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- PDB-3k9w: Crystal structure of phosphopantetheine adenylyltransferase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k9w
タイトルCrystal structure of phosphopantetheine adenylyltransferase from Burkholderia pseudomallei with hydrolyzed 3'-dephospho Coenzyme A
要素Phosphopantetheine adenylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NIAID / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / Coenzyme A / CoA / biosynthesis / hydrolysis / ATP-binding / Coenzyme A biosynthesis / Nucleotide-binding / Nucleotidyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phosphopantetheine adenylyltransferase / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-diphospho pantetheine / ACETATE ION / ADENINE / Phosphopantetheine adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Structures of phosphopantetheine adenylyltransferase from Burkholderia pseudomallei.
著者: Edwards, T.E. / Leibly, D.J. / Bhandari, J. / Statnekov, J.B. / Phan, I. / Dieterich, S.H. / Abendroth, J. / Staker, B.L. / Van Voorhis, W.C. / Myler, P.J. / Stewart, L.J.
#1: ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / ...著者: Baugh, L. / Gallagher, L.A. / Patrapuvich, R. / Clifton, M.C. / Gardberg, A.S. / Edwards, T.E. / Armour, B. / Begley, D.W. / Dieterich, S.H. / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Fox, D. / Staker, B.L. / Phan, I. / Gillespie, A. / Choi, R. / Nakazawa-Hewitt, S. / Nguyen, M.T. / Napuli, A. / Barrett, L. / Buchko, G.W. / Stacy, R. / Myler, P.J. / Stewart, L.J. / Manoil, C. / Van Voorhis, W.C.
履歴
登録2009年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22011年9月21日Group: Database references
改定 1.32013年10月30日Group: Database references
改定 1.42017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7646
ポリマ－20,8411
非ポリマー9235
水2,468137
1
A: Phosphopantetheine adenylyltransferase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,58236
ポリマ－125,0456
非ポリマー5,53730
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation37_454y-1/2,x+1/2,-z-1/21
crystal symmetry operation42_454-x-1/2,z+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation48_454-z-1/2,-y+1/2,-x-1/21
Buried area24420 Å2
ΔGint-163 kcal/mol
Surface area34090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.431, 134.431, 134.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Phosphopantetheine adenylyltransferase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase / PPAT / Dephospho-CoA pyrophosphorylase


分子量: 20840.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: coaD, BURPS1710b_0748 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q3JW91, pantetheine-phosphate adenylyltransferase

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非ポリマー , 6種, 142分子

#2: 化合物 ChemComp-4PS / 4'-diphospho pantetheine / N~3~-[(2R)-2-hydroxy-4-{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]oxy}-3,3-dimethylbutanoyl]-N-(2-sulfanylethyl)-beta-alaninamide


分子量: 438.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H24N2O10P2S
#3: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細THE COD/COA IN THE STRUCTURE APPEARS TO BE HYDROLYZED ACCORDING TO THE ELECTRON DENSITY WITH ...THE COD/COA IN THE STRUCTURE APPEARS TO BE HYDROLYZED ACCORDING TO THE ELECTRON DENSITY WITH DIFFRACTION LIMITS OF 1.6 ANGSTROM. ONE COMPONENT IS 4'-DIPHOSPHO PANTETHEINE DENOTED AS 4PS IN THE COORDINATES. THE OTHER COMPONENTS ARE DEFINED AS ADENINE (ADE), SULFATE (SO4) AND THREE WATERS, WHICH FITS WELL INTO THE ELECTRON DENSITY MAP. THIS MODEL BEST REPRESENTS WHAT IS OBSERVED IN THE CRYSTAL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: CSHT condition F1: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M NaOAc pH 4.6, 30% PEG MME 2000, 20% EG as cryo-protectant, 19.2 mg/mL protein in 25 mM Hepes pH 7.0, 0.3 M NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, ...詳細: CSHT condition F1: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M NaOAc pH 4.6, 30% PEG MME 2000, 20% EG as cryo-protectant, 19.2 mg/mL protein in 25 mM Hepes pH 7.0, 0.3 M NaCl, 10% glycerol, 5 mM DTT, crystal tracking ID 204963f1, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97953 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97953 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 27383 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 32.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.555 / Mean I/σ(I) obs: 3.98 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IKZ

3ikz
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.6→26.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 3.2 / SU ML: 0.052 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.083 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2069 1363 5 %RANDOM
Rwork0.19119 ---
obs0.192 25986 98.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 15.125 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→26.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1279 0 55 137 1471
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221453
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1931.9971978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5595186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.0923.0366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.90415246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5271512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2212
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6461.5857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.24821395
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9123596
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1154.5574
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.599→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.229 113 -
Rwork0.266 1905 -
obs--99.8 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -20.6496 Å / Origin y: 40.3354 Å / Origin z: -14.9325 Å
111213212223313233
T0.0218 Å20.0035 Å20.0006 Å2-0.0363 Å20.0032 Å2--0.0062 Å2
L0.815 °2-0.1022 °2-0.2033 °2-0.4859 °20.0567 °2--0.5799 °2
S-0.0412 Å °-0.0208 Å °0.004 Å °0.0163 Å °-0.0082 Å °-0.0143 Å °-0.0144 Å °0.043 Å °0.0494 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 161
2X-RAY DIFFRACTION1A167 - 171
3X-RAY DIFFRACTION1A172 - 308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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