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万見
- PDB-5th9: Structure determination of a potent, selective antibody inhibitor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5th9
タイトルStructure determination of a potent, selective antibody inhibitor of human MMP9 (GS-5745 bound to MMP-9)
要素
  • GS-5745 Fab heavy chain
  • GS-5745 Fab light chain
  • Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / metalloproteinase-9 antibody inhibitor / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gelatinase B / negative regulation of epithelial cell differentiation involved in kidney development / negative regulation of cation channel activity / cellular response to UV-A / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of keratinocyte migration / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / Activation of Matrix Metalloproteinases ...gelatinase B / negative regulation of epithelial cell differentiation involved in kidney development / negative regulation of cation channel activity / cellular response to UV-A / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of keratinocyte migration / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of DNA binding / Activation of Matrix Metalloproteinases / endodermal cell differentiation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / response to amyloid-beta / Collagen degradation / macrophage differentiation / collagen catabolic process / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / extracellular matrix disassembly / ephrin receptor signaling pathway / collagen binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix organization / embryo implantation / positive regulation of receptor binding / skeletal system development / Signaling by SCF-KIT / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / tertiary granule lumen / cell migration / peptidase activity / positive regulation of protein phosphorylation / cellular response to lipopolysaccharide / : / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / endopeptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of apoptotic process / serine-type endopeptidase activity / apoptotic process / Neutrophil degranulation / negative regulation of apoptotic process / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site ...Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Hemopexin, conserved site / Hemopexin domain signature. / Hemopexin-like domain / Peptidase M10A, cysteine switch, zinc binding site / Matrixins cysteine switch. / Hemopexin-like repeats / Hemopexin-like domain superfamily / Hemopexin / Hemopexin repeat profile. / Hemopexin-like repeats. / Peptidase M10A / Peptidase M10A, catalytic domain / Peptidase M10, metallopeptidase / Matrixin / PGBD-like superfamily / Peptidase, metallopeptidase / Zinc-dependent metalloprotease / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Kringle-like fold / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALT HEXAMMINE(III) / Matrix metalloproteinase-9
類似検索 - 構成要素
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.999 Å
データ登録者Appleby, T.C. / Greenstein, A.E. / Kwon, H.J.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Biochemical characterization and structure determination of a potent, selective antibody inhibitor of human MMP9.
著者: Appleby, T.C. / Greenstein, A.E. / Hung, M. / Liclican, A. / Velasquez, M. / Villasenor, A.G. / Wang, R. / Wong, M.H. / Liu, X. / Papalia, G.A. / Schultz, B.E. / Sakowicz, R. / Smith, V. / Kwon, H.J.
履歴
登録2016年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: GS-5745 Fab light chain
H: GS-5745 Fab heavy chain
A: Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9
M: GS-5745 Fab light chain
I: GS-5745 Fab heavy chain
B: Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9
N: GS-5745 Fab light chain
J: GS-5745 Fab heavy chain
C: Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)223,69624
ポリマ－222,5799
非ポリマー1,11615
水2,522140
1
L: GS-5745 Fab light chain
H: GS-5745 Fab heavy chain
A: Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5658
ポリマ－74,1933
非ポリマー3725
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area27270 Å2
手法PISA
2
M: GS-5745 Fab light chain
I: GS-5745 Fab heavy chain
B: Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5658
ポリマ－74,1933
非ポリマー3725
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5400 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area27240 Å2
手法PISA
3
N: GS-5745 Fab light chain
J: GS-5745 Fab heavy chain
C: Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,5658
ポリマ－74,1933
非ポリマー3725
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3890 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.167, 168.167, 234.735
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#3: タンパク質 Matrix metalloproteinase-9,Matrix metalloproteinase-9 / MMP-9 / 92 kDa gelatinase / 92 kDa type IV collagenase / Gelatinase B / GELB


分子量: 25962.111 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MMP9, CLG4B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P14780, gelatinase B

-
抗体 , 2種, 6分子 LMNHIJ

#1: 抗体 GS-5745 Fab light chain


分子量: 23423.979 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
#2: 抗体 GS-5745 Fab heavy chain


分子量: 24807.000 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 発現宿主: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

-
非ポリマー , 4種, 155分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Drop: 8% (w/v) PEG 8000 0.1 M HEPES, pH 7.5 50% (v/v) Silver Bullet 21 (Hampton Research) Reservoir: 22.5% (w/v) PEG 8000 0.1 M HEPES, pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 67959 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 38.93 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 0.971 / Net I/σ(I): 8.9 / Num. measured all: 412284
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.096.20.46555560.9311100
3.09-3.196.20.35255790.9361100
3.19-3.36.20.28356060.9661100
3.3-3.436.20.20555710.9651100
3.43-3.596.10.15455910.9391100
3.59-3.786.10.12155970.9521100
3.78-4.026.10.09156380.8731100
4.02-4.336.10.08256411.0051100
4.33-4.766.10.08456671.4441100
4.76-5.4560.0857051.3641100
5.45-6.865.80.05557640.7611100
6.86-505.80.02760440.523199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1L6J (MMP9), 1F8T (GS-5745 Fab)

1l6j

1f8t


解像度: 2.999→46.641 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 1999 2.95 %
Rwork0.2182 65776 -
obs0.2193 67775 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 171.53 Å2 / Biso mean: 42.7273 Å2 / Biso min: 2.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.999→46.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13367 0 33 140 13540
Biso mean--50.06 18.26 -
残基数----1717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01313794
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06818809
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0612044
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0072409
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5278082
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9994-3.07440.38131380.29734542468098
3.0744-3.15750.28551410.2846284769100
3.1575-3.25040.29771400.272146464786100
3.2504-3.35530.32991420.269946444786100
3.3553-3.47520.2821410.25446424783100
3.4752-3.61430.27071430.243246684811100
3.6143-3.77870.28691390.221946394778100
3.7787-3.97780.24261430.203246794822100
3.9778-4.22690.22221430.191146964839100
4.2269-4.5530.22721420.16547014843100
4.553-5.01070.19031430.160247184861100
5.0107-5.73460.20361450.176647494894100
5.7346-7.22070.26751460.219448164962100
7.2207-46.64680.25181530.232650085161100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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