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- PDB-5ta9: Crystal structure of BuGH117Bwt in complex with neoagarobiose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ta9
タイトルCrystal structure of BuGH117Bwt in complex with neoagarobiose
要素Glycoside Hydrolase
キーワードHYDROLASE / agarase / glycoside hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase, family 43 / Glycosyl hydrolases family 43 / Glycosyl hydrolase domain; family 43 / 5 Propeller / Tachylectin-2; Chain A / Glycosyl hydrolase, five-bladed beta-propellor domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6-anhydro-alpha-L-galactopyranose / beta-D-galactopyranose / Glycoside Hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides uniformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pluvinage, B. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Molecular basis of an agarose metabolic pathway acquired by a human intestinal symbiont.
著者: Pluvinage, B. / Grondin, J.M. / Amundsen, C. / Klassen, L. / Moote, P.E. / Xiao, Y. / Thomas, D. / Pudlo, N.A. / Anele, A. / Martens, E.C. / Inglis, G.D. / Uwiera, R.E.R. / Boraston, A.B. / Abbott, D.W.
履歴
登録2016年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside Hydrolase
B: Glycoside Hydrolase
C: Glycoside Hydrolase
D: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,01416
ポリマ－182,5484
非ポリマー1,46612
水8,053447
1
A: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0044
ポリマ－45,6371
非ポリマー3673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0044
ポリマ－45,6371
非ポリマー3673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0044
ポリマ－45,6371
非ポリマー3673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0044
ポリマ－45,6371
非ポリマー3673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Glycoside Hydrolase
B: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,0078
ポリマ－91,2742
非ポリマー7336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8720 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area27110 Å2
手法PISA
6
C: Glycoside Hydrolase
D: Glycoside Hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,0078
ポリマ－91,2742
非ポリマー7336
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8670 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area26680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.511, 104.380, 198.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Glycoside Hydrolase


分子量: 45636.973 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides uniformis (バクテリア)
株: NP1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A2D0TCD6*PLUS
#2: 糖
ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-AAL / 3,6-anhydro-alpha-L-galactopyranose / 3,6-ANHYDRO-L-GALACTOSE / 3,6-anhydro-alpha-L-galactose / 3,6-anhydro-galactose / 3,6-アンヒドロ-α-L-ガラクトピラノ-ス


タイプ: L-saccharide, alpha linking / 分子量: 162.141 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O5
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.09 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1-0.18M LiSo4, 0.1M Tris-HCl, 25-30% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→99.25 Å / Num. obs: 65697 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 8.3 % / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / CC1/2: 0.825 / % possible all: 90

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→99.25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 10.431 / SU ML: 0.231 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.5 / ESU R Free: 0.279
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2531 3303 5 %RANDOM
Rwork0.2071 ---
obs0.2095 62315 95.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.2 Å2 / Biso mean: 41.588 Å2 / Biso min: 11.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2---2 Å20 Å2
3---2.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→99.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11798 0 96 447 12341
Biso mean--45.37 32.04 -
残基数----1476
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0212247
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210915
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.93716640
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.892325247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0951472
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.55924.148581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.95151933
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8361560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21688
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02113806
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.724.2095900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7194.2095899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.8376.3077368
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 252 -
Rwork0.284 4219 -
all-4471 -
obs--89.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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