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- PDB-5tdu: Toluene 4-monooxygenase (T4moHD) bound to product after turnover ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tdu
タイトルToluene 4-monooxygenase (T4moHD) bound to product after turnover in crystal
要素(Toluene-4-monooxygenase system protein ...) x 4
キーワードOXIDOREDUCTASE / Diiron
機能・相同性
機能・相同性情報


toluene 4-monooxygenase / toluene 4-monooxygenase activity / toluene catabolic process / monooxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component ...Monooxygenase component MmoB/DmpM / Phenol Hydroxylase P2 Protein / TmoB-like / Toluene-4-monooxygenase system B / TmoB-like superfamily / Toluene-4-monooxygenase system protein B (TmoB) / Monooxygenase component MmoB/DmpM / Monooxygenase component MmoB/DmpM superfamily / MmoB/DmpM family / Methane/phenol monooxygenase, hydroxylase component / Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide Reductase, subunit A / Ribonucleotide reductase-like / Ferritin-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / P-CRESOL / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit alpha / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit gamma / Toluene-4-monooxygenase system, effector component / Toluene-4-monooxygenase system, hydroxylase component subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas mendocina (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.742 Å
データ登録者Acheson, J.F. / Fox, B.G.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0843239 米国
Department of Energy (DOE, United States)W-31-109-ENG-38 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: In-crystal reaction cycle of a toluene-bound diiron hydroxylase.
著者: Acheson, J.F. / Bailey, L.J. / Brunold, T.C. / Fox, B.G.
履歴
登録2016年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22017年4月26日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toluene-4-monooxygenase system protein A
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
E: Toluene-4-monooxygenase system protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1937
ポリマ－114,9734
非ポリマー2203
水16,250902
1
A: Toluene-4-monooxygenase system protein A
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
E: Toluene-4-monooxygenase system protein D
ヘテロ分子

A: Toluene-4-monooxygenase system protein A
B: Toluene-4-monooxygenase system protein E
C: Toluene-4-monooxygenase system protein B
E: Toluene-4-monooxygenase system protein D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,38614
ポリマ－229,9478
非ポリマー4406
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_557x,-y,-z+21
Buried area33900 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area62730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.237, 116.003, 180.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-918-

HOH

21A-923-

HOH

31B-674-

HOH

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要素

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Toluene-4-monooxygenase system protein ... , 4種, 4分子 ABCE

#1: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein A / Toluene-4-monooxygenase hydroxylase subunit / T4moH


分子量: 57453.438 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-493 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 RILP
参照: UniProt: Q00456, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00456, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#2: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein E / T4moE


分子量: 36289.801 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 1-308 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 RILP
参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00460, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#3: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein B / T4moB


分子量: 9600.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 RILP
参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00457, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む
#4: タンパク質 Toluene-4-monooxygenase system protein D / T4mo effector protein D / T4moD / Toluene-4-monooxygenase effector protein


分子量: 11629.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas mendocina (バクテリア)
遺伝子: tmoD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 RILP
参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; ...参照: UniProt: Q00459, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; NADHまたはNADPHを片方の電子供与体とし、1つの酸素原子を取り込む

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非ポリマー , 3種, 905分子

#5: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#6: 化合物 ChemComp-PCR / P-CRESOL / p-クレゾ-ル


分子量: 108.138 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8O
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 902 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 100 mM Bis-Tris ph 6.0, 18% PEG 3350, 200 mM Ammonium Chloride, 10 mM Dithionite, 2 mM Methylviologen

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98757 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98757 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 103656 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.4 % / Net I/σ(I): 27.5
反射 シェル解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.83 / % possible all: 87.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1957精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3dhh

3dhh


解像度: 1.742→47.848 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1798 2000 1.93 %
Rwork0.1395 --
obs0.1403 103656 97.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.742→47.848 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8029 0 10 904 8943
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0068437
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.95711494
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7963135
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431187
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7416-1.78520.26211080.17625462X-RAY DIFFRACTION74
1.7852-1.83340.27291340.16656877X-RAY DIFFRACTION93
1.8334-1.88740.21771430.15147224X-RAY DIFFRACTION97
1.8874-1.94830.211440.14337361X-RAY DIFFRACTION100
1.9483-2.01790.19491460.14547381X-RAY DIFFRACTION100
2.0179-2.09870.1931450.1437404X-RAY DIFFRACTION100
2.0987-2.19430.22621460.13537419X-RAY DIFFRACTION100
2.1943-2.30990.191470.13117409X-RAY DIFFRACTION100
2.3099-2.45470.1741450.137419X-RAY DIFFRACTION100
2.4547-2.64420.17251460.13337455X-RAY DIFFRACTION100
2.6442-2.91020.1721480.14287470X-RAY DIFFRACTION100
2.9102-3.33130.18491470.14867490X-RAY DIFFRACTION100
3.3313-4.19660.1421480.13217541X-RAY DIFFRACTION100
4.1966-47.86590.16841530.13717744X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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