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- PDB-5tdn: Crystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 w... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tdn
タイトルCrystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 with redesigned heavy and light chain interfaces
要素
  • anti-HER2 Fab Heavy Chain
  • anti-HER2 Fab Light Chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / immunoglobulin / Fab / 4D5
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Yin, Y. / Carter, P.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the Fab fragment of anti-HER2 antibody 4D5 with redesigned heavy and light chain interfaces
著者: Yin, Y. / Carter, P.J.
履歴
登録2016年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: anti-HER2 Fab Light Chain
B: anti-HER2 Fab Heavy Chain
C: anti-HER2 Fab Light Chain
D: anti-HER2 Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,7787
ポリマ-94,5014
非ポリマー2763
10,539585
1
A: anti-HER2 Fab Light Chain
B: anti-HER2 Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4354
ポリマ-47,2512
非ポリマー1842
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4000 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
2
C: anti-HER2 Fab Light Chain
D: anti-HER2 Fab Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3433
ポリマ-47,2512
非ポリマー921
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3610 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.761, 79.597, 85.983
Angle α, β, γ (deg.)113.580, 93.060, 102.300
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: 抗体 anti-HER2 Fab Light Chain


分子量: 23463.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 anti-HER2 Fab Heavy Chain


分子量: 23787.666 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3,350, 0.04 M Citrate, 0.06 M BTP, pH6.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→23.506 Å / Num. obs: 108557 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 212578 / Scaling rejects: 2
反射 シェル解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.4 / CC1/2: 0.717 / % possible all: 93.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.2.8データスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
iMOSFLM0.2.8データ削減
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FVE
解像度: 1.63→23.506 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 22.82
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2153 5444 5.02 %
Rwork0.1854 --
obs0.1869 108471 95.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.07 Å2 / Biso mean: 23.4495 Å2 / Biso min: 5.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.63→23.506 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6499 0 18 585 7102
Biso mean--45.75 27.93 -
残基数----852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076793
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0879243
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421037
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051190
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1142439
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.63-1.64850.35061570.28523397355494
1.6485-1.66790.32681840.27323341352594
1.6679-1.68820.28771860.25483443362994
1.6882-1.70960.2831560.23153324348094
1.7096-1.73210.28441910.23593398358994
1.7321-1.75580.26961800.22563453363395
1.7558-1.78090.27941750.21793364353995
1.7809-1.80750.25221870.20593369355695
1.8075-1.83570.22641610.20173481364295
1.8357-1.86580.23151660.19653384355095
1.8658-1.89790.21891930.19673366355995
1.8979-1.93240.25451850.19173499368495
1.9324-1.96960.21011770.18743396357395
1.9696-2.00980.2241830.18723429361296
2.0098-2.05340.23471850.1933461364696
2.0534-2.10120.22561680.18733411357996
2.1012-2.15370.2241650.18593484364996
2.1537-2.21190.22551850.18983380356596
2.2119-2.27690.22252010.19343499370096
2.2769-2.35030.23391790.19863413359296
2.3503-2.43430.24442030.19613456365996
2.4343-2.53160.23451760.19173444362096
2.5316-2.64670.19722040.18773439364396
2.6467-2.7860.22062020.19063486368897
2.786-2.96030.21591920.19363484367697
2.9603-3.18830.23741850.19293479366497
3.1883-3.50820.19461710.18283519369097
3.5082-4.01370.18142050.16623465367097
4.0137-5.04860.15161910.13823487367897
5.0486-23.50810.20241510.16433476362796
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0953-0.0550.05260.16580.13880.1786-0.0366-0.1504-0.02660.08230.07470.1151-0.17770.09880.0750.4834-0.16960.05930.2549-0.15270.080543.509658.461939.4769
20.14020.1002-0.14680.1983-0.130.14950.1168-0.12710.00930.1924-0.1606-0.2514-0.13160.11680.00120.2836-0.04140.02730.20510.03320.199933.007825.281952.8612
30.22960.04470.11080.282-0.31460.8329-0.0395-0.107-0.03270.1917-0.03990.1404-0.29740.0274-0.10220.0378-0.00610.00610.08480.01460.126546.194347.081819.6491
40.07370.10490.02760.26920.03620.03970.0907-0.0817-0.050.09660.02960.0652-0.0439-0.45940.1520.09420.03320.06270.37740.0770.108326.185425.893138.7315
50.230.0623-0.13640.13760.1320.4906-0.1296-0.1351-0.021-0.07410.05740.11030.38420.097-0.28750.28370.0539-0.05420.1669-0.06450.050929.590927.4828-17.3256
60.1374-0.0897-0.00370.27310.03110.14790.01110.0088-0.0727-0.18250.05630.00410.1107-0.0095-0.00210.18140.0045-0.01630.11610.01590.207839.9779-1.90563.3949
70.21690.0262-0.01670.46760.00590.2901-0.043-0.0106-0.0025-0.20.0130.0120.04050.0835-0.04250.0736-0.0131-0.00430.07650.01160.100927.596138.30612.1088
80.0527-0.0455-0.04370.0683-0.04040.26630.0174-0.1187-0.15810.06280.1346-0.2003-0.04510.12590.12340.08130.02470.00970.1147-0.04460.272446.864711.78459.9193
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 2:108))A2 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 109:214))A109 - 214
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and ((resseq 1:120))B1 - 120
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resseq 121:220))B121 - 220
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and ((resseq 2:108))C2 - 108
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and ((resseq 109:214))C109 - 214
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and ((resseq 1:120))D1 - 120
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and ((resseq 121:220))D121 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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