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Yorodumi- PDB-4tmt: Translation initiation factor eIF5B (517-858) mutant D533A from C... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4tmt | ||||||
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Title | Translation initiation factor eIF5B (517-858) mutant D533A from C. thermophilum, bound to GTPgammaS | ||||||
Components | eIF5B | ||||||
Keywords | TRANSLATION / Translation factor / Initiation / GTPase / Monovalent cation | ||||||
Function / homology | Function and homology information protein-synthesizing GTPase / translation initiation factor activity / GTPase activity / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chaetomium thermophilum (fungus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 1.58 Å | ||||||
Authors | Kuhle, B. / Ficner, R. | ||||||
Citation | Journal: Embo J. / Year: 2014 Title: A monovalent cation acts as structural and catalytic cofactor in translational GTPases. Authors: Kuhle, B. / Ficner, R. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4tmt.cif.gz | 309.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4tmt.ent.gz | 246.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4tmt.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/4tmt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tm/4tmt | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4tmvC 4tmwC 4tmxC 4tmzC 4tn1C 4ncnS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1
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Details | The biological unit is a monomer. There are 2 fragments of the biological unit in the asymmetric unit (chains A & B) |
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 38326.008 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: G domain and domain II / Mutation: D533A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chaetomium thermophilum (fungus) / Plasmid: pET15b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): Rosetta2 / References: UniProt: G0S8G9*PLUS |
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-Non-polymers , 7 types, 743 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-DTT / | #7: Chemical | ChemComp-ACY / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.71 Å3/Da / Density % sol: 54.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.3 / Details: HEPES, PEG 4000, NaOAc |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-1 / Wavelength: 1.0332 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 12, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0332 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.58→46.37 Å / Num. obs: 110416 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 19.58 Å2 / Net I/σ(I): 17.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.58→1.68 Å / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) all: 2.23 / Rejects: 0 / % possible all: 98 |
-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement | |||||||||
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Phasing MR | Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4NCN Resolution: 1.58→46.37 Å / SU ML: 0.16 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 2.23 / Phase error: 19.31 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 108.98 Å2 / Biso mean: 25.7204 Å2 / Biso min: 10.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.58→46.37 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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