PDB-5h16: Crystal structure of the complex of Phosphopantetheine adenylyltr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h16

タイトル

Crystal structure of the complex of Phosphopantetheine adenylyltransferase from Acinetobacter baumannii with citrate at 2.3 A resolution.

要素

Phosphopantetheine adenylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

pantetheine-phosphate adenylyltransferase / pantetheine-phosphate adenylyltransferase activity / coenzyme A biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Gupta, A. / Singh, P.K. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of Phosphopantetheine adenylyltransferase from Acinetobacter baumannii at 2.3 A resolution.
著者: Gupta, A. / Singh, P.K. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2016年10月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年11月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h16.cif.gz	203.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h16.ent.gz	165.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h16.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5h16_validation.pdf.gz	497.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5h16_full_validation.pdf.gz	527.2 KB	表示
XML形式データ	5h16_validation.xml.gz	40.2 KB	表示
CIF形式データ	5h16_validation.cif.gz	52.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/5h16 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/5h16	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1h1tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3pxu-1 3k9w-1 6ccs-1 4nah-d 5jbn-1 1gn8-1 3emj-2 6ccn-1 6b7d-1 6ckw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Phosphopantetheine adenylyltransferase

B: Phosphopantetheine adenylyltransferase

C: Phosphopantetheine adenylyltransferase

D: Phosphopantetheine adenylyltransferase

E: Phosphopantetheine adenylyltransferase

F: Phosphopantetheine adenylyltransferase

ヘテロ分子

112 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.590, 109.813, 121.797
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	GLY	GLY	A	A	3 - 162	3 - 162
2	1	LYS	LYS	GLY	GLY	B	B	3 - 162	3 - 162
1	2	LYS	LYS	GLY	GLY	A	A	3 - 162	3 - 162
2	2	LYS	LYS	GLY	GLY	C	C	3 - 162	3 - 162
1	3	LYS	LYS	GLY	GLY	A	A	3 - 162	3 - 162
2	3	LYS	LYS	GLY	GLY	D	D	3 - 162	3 - 162
1	4	MET	MET	TRP	TRP	A	A	1 - 163	1 - 163
2	4	MET	MET	TRP	TRP	E	E	1 - 163	1 - 163
1	5	MET	MET	TRP	TRP	A	A	1 - 163	1 - 163
2	5	MET	MET	TRP	TRP	F	F	1 - 163	1 - 163
1	6	LYS	LYS	TRP	TRP	B	B	3 - 163	3 - 163
2	6	LYS	LYS	TRP	TRP	C	C	3 - 163	3 - 163
1	7	LYS	LYS	TRP	TRP	B	B	3 - 163	3 - 163
2	7	LYS	LYS	TRP	TRP	D	D	3 - 163	3 - 163
1	8	LYS	LYS	GLY	GLY	B	B	3 - 162	3 - 162
2	8	LYS	LYS	GLY	GLY	E	E	3 - 162	3 - 162
1	9	LYS	LYS	GLY	GLY	B	B	3 - 162	3 - 162
2	9	LYS	LYS	GLY	GLY	F	F	3 - 162	3 - 162
1	10	LYS	LYS	TRP	TRP	C	C	3 - 163	3 - 163
2	10	LYS	LYS	TRP	TRP	D	D	3 - 163	3 - 163
1	11	LYS	LYS	GLY	GLY	C	C	3 - 162	3 - 162
2	11	LYS	LYS	GLY	GLY	E	E	3 - 162	3 - 162
1	12	LYS	LYS	GLY	GLY	C	C	3 - 162	3 - 162
2	12	LYS	LYS	GLY	GLY	F	F	3 - 162	3 - 162
1	13	LYS	LYS	GLY	GLY	D	D	3 - 162	3 - 162
2	13	LYS	LYS	GLY	GLY	E	E	3 - 162	3 - 162
1	14	LYS	LYS	GLY	GLY	D	D	3 - 162	3 - 162
2	14	LYS	LYS	GLY	GLY	F	F	3 - 162	3 - 162
1	15	MET	MET	TRP	TRP	E	E	1 - 163	1 - 163
2	15	MET	MET	TRP	TRP	F	F	1 - 163	1 - 163

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Phosphopantetheine adenylyltransferase / Dephospho-CoA pyrophosphorylase / Pantetheine-phosphate adenylyltransferase 分子量: 18479.033 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア) 遺伝子: coaD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A059ZFC5, UniProt: B0VTH7*PLUS, pantetheine-phosphate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1M HEPES Na pH 7.5, 1.0M Na citrate tribasic dihydrate.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月28日 / 詳細: MIRROR
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→81.56 Å / Num. obs: 46855 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.3 % / R_sym value: 0.15 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1H1T

1h1t

解像度: 2.3→81.56 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.903 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.857 / SU B: 11.071 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.464 / ESU R Free: 0.294 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.30226	949	2 %	RANDOM
R_work	0.26132	-	-	-
obs	0.26212	45713	98.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.788 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.17 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.46 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.62 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→81.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7788	0	78	124	7990

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	8040
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7659
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.799	1.944	10878
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.081	3	17523
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.075	5	966
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.254	23.433	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.135	15	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.784	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.179	0.2	1206
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	9114
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	2010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.282	3.552	3882
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.281	3.551	3881
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.275	5.313	4842
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.275	5.313	4843
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.61	4.15	4158
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.61	4.15	4156
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.877	6.024	6036
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.187	67.76	32819
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.189	67.755	32808
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10282	0.09
1	2	B	10282	0.09
2	1	A	10094	0.1
2	2	C	10094	0.1
3	1	A	10204	0.1
3	2	D	10204	0.1
4	1	A	10444	0.09
4	2	E	10444	0.09
5	1	A	10276	0.1
5	2	F	10276	0.1
6	1	B	10294	0.1
6	2	C	10294	0.1
7	1	B	10302	0.1
7	2	D	10302	0.1
8	1	B	10308	0.08
8	2	E	10308	0.08
9	1	B	10172	0.1
9	2	F	10172	0.1
10	1	C	10158	0.11
10	2	D	10158	0.11
11	1	C	10144	0.09
11	2	E	10144	0.09
12	1	C	10166	0.1
12	2	F	10166	0.1
13	1	D	10142	0.11
13	2	E	10142	0.11
14	1	D	10058	0.11
14	2	F	10058	0.11
15	1	E	10314	0.1
15	2	F	10314	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.305→2.365 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	64	-
R_work	0.332	3276	-
obs	-	-	96.73 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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