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- PDB-6da9: Crystal structure of the TtnD decarboxylase from the tautomycetin... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6da9 | ||||||
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Title | Crystal structure of the TtnD decarboxylase from the tautomycetin biosynthesis pathway of Streptomyces griseochromogenes with FMN bound at 2.05 A resolution | ||||||
![]() | UbiD-like decarboxylase | ||||||
![]() | LYASE / TtnD / decarboxylase / tautomycetin biosynthesis / prFMN binding / Structural Genomics / PSI-Biology / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis / NatPro | ||||||
Function / homology | ![]() pyrrole-2-carboxylate decarboxylase / 3-octaprenyl-4-hydroxybenzoate carboxy-lyase activity / ferulate metabolic process / cinnamic acid catabolic process / ubiquinone biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Han, L. / Rudolf, J.D. / Chang, C.-Y. / Miller, M.D. / Soman, J. / Xu, W. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro) | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: Biochemical and Structural Characterization of TtnD, a Prenylated FMN-Dependent Decarboxylase from the Tautomycetin Biosynthetic Pathway. Authors: Annaval, T. / Han, L. / Rudolf, J.D. / Xie, G. / Yang, D. / Chang, C.Y. / Ma, M. / Crnovcic, I. / Miller, M.D. / Soman, J. / Xu, W. / Phillips Jr., G.N. / Shen, B. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 206.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 160 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 752.2 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
Full document | ![]() | 753.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 19.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 28.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6da6C ![]() 6da7SC C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 54783.375 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Gene: ttnD Plasmid details: ttnD gene cloned in pCDFDuet-1 between EcoRI and HindIII sites Plasmid: pBS13033 / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: C6ZCR8, Lyases; Carbon-carbon lyases; Carboxy-lyases |
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-Non-polymers , 5 types, 201 molecules ![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-FMN / | ||||
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#3: Chemical | ChemComp-MN / | ||||
#4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-UNL / | Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Colour: yellow / Density Matthews: 2.68 Å3/Da / Density % sol: 54.03 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 3 mM TtnD1, 3 mM MnCl2, 0.5 mM FMN, 20% (v/v) glycerol in precipitant solution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Experiment crystal grow comp |
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Experiment crystal grow sol |
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Experiment crystal cryo treatment | Cooling details: Direct immersion in liquid nitrogen. Final solution details: 3mM TtnD1, 3mM MnCl2, 0.5 mM FMN, 20% glycerol in precipitant solution |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Dec 12, 2015 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: double crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9793 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→48.5 Å / Num. obs: 37316 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 7.24 % / Biso Wilson estimate: 40.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 10.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 6DA7 Resolution: 2.05→19.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU R Cruickshank DPI: 0.299 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.17 / SU Rfree Blow DPI: 0.143 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.143 Details: 1. TLS GROUPS WERE ASSIGNED WITH THE AID OF TLSMD. 2. ZERO OCCUPANCY HYDROGENS IN THEIR RIDING POSITION WERE USED AS ANTI-BUMPING RESTRAINTS. 3. LSSR TARGET RESTRAINTS TO THE APO TTND ...Details: 1. TLS GROUPS WERE ASSIGNED WITH THE AID OF TLSMD. 2. ZERO OCCUPANCY HYDROGENS IN THEIR RIDING POSITION WERE USED AS ANTI-BUMPING RESTRAINTS. 3. LSSR TARGET RESTRAINTS TO THE APO TTND STRUCTURE (PDBID 6DA7) WERE INCLUDED. 4. CRYSTAL WAS SOAKED WITH FMN AS A MIMIC OF THE REQUIRED CO-FACTOR, PRENYLATED-FMN (prFMN). 4. AN UNKNOWN LIGAND (UNL) IS MODELED. THERE ARE 2 UNL's BOUND IN THE TETRAMER. THE SHAPE LOOKS LIKE BENZOATE OR NIACIN. THE SITE IS ON A CRYSTALLOGRPAHIC TWO-FOLD AXIS.
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Displacement parameters | Biso max: 252.28 Å2 / Biso mean: 54.85 Å2 / Biso min: 19.41 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.27 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→19.98 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.11 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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