PDB-5tdo: Crystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5tdo

タイトル

Crystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 with redesigned heavy and light chain interfaces

要素

anti-HER2 Fab Heavy Chain
anti-HER2 Fab Light Chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / immunoglobulin / Fab / 4D5

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Yin, Y. / Carter, P.J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 with redesigned heavy and light chain interfaces
著者: Yin, Y. / Carter, P.J.

履歴

登録	2016年9月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5tdo.cif.gz	347.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5tdo.ent.gz	284 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5tdo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5tdo_validation.pdf.gz	460.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5tdo_full_validation.pdf.gz	465.2 KB	表示
XML形式データ	5tdo_validation.xml.gz	35 KB	表示
CIF形式データ	5tdo_validation.cif.gz	51 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/5tdo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/td/5tdo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5tdnC 5tdpC 1fveS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1aif-2 6tcn-2 1aif-1 5dlm-2 4x7t-1 2zkh-d 6tco-1 2aj3-2 4imk-1 1gaf-d 5nbw-2 4g6k-d 1zan-d 3kym-3 4zyk-2 6tcq-d 1fvd-2 1i7z-1 3rvt-d 5ysl-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: anti-HER2 Fab Light Chain

B: anti-HER2 Fab Heavy Chain

C: anti-HER2 Fab Light Chain

D: anti-HER2 Fab Heavy Chain

ヘテロ分子

94.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: anti-HER2 Fab Light Chain

B: anti-HER2 Fab Heavy Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: anti-HER2 Fab Light Chain

D: anti-HER2 Fab Heavy Chain

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.948, 79.953, 86.124
Angle α, β, γ (deg.)	113.810, 93.020, 102.380
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	anti-HER2 Fab Light Chain 分子量: 23463.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	anti-HER2 Fab Heavy Chain 分子量: 23787.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.9 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3,350, 0.04 M Citrate, 0.06 M BTP, pH6.4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.61→24.071 Å / Num. obs: 113015 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.052 / R_rim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 10.3 / Num. measured all: 225292

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
1.61-1.7	2	0.372	0.715	1	94
5.09-70.67	2	0.046	0.973	1	97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.2.8	データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
iMOSFLM	0.2.8	データ削減
PHENIX	1.9_1692	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FVE

1fve

解像度: 1.61→24.071 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 28.75

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2671	5667	5.02 %
R_work	0.2366	-	-
obs	0.2382	112922	95.08 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 70.13 Å² / B_iso mean: 27.3883 Å² / B_iso min: 7.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.61→24.071 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6499	0	18	453	6970
B_iso mean	-	-	44.53	28.36	-
残基数	-	-	-	-	853

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	6823
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.097	9289
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1042
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1198
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.32	2451

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.61-1.6283	0.352	180	0.2886	3568	3748	94
1.6283-1.6474	0.3222	185	0.2877	3459	3644	94
1.6474-1.6675	0.3285	191	0.286	3509	3700	94
1.6675-1.6886	0.3572	175	0.2866	3646	3821	94
1.6886-1.7108	0.3032	180	0.273	3504	3684	94
1.7108-1.7343	0.3405	187	0.2824	3533	3720	94
1.7343-1.759	0.3157	204	0.2654	3565	3769	94
1.759-1.7853	0.3281	185	0.2674	3563	3748	95
1.7853-1.8132	0.2745	178	0.2615	3550	3728	95
1.8132-1.8429	0.3144	192	0.2516	3579	3771	95
1.8429-1.8747	0.296	196	0.2454	3554	3750	95
1.8747-1.9087	0.2861	182	0.2494	3516	3698	95
1.9087-1.9454	0.3116	198	0.247	3632	3830	95
1.9454-1.9851	0.2925	176	0.2477	3532	3708	95
1.9851-2.0283	0.3016	202	0.2409	3586	3788	95
2.0283-2.0754	0.2642	163	0.2426	3583	3746	95
2.0754-2.1273	0.2964	178	0.233	3553	3731	95
2.1273-2.1848	0.2695	180	0.2376	3597	3777	95
2.1848-2.249	0.2514	184	0.2418	3567	3751	95
2.249-2.3216	0.2758	197	0.2394	3586	3783	95
2.3216-2.4045	0.2603	195	0.2471	3577	3772	96
2.4045-2.5006	0.2969	214	0.2463	3550	3764	95
2.5006-2.6143	0.2854	193	0.2405	3650	3843	96
2.6143-2.752	0.2681	204	0.2438	3599	3803	96
2.752-2.9241	0.2728	186	0.2365	3570	3756	96
2.9241-3.1494	0.2944	188	0.2436	3608	3796	96
3.1494-3.4655	0.246	188	0.2342	3639	3827	96
3.4655-3.9651	0.2479	195	0.2194	3611	3806	96
3.9651-4.9883	0.1969	198	0.1919	3658	3856	97
4.9883-24.0733	0.2226	193	0.222	3611	3804	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2032	0.3217	1.0775	2.2603	1.6648	4.3651	0.0526	-0.0414	-0.0058	0.0044	0.0219	0.1058	-0.099	0.1399	0.0419	0.4325	-0.0903	0.0111	0.2897	-0.0664	0.1992	46.7821	54.8601	38.8763
2	1.3506	0.8749	-0.7873	2.2362	-1.0933	2.869	0.2307	-0.2093	-0.1438	0.3012	-0.2569	-0.1772	-0.2941	0.3634	-0.0251	0.2494	-0.1027	-0	0.2814	0.0169	0.1955	36.2235	21.7333	52.3316
3	1.577	-0.3021	-0.1928	1.9866	-0.0337	1.3422	-0.0529	-0.1382	-0.0379	0.124	-0.001	0.0629	-0.2205	0.0649	-0.0082	0.0892	-0.005	-0.0069	0.1183	0.0109	0.1019	49.299	43.6441	19.071
4	1.1019	0.013	-0.3257	1.2797	-0.0845	1.405	0.0983	-0.0194	0.0032	0.1117	-0.0315	0.0465	-0.0931	-0.3612	0.0121	0.1335	0.0132	0.011	0.2922	0.023	0.1519	29.2275	22.4261	38.1167
5	1.2805	-0.3106	-0.158	2.3394	1.4959	4.8233	-0.0537	-0.1214	0.0116	0.0486	-0.0015	-0.0121	0.4144	0.1259	0.0051	0.3165	0.0299	-0.0298	0.2737	-0.0372	0.1829	32.9054	24.3214	-17.9048
6	0.7959	-1.0137	0.1628	3.6632	0.0376	1.6398	0.1156	-0.0543	-0.1113	-0.3039	0.0545	0.2994	0.0645	-0.0464	-0.0164	0.2266	0.028	-0.0553	0.1557	0.0036	0.2663	43.2237	-5.466	2.6412
7	1.7789	0.1807	-0.1738	1.7933	-0.6995	1.8447	-0.0501	0.07	-0.0493	-0.2643	-0.0296	-0.0098	-0.0205	0.0738	-0.0133	0.098	-0.0038	-0.0056	0.0895	0.0074	0.1094	30.6708	34.966	1.4775
8	0.2123	0.0684	0.1142	1.5989	0.2188	1.3391	0.045	-0.029	-0.122	-0.0477	0.2447	-0.5392	0.0586	0.1936	0.3329	0.1098	0.0195	0.0281	0.165	-0.0849	0.3948	50.141	8.2413	9.5827

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and ((resseq 2:108))	A	2 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and ((resseq 109:214))	A	109 - 214
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and ((resseq 1:120))	B	1 - 120
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and ((resseq 121:220))	B	121 - 220
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and ((resseq 2:108))	C	2 - 108
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and ((resseq 109:214))	C	109 - 214
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'D' and ((resseq 1:120))	D	1 - 120
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'D' and ((resseq 121:220))	D	121 - 220

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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