.5202-0.524848.298920.4685
374.6614-0.4636-2.12987.03545.77925.908-0.22910.46230.2369-0.42030.40190.0417-0.21380.2772-0.13260.39490.0528-0.02870.40210.13050.28978.286239.631615.1251
388.7755-1.9835.06696.5419-1.45375.72930.4694-0.2651-0.86220.27910.11570.34530.6679-0.2587-0.5530.4463-0.1139-0.01290.40170.00410.3911-1.076519.345412.1541
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -6 through 14 )A-6 - 14
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 27 )A15 - 27
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 28 through 46 )A28 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 47 through 79 )A47 - 79
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 80 through 94 )A80 - 94
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 95 through 108 )A95 - 108
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 109 through 117 )A109 - 117
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 118 through 127 )A118 - 127
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 128 through 136 )A128 - 136
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 137 through 158 )A137 - 158
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 1 through 14 )B1 - 14
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 15 through 27 )B15 - 27
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 28 through 58 )B28 - 58
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 59 through 94 )B59 - 94
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 95 through 127 )B95 - 127
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 128 through 158 )B128 - 158
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid -6 through 14 )C-6 - 14
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 15 through 46 )C15 - 46
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 47 through 79 )C47 - 79
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 80 through 117 )C80 - 117
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 118 through 158 )C118 - 158
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid -1 through 14 )D-1 - 14
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 15 through 27 )D15 - 27
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 28 through 58 )D28 - 58
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 59 through 79 )D59 - 79
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 80 through 94 )D80 - 94
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 95 through 117 )D95 - 117
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 118 through 157 )D118 - 157
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid -6 through 46 )E-6 - 46
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 47 through 94 )E47 - 94
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 95 through 118 )E95 - 118
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 119 through 158 )E119 - 158
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 0 through 58 )F0 - 58
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 59 through 79 )F59 - 79
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 80 through 94 )F80 - 94
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 95 through 108 )F95 - 108
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 109 through 127 )F109 - 127
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 128 through 158 )F128 - 158

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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