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- PDB-5tfs: Structure of chimeric 02-K Fab, a VRC01-like germline antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tfs
タイトルStructure of chimeric 02-K Fab, a VRC01-like germline antibody
要素
  • 02-K Fab Heavy chain
  • 02-K Fab Light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / HIV-1 / VRC01 / CDRH3 / CD4-BS / Vh1-2
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.319 Å
データ登録者Pancera, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)2R01 AI081625 米国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2016
タイトル: Differences in Allelic Frequency and CDRH3 Region Limit the Engagement of HIV Env Immunogens by Putative VRC01 Neutralizing Antibody Precursors.
著者: Yacoob, C. / Pancera, M. / Vigdorovich, V. / Oliver, B.G. / Glenn, J.A. / Feng, J. / Sather, D.N. / McGuire, A.T. / Stamatatos, L.
履歴
登録2016年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.02019年12月11日Group: Author supporting evidence / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_audit_support
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 02-K Fab Heavy chain
L: 02-K Fab Light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8466
ポリマ－46,4622
非ポリマー3844
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area19060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.525, 81.295, 121.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: 抗体 02-K Fab Heavy chain


分子量: 23340.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 02-K Fab Light chain


分子量: 23121.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 30 % PEG 8000, 15 % isopropanol, 0.1 M Hepes pH 7.5, 0.2 M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.319→44.27 Å / Num. obs: 21164 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 16.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.319→44.27 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 1063 5.04 %
Rwork0.2013 --
obs0.2027 21088 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.319→44.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3240 0 20 137 3397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033345
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6234557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6261980
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044502
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003577
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3191-2.42460.31031200.2622443X-RAY DIFFRACTION99
2.4246-2.55240.26521180.23632478X-RAY DIFFRACTION100
2.5524-2.71230.27991350.24042468X-RAY DIFFRACTION100
2.7123-2.92170.26081390.24182475X-RAY DIFFRACTION100
2.9217-3.21570.22271230.22922489X-RAY DIFFRACTION100
3.2157-3.68080.24331250.19952518X-RAY DIFFRACTION100
3.6808-4.63660.20331530.16762503X-RAY DIFFRACTION100
4.6366-44.27820.19711500.17992651X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8434-1.8092-0.39122.68061.95222.60930.1920.06540.01950.1584-0.0934-1.04790.09340.2186-0.14040.2877-0.0291-0.0390.3532-0.01130.374-33.6235104.0012189.3053
22.7874-0.07430.93863.27190.90734.6873-0.02630.0956-0.07480.09170.04120.0621-0.10530.0806-0.02090.37-0.00380.03720.27460.02830.2523-45.4509106.8401190.5291
32.9325-0.39941.2184.47831.29044.9762-0.0341-0.1609-0.44690.29920.08260.76640.6106-0.2707-0.09370.4887-0.02210.06480.29050.03880.3378-46.4234101.2796199.142
41.7314-1.62020.78632.44940.58352.3534-0.00870.0622-0.05830.15410.1-0.02150.00170.1234-0.10560.362-0.05390.02420.31430.01320.3208-41.4559105.4526191.417
52.6805-1.184-0.83043.8023-0.25133.4165-0.00890.34210.055-0.58730.2772-0.0850.35150.4765-0.4010.3391-0.1247-0.01660.4789-0.08820.5114-29.622890.2241165.1739
60.9647-0.70090.26043.15170.43325.6312-0.030.12790.2938-0.38530.1375-0.2746-0.4950.6057-0.24910.4704-0.12870.08760.4492-0.03990.5117-28.606795.1647163.9986
71.4621-0.56090.78883.9704-0.65176.57810.24350.27650.2722-0.4890.1141-0.5218-0.78260.9474-0.32110.513-0.11120.12440.4842-0.07460.4762-27.770995.7017160.6551
83.93490.8645-0.20564.9880.9455.60250.2369-0.1793-0.42450.4073-0.03570.5338-0.0007-0.6286-0.18380.42530.0384-0.04740.41830.01270.5831-61.598104.5833176.4661
93.2632-1.94541.21326.27280.94174.15620.09520.12840.1559-0.1962-0.26270.2892-0.2725-0.11750.19390.37650.0119-0.02410.2875-0.0060.2521-56.4983113.0654176.9775
103.2433-0.53330.24274.6078-0.6118.66-0.10360.1539-0.0145-0.0162-0.14590.1735-0.3918-0.30280.19420.38-0.006-0.03650.2826-0.060.4267-54.8826107.3797175.5723
112.2048-1.72180.18333.43240.49742.6199-0.0116-0.1585-0.0384-0.21770.1239-0.15480.07160.1565-0.10990.4431-0.03920.03150.3631-0.01610.3009-40.674486.4499157.8803
122.8738-0.306-0.05752.58590.80762.9977-0.0387-0.1017-0.12460.0570.10170.06380.07620.2343-0.09530.43210.01510.03020.31970.0230.2723-39.764784.1079155.464
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'H' and (resid 2 through 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'H' and (resid 26 through 51 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'H' and (resid 52 through 66 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'H' and (resid 67 through 106 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'H' and (resid 107 through 134 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'H' and (resid 135 through 157 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'H' and (resid 158 through 213 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'L' and (resid 2 through 33 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'L' and (resid 34 through 75 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'L' and (resid 76 through 102 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'L' and (resid 103 through 165 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'L' and (resid 166 through 213 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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