ソフトウェア 名称 バージョン 分類 Aimless0.2.8データスケーリング PHENIX1.9_1692精密化 PDB_EXTRACT3.2 データ抽出 iMOSFLM0.2.8データ削減 PHENIX1.9_1692位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1FVE解像度 : 1.63→23.506 Å / SU ML : 0.19 / 交差検証法 : FREE R-VALUE / σ(F) : 1.97 / 位相誤差 : 22.82 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.2153 5444 5.02 % Rwork 0.1854 - - obs 0.1869 108471 95.58 %
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å原子変位パラメータ Biso max : 72.07 Å2 / Biso mean : 23.4495 Å2 / Biso min : 5.49 Å2 精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 1.63→23.506 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 6499 0 18 585 7102 Biso mean - - 45.75 27.93 - 残基数 - - - - 852
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.007 6793 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.087 9243 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.042 1037 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.005 1190 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d13.114 2439
LS精密化 シェル Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used : 30
大きな表を表示 (7 x 30) 大きな表を隠す 解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Num. reflection all % reflection obs (%)1.63-1.6485 0.3506 157 0.2852 3397 3554 94 1.6485-1.6679 0.3268 184 0.2732 3341 3525 94 1.6679-1.6882 0.2877 186 0.2548 3443 3629 94 1.6882-1.7096 0.283 156 0.2315 3324 3480 94 1.7096-1.7321 0.2844 191 0.2359 3398 3589 94 1.7321-1.7558 0.2696 180 0.2256 3453 3633 95 1.7558-1.7809 0.2794 175 0.2179 3364 3539 95 1.7809-1.8075 0.2522 187 0.2059 3369 3556 95 1.8075-1.8357 0.2264 161 0.2017 3481 3642 95 1.8357-1.8658 0.2315 166 0.1965 3384 3550 95 1.8658-1.8979 0.2189 193 0.1967 3366 3559 95 1.8979-1.9324 0.2545 185 0.1917 3499 3684 95 1.9324-1.9696 0.2101 177 0.1874 3396 3573 95 1.9696-2.0098 0.224 183 0.1872 3429 3612 96 2.0098-2.0534 0.2347 185 0.193 3461 3646 96 2.0534-2.1012 0.2256 168 0.1873 3411 3579 96 2.1012-2.1537 0.224 165 0.1859 3484 3649 96 2.1537-2.2119 0.2255 185 0.1898 3380 3565 96 2.2119-2.2769 0.2225 201 0.1934 3499 3700 96 2.2769-2.3503 0.2339 179 0.1986 3413 3592 96 2.3503-2.4343 0.2444 203 0.1961 3456 3659 96 2.4343-2.5316 0.2345 176 0.1917 3444 3620 96 2.5316-2.6467 0.1972 204 0.1877 3439 3643 96 2.6467-2.786 0.2206 202 0.1906 3486 3688 97 2.786-2.9603 0.2159 192 0.1936 3484 3676 97 2.9603-3.1883 0.2374 185 0.1929 3479 3664 97 3.1883-3.5082 0.1946 171 0.1828 3519 3690 97 3.5082-4.0137 0.1814 205 0.1662 3465 3670 97 4.0137-5.0486 0.1516 191 0.1382 3487 3678 97 5.0486-23.5081 0.2024 151 0.1643 3476 3627 96
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 8) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.0953 -0.055 0.0526 0.1658 0.1388 0.1786 -0.0366 -0.1504 -0.0266 0.0823 0.0747 0.1151 -0.1777 0.0988 0.075 0.4834 -0.1696 0.0593 0.2549 -0.1527 0.0805 43.5096 58.4619 39.4769 2 0.1402 0.1002 -0.1468 0.1983 -0.13 0.1495 0.1168 -0.1271 0.0093 0.1924 -0.1606 -0.2514 -0.1316 0.1168 0.0012 0.2836 -0.0414 0.0273 0.2051 0.0332 0.1999 33.0078 25.2819 52.8612 3 0.2296 0.0447 0.1108 0.282 -0.3146 0.8329 -0.0395 -0.107 -0.0327 0.1917 -0.0399 0.1404 -0.2974 0.0274 -0.1022 0.0378 -0.0061 0.0061 0.0848 0.0146 0.1265 46.1943 47.0818 19.6491 4 0.0737 0.1049 0.0276 0.2692 0.0362 0.0397 0.0907 -0.0817 -0.05 0.0966 0.0296 0.0652 -0.0439 -0.4594 0.152 0.0942 0.0332 0.0627 0.3774 0.077 0.1083 26.1854 25.8931 38.7315 5 0.23 0.0623 -0.1364 0.1376 0.132 0.4906 -0.1296 -0.1351 -0.021 -0.0741 0.0574 0.1103 0.3842 0.097 -0.2875 0.2837 0.0539 -0.0542 0.1669 -0.0645 0.0509 29.5909 27.4828 -17.3256 6 0.1374 -0.0897 -0.0037 0.2731 0.0311 0.1479 0.0111 0.0088 -0.0727 -0.1825 0.0563 0.0041 0.1107 -0.0095 -0.0021 0.1814 0.0045 -0.0163 0.1161 0.0159 0.2078 39.9779 -1.9056 3.3949 7 0.2169 0.0262 -0.0167 0.4676 0.0059 0.2901 -0.043 -0.0106 -0.0025 -0.2 0.013 0.012 0.0405 0.0835 -0.0425 0.0736 -0.0131 -0.0043 0.0765 0.0116 0.1009 27.5961 38.3061 2.1088 8 0.0527 -0.0455 -0.0437 0.0683 -0.0404 0.2663 0.0174 -0.1187 -0.1581 0.0628 0.1346 -0.2003 -0.0451 0.1259 0.1234 0.0813 0.0247 0.0097 0.1147 -0.0446 0.2724 46.8647 11.7845 9.9193
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Selection details Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 chain 'A' and ((resseq 2:108))A2 - 108 2 X-RAY DIFFRACTION 2 chain 'A' and ((resseq 109:214))A109 - 214 3 X-RAY DIFFRACTION 3 chain 'B' and ((resseq 1:120))B1 - 120 4 X-RAY DIFFRACTION 4 chain 'B' and ((resseq 121:220))B121 - 220 5 X-RAY DIFFRACTION 5 chain 'C' and ((resseq 2:108))C2 - 108 6 X-RAY DIFFRACTION 6 chain 'C' and ((resseq 109:214))C109 - 214 7 X-RAY DIFFRACTION 7 chain 'D' and ((resseq 1:120))D1 - 120 8 X-RAY DIFFRACTION 8 chain 'D' and ((resseq 121:220))D121 - 220