PDB-5thh: Crystal structure of a human tyrosyl-tRNA synthetase mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5thh

タイトル

Crystal structure of a human tyrosyl-tRNA synthetase mutant

要素

Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic

キーワード

LIGASE / Tyrosyl-tRNA synthetase / CMT mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

interleukin-8 receptor binding / tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / Cytosolic tRNA aminoacylation / response to starvation / small molecule binding / tRNA binding / nuclear body / apoptotic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.959 Å

データ登録者

Blocquel, D. / Yang, X.L.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Alternative stable conformation capable of protein misinteraction links tRNA synthetase to peripheral neuropathy.
著者: Blocquel, D. / Li, S. / Wei, N. / Daub, H. / Sajish, M. / Erfurth, M.L. / Kooi, G. / Zhou, J. / Bai, G. / Schimmel, P. / Jordanova, A. / Yang, X.L.

履歴

登録	2016年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月7日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5thh.cif.gz	155.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5thh.ent.gz	121.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5thh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5thh_validation.pdf.gz	444.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5thh_full_validation.pdf.gz	448.3 KB	表示
XML形式データ	5thh_validation.xml.gz	17 KB	表示
CIF形式データ	5thh_validation.cif.gz	25.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/5thh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/th/5thh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5thlC 1n3lS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4q93-1 5thl-1 4qbt-1 1q11-1 5n5v-4 4hjr-d 4hpw-1 3apm-d 5n5u-1 5n5v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (3) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic

ヘテロ分子

38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic

ヘテロ分子

A: Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
77.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.238, 75.705, 163.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-592- HOH
2	1	A-675- HOH

#1: タンパク質	Tyrosine--tRNA ligase, cytoplasmic / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS 分子量: 38392.469 Da / 分子数: 1 / 変異: E196K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: YARS 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: P54577, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-TYR / TYROSINE / チロシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 181.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₉H₁₁NO₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.7 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Ammonium sulfate, acetone, Sodium phosphate

-
データ収集

回折

平均測定温度: 193 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.07808 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.07808 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.94→50 Å / Num. obs: 33334 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.122 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.132 / Χ²: 2.596 / Net I/av σ(I): 28.657 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 231392

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.94-1.97	6.3	0.809	1604	0.662	0.344	0.881	2.119	98.8
1.97-2.01	7	0.698	1606	0.855	0.281	0.753	1.707	99.9
2.01-2.05	7	0.482	1664	0.901	0.196	0.521	0.905	99.9
2.05-2.09	7	0.514	1655	0.935	0.207	0.555	1.415	100
2.09-2.14	7	0.423	1611	0.951	0.172	0.457	1.367	100
2.14-2.18	7	0.474	1653	0.942	0.189	0.51	2.273	100
2.18-2.24	7	0.368	1645	0.954	0.151	0.399	2.06	100
2.24-2.3	7.1	0.256	1635	0.973	0.103	0.276	1.32	99.8
2.3-2.37	7.1	0.368	1672	0.944	0.15	0.398	3.054	99.6
2.37-2.44	7.1	0.231	1631	0.932	0.092	0.249	1.889	99.8
2.44-2.53	7.1	0.226	1667	0.986	0.089	0.244	1.975	99.8
2.53-2.63	7.1	0.26	1616	0.986	0.103	0.28	3.051	99.6
2.63-2.75	7.1	0.198	1668	0.317	0.084	0.216	2.398	99.7
2.75-2.9	7.1	0.148	1683	0.991	0.06	0.16	2.791	100
2.9-3.08	7	0.147	1667	0.962	0.059	0.159	3.889	99.9
3.08-3.32	7	0.109	1685	0.993	0.044	0.118	4.214	99.9
3.32-3.65	7	0.088	1697	0.995	0.035	0.095	4.045	99.9
3.65-4.18	6.9	0.077	1715	0.995	0.031	0.083	4.225	99.9
4.18-5.26	6.5	0.07	1716	0.995	0.029	0.076	4.207	99.5
5.26-50	6.5	0.063	1844	0.994	0.027	0.069	2.878	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1N3L

1n3l

解像度: 1.959→37.852 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2189	1998	6.21 %
R_work	0.1778	30201	-
obs	0.1804	32199	99.23 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.48 Å² / B_iso mean: 40.461 Å² / B_iso min: 16.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.959→37.852 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2630	0	13	288	2931
B_iso mean	-	-	25.49	45.05	-
残基数	-	-	-	-	329

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	2716
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.616	3670
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	411
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	462
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.808	1034

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9593-2.0083	0.2981	127	0.2414	1925	2052	92
2.0083-2.0626	0.2714	144	0.2061	2168	2312	100
2.0626-2.1233	0.2639	141	0.1973	2122	2263	100
2.1233-2.1918	0.2422	142	0.19	2151	2293	100
2.1918-2.2701	0.2284	139	0.1817	2109	2248	100
2.2701-2.361	0.2151	144	0.1837	2164	2308	100
2.361-2.4684	0.2635	141	0.1838	2138	2279	100
2.4684-2.5986	0.233	143	0.1803	2151	2294	100
2.5986-2.7613	0.2263	142	0.1906	2146	2288	100
2.7613-2.9744	0.2304	145	0.1949	2187	2332	100
2.9744-3.2736	0.2471	144	0.1875	2173	2317	100
3.2736-3.747	0.2169	144	0.1626	2193	2337	100
3.747-4.7194	0.1799	147	0.1418	2226	2373	100
4.7194-37.8595	0.1904	155	0.1852	2348	2503	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0774	0.2243	0.4448	2.2122	-0.1502	2.3932	0.0823	0.0183	-0.1476	0.1053	0.0007	-0.0793	0.2058	0.1114	-0.069	0.1942	0.0185	-0.0201	0.1982	-0.0405	0.2177	-2.3481	26.7441	-22.7517
2	1.6664	0.4144	0.7618	2.1248	1.2087	3.381	0.0903	-0.1512	-0.0457	0.0941	-0.0795	0.1022	0.0705	-0.2292	0.0025	0.1858	-0.0078	-0.0058	0.187	0.0013	0.1683	-7.4502	32.9257	-13.9821
3	2.3789	0.9778	2.1345	2.8766	2.1751	5.7303	0.1352	-0.1593	-0.2676	0.4284	-0.1129	-0.1388	0.4818	-0.174	-0.0543	0.2769	0.0174	-0.0217	0.2228	-0.0259	0.2825	-11.1074	8.1597	-32.1995
4	2.6778	3.8153	0.0937	5.5335	0.1338	0.4552	-0.2014	0.3854	-1.6932	-0.1825	0.6186	-1.3636	0.1836	-0.3651	-0.5978	0.1775	-0.084	-0.0124	0.3213	0.0034	0.3011	-7.2462	28.8035	-14.5079

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 108 )	A	4 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 109 through 237 )	A	109 - 237
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 238 through 342 )	A	238 - 342
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 401 through 401 )	B	12

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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