PDB-5tkk: Structure of mouse vaccination-elicited HIV neutralizing antibody...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tkk

タイトル

Structure of mouse vaccination-elicited HIV neutralizing antibody vFP5.01 in complex with HIV-1 fusion peptide residue 512-519

要素

HIV-1 fusion peptide residue 512-519
mouse antibody vFP5.01 heavy chain
mouse antibody vFP5.01 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Neutralizing / mouse / antibody / fusion-peptide / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Xu, K. / Liu, K. / Kwong, P.D.

引用

ジャーナル: Nat Med / 年: 2018
タイトル: Epitope-based vaccine design yields fusion peptide-directed antibodies that neutralize diverse strains of HIV-1.
著者: Kai Xu / Priyamvada Acharya / Rui Kong / Cheng Cheng / Gwo-Yu Chuang / Kevin Liu / Mark K Louder / Sijy O'Dell / Reda Rawi / Mallika Sastry / Chen-Hsiang Shen / Baoshan Zhang / Tongqing Zhou ...
要旨: A central goal of HIV-1 vaccine research is the elicitation of antibodies capable of neutralizing diverse primary isolates of HIV-1. Here we show that focusing the immune response to exposed N- ...

履歴

登録	2016年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年6月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5tkk.ent.gz	151.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5tkk_validation.pdf.gz	439.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tkk_full_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示
XML形式データ	5tkk_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	5tkk_validation.cif.gz	31.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/5tkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/tk/5tkk	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7459C 7460C 8420C 8421C 8422C 5tkjC 6cdeC 6cdiC 6cdmC 6cdoC 6cdpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5wtg-1 1hq4-2 4kkc-3 3dro-d 6xtg-d 1i7z-2 3hc0-1 5dub-1 4kze-2 6tco-2 1uyw-1 6srx-2 4hxa-d 3bky-2 4wht-10 5k9j-d 4hh9-2 5niv-d 6z3k-3 2adg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (11)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)
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C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase)
類似性 (1)
#33 - 2002年9月
HIV逆転写酵素 (HIV Reverse Transcriptase)
類似性 (1)
#6 - 2000年6月
HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease)
類似性 (1)

登録構造単位

A: HIV-1 fusion peptide residue 512-519

H: mouse antibody vFP5.01 heavy chain

L: mouse antibody vFP5.01 light chain

48.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.237, 82.233, 72.264
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.220, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質・ペプチド	HIV-1 fusion peptide residue 512-519 分子量: 732.868 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: P04578*PLUS
#2: 抗体	mouse antibody vFP5.01 heavy chain 分子量: 24360.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体	mouse antibody vFP5.01 light chain 分子量: 23696.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 337 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl pH8.5, 20% PEG8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: liquid N3

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→25.469 Å / Num. obs: 59733 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.077 / Χ²: 1.054 / Net I/av σ(I): 16.148 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 209617

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.55-1.58	2.1	0.468	0.763	1	77.3
1.58-1.61	2.3	0.496	0.759	1	93.7
1.61-1.64	2.8	0.527	0.761	1	97.2
1.64-1.67	3.2	0.53	0.79	1	98.1
1.67-1.71	3.4	0.512	0.821	1	98.3
1.71-1.75	3.6	0.432	0.893	1	98.5
1.75-1.79	3.6	0.338	0.931	1	98.5
1.79-1.84	3.6	0.265	0.951	1	98.6
1.84-1.89	3.6	0.202	0.966	1	98.8
1.89-1.95	3.7	0.157	0.979	1	99.1
1.95-2.02	3.8	0.135	0.981	1	99.1
2.02-2.1	3.8	0.115	0.987	1	99.3
2.1-2.2	3.8	0.101	0.987	1	99.4
2.2-2.32	3.8	0.09	0.989	1	99.5
2.32-2.46	3.8	0.083	0.99	1	99.6
2.46-2.65	3.8	0.074	0.992	1	99.8
2.65-2.92	3.8	0.067	0.993	1	99.9
2.92-3.34	3.8	0.056	0.995	1	99.8
3.34-4.21	3.7	0.047	0.996	1	99.4
4.21-50	3.5	0.038	0.997	1	91.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SERGUI		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.55→25.469 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.31

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2469	2929	4.91 %
R_work	0.209	-	-
obs	0.2109	59675	97.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.72 Å² / B_iso mean: 37.5113 Å² / B_iso min: 9.87 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→25.469 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3356	0	0	337	3693
B_iso mean	-	-	-	42.34	-
残基数	-	-	-	-	434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	3439
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.275	4683
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	526
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	594
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.384	2052

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5501-1.5755	0.4277	125	0.3131	2127	2252	77
1.5755-1.6027	0.3655	119	0.306	2572	2691	93
1.6027-1.6318	0.3384	121	0.2948	2663	2784	97
1.6318-1.6632	0.3258	164	0.286	2696	2860	98
1.6632-1.6972	0.3227	135	0.2804	2728	2863	98
1.6972-1.7341	0.2994	153	0.2742	2724	2877	98
1.7341-1.7744	0.2951	130	0.264	2722	2852	98
1.7744-1.8187	0.298	130	0.2718	2755	2885	99
1.8187-1.8679	0.3013	155	0.258	2720	2875	99
1.8679-1.9229	0.3552	137	0.2528	2764	2901	99
1.9229-1.9849	0.2374	127	0.23	2714	2841	99
1.9849-2.0558	0.2965	164	0.2308	2757	2921	99
2.0558-2.1381	0.2476	161	0.2216	2767	2928	99
2.1381-2.2353	0.2608	121	0.2328	2760	2881	99
2.2353-2.3531	0.2624	161	0.234	2711	2872	99
2.3531-2.5004	0.2644	133	0.2268	2798	2931	100
2.5004-2.6933	0.2554	146	0.2264	2774	2920	100
2.6933-2.9639	0.2482	142	0.2087	2799	2941	100
2.9639-3.392	0.2305	158	0.1922	2756	2914	100
3.392-4.2703	0.191	138	0.1621	2810	2948	99
4.2703-25.4728	0.1958	109	0.1589	2629	2738	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0182	-0.0354	0.0004	0.1172	-0.0039	0.0003	0.0146	-0.0265	0.0147	0.0238	0.0103	0.0042	-0.0334	0.0261	0.0217	0.7232	0.0579	0.1465	0.6237	0.0069	0.2406	36.9558	-7.6604	42.5224
2	0.3581	0.0715	-0.3972	0.4547	-0.1395	0.4123	0.0691	-0.2113	-0.0655	0.0157	0.0832	-0.0128	0.0443	-0.4034	0.2985	0.2195	-0.0832	-0.0227	0.4186	0.0064	0.1285	41.4641	-21.2981	33.0662
3	0.3972	0.2819	-0.4419	0.3427	0.0024	1.3445	-0.0913	-0.2083	-0.0209	0.0974	-0.1767	-0.143	0.3295	0.2657	-0.3512	0.1351	-0.0362	-0.0238	0.1115	0.0499	0.2219	58.0069	-21.3001	4.1415
4	0.0299	0.0234	-0.0663	0.0264	-0.0723	0.1967	0.1135	-0.1654	-0.0818	0.01	0.0543	0.1197	-0.0024	-0.1385	0.008	0.4405	0.2641	0.1661	0.7942	0.2979	0.472	29.9794	-4.6459	18.8133
5	0.1212	-0.0073	-0.1008	0.0233	-0.0166	0.2071	0.0076	-0.084	0.0451	-0.0775	0.1059	-0.0544	-0.1392	-0.0658	0.2661	0.7856	0.3144	0.412	0.4936	0.1932	0.6686	34.3162	5.2224	18.7261
6	0.1511	0.0027	0.1297	0.1083	0.0075	0.1126	0.2708	-0.1196	0.3104	0.3378	0.0447	0.2096	-0.3876	0.0556	0.4302	0.642	0.0342	0.2605	0.3697	-0.0441	0.3008	39.6425	-1.3626	29.1331
7	0.0992	-0.0327	-0.1619	0.3356	-0.1452	0.4365	0.0792	-0.0451	0.2695	0.0979	0.3013	0.2123	-0.2989	-0.0706	0.4061	0.6851	0.1579	0.3025	0.4277	0.0715	0.4806	37.3869	2.0955	23.3716
8	0.1665	0.1576	-0.2225	0.1353	-0.2905	1.0841	0.0038	-0.0437	-0.0534	0.0227	0.0966	0.0549	-0.0697	-0.4455	0.3569	0.204	0.0946	0.0408	0.0917	0.0395	0.1956	45.7693	-11.6956	4.683
9	0.0101	0.0097	0.0079	0.0089	0.0084	0.1205	0.0027	0.0682	-0.0676	-0.1154	0.0636	0.046	0.0712	-0.098	0.0481	0.2262	-0.0877	-0.0547	0.5168	-0.0223	0.1631	42.7372	-18.6253	-13.8477
10	0.0365	-0.0998	-0.1932	0.5726	0.4075	1.1714	0.049	0.1308	0.0447	0.1495	0.0649	-0.0269	-0.2437	-0.333	0.1643	0.17	-0.0003	-0.009	0.1513	-0.0204	0.2026	46.0441	-10.124	2.9112
11	0.7557	0.0689	-0.5436	0.3764	0.1938	0.5663	-0.0382	0.4613	0.0807	-0.2801	-0.0233	0.028	0.0848	-0.5206	0.0262	0.2292	-0.0529	-0.0438	0.2553	-0.0496	0.1582	48.7755	-18.5823	-13.165

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 512 through 519 )	A	512 - 519
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'H' and (resid 2 through 109 )	H	2 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'H' and (resid 110 through 215 )	H	110 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'L' and (resid 1 through 13 )	L	1 - 13
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'L' and (resid 14 through 25 )	L	14 - 25
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'L' and (resid 26 through 61 )	L	26 - 61
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'L' and (resid 62 through 90 )	L	62 - 90
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'L' and (resid 91 through 144 )	L	91 - 144
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'L' and (resid 145 through 155 )	L	145 - 155
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'L' and (resid 156 through 174 )	L	156 - 174
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'L' and (resid 175 through 213 )	L	175 - 213

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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