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- PDB-5t9t: Protocadherin Gamma B2 extracellular cadherin domains 1-5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5t9t
タイトルProtocadherin Gamma B2 extracellular cadherin domains 1-5
要素Protocadherin gamma B2-alpha C
キーワードCELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / calcium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cadherin, C-terminal catenin-binding domain / Cadherin C-terminal cytoplasmic tail, catenin-binding region / Cadherin, cytoplasmic C-terminal domain / Cadherin cytoplasmic C-terminal / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / : / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. ...Cadherin, C-terminal catenin-binding domain / Cadherin C-terminal cytoplasmic tail, catenin-binding region / Cadherin, cytoplasmic C-terminal domain / Cadherin cytoplasmic C-terminal / Cadherin, N-terminal / Cadherin-like / : / Cadherins / Cadherin conserved site / Cadherin domain signature. / Cadherin repeats. / Cadherin domain / Cadherin-like / Cadherins domain profile. / Cadherin-like superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-D-mannopyranose / Protocadherin gamma B2-alpha C
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Goodman, K.M. / Mannepalli, S. / Bahna, F. / Honig, B. / Shapiro, L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM103403 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD012351 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorOD021764 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: gamma-Protocadherin structural diversity and functional implications.
著者: Goodman, K.M. / Rubinstein, R. / Thu, C.A. / Mannepalli, S. / Bahna, F. / Ahlsen, G. / Rittenhouse, C. / Maniatis, T. / Honig, B. / Shapiro, L.
履歴
登録2016年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / pdbx_audit_support / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22023年10月4日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protocadherin gamma B2-alpha C
B: Protocadherin gamma B2-alpha C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,26143
ポリマ－118,8412
非ポリマー4,42041
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8830 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area55900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.722, 118.067, 98.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is dimeric. This was determined by sedimentation equilibrium analytical ultracentrifugation.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Protocadherin gamma B2-alpha C


分子量: 59420.711 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8K486

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糖 , 3種, 15分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 30分子

#3: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: batch mode / pH: 7.5
詳細: 8.3% (w/v) PEG8000, 16.7% (v/v) ethylene glycol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1 M Morpheus Buffer System 2 (Hepes/MOPS buffer; Molecular Dimensions)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→40 Å / Num. obs: 22663 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 69.73 Å2 / CC1/2: 0.957 / Rmerge(I) obs: 0.369 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル解像度: 3.5→3.78 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 1.176 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / CC1/2: 0.561 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5SZR

5szr


解像度: 3.5→39.751 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2565 1088 4.81 %
Rwork0.2131 --
obs0.2151 22631 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→39.751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7981 0 238 4 8223
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0038364
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61311461
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8045088
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441391
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041512
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5-3.65920.36651330.30512666X-RAY DIFFRACTION100
3.6592-3.8520.34731310.29222689X-RAY DIFFRACTION100
3.852-4.09310.28051470.23522679X-RAY DIFFRACTION100
4.0931-4.40880.24681360.21482659X-RAY DIFFRACTION100
4.4088-4.85180.24011390.19492678X-RAY DIFFRACTION100
4.8518-5.55220.25321360.17922719X-RAY DIFFRACTION100
5.5522-6.9890.2711430.21242694X-RAY DIFFRACTION100
6.989-39.7540.1721230.16952759X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0556-0.0350.00860.0339-0.00290.0954-0.118-0.12-0.2665-0.0687-0.2413-0.4823-0.1518-0.0524-0.00680.5260.1140.11430.38030.08380.6412-7.9854146.489-78.4155
20.0390.03380.06930.0837-0.01860.09010.27690.237-0.1098-0.0976-0.37220.39090.0210.1186-0.00130.64170.0655-0.0890.3587-0.02570.3834-13.331517.0889-42.6358
30.81740.38220.24510.5076-0.21141.35850.2501-0.10120.1775-0.2022-0.0183-0.37740.1894-0.11220.54220.2075-0.00580.20660.4220.18650.7196-1.9162104.0355-68.7844
40.1305-0.034-0.15860.06780.02530.19610.15970.08940.0301-0.053-0.11-0.06510.3268-0.1425-00.7545-0.0238-0.19660.47630.0390.6695-14.614156.6678-60.9917
50.02230.0447-0.00520.0546-0.01230.0091-0.2208-0.04190.10550.1541-0.0801-0.0537-0.35490.0739-0.01190.4816-0.0925-0.13360.41020.11450.5215-5.529662.0946-41.1242
60.0187-0.0415-0.040.07910.0430.03940.39110.0099-0.10540.2026-0.2605-0.06820.0462-0.0422-00.62760.0178-0.02170.47080.01640.6893-23.262106.9651-62.3503
70.0746-0.05910.06030.0434-0.0540.0661-0.0262-0.22080.05210.0702-0.2962-0.16160.06480.2023-0.63260.1583-0.12830.19860.55980.14890.191-1.744517.5165-19.4249
80.16640.0321-0.16680.0387-0.00970.1652-0.17140.0274-0.055-0.2487-0.10320.116-0.0884-0.0565-00.60270.017-0.06690.45620.00450.443-32.5106154.3026-74.7614
90.083-0.0239-0.08370.88470.61080.4955-0.1208-0.5193-0.0216-0.27330.26080.09110.0032-0.10930.43740.34330.0422-0.05750.62940.18450.3508-14.1347-24.92996.0989
100.0608-0.01710.10740.0259-0.02040.25910.2450.03790.07180.096-0.3821-0.63720.0809-0.1343-0.00020.48620.0624-0.05340.41660.01840.4587-37.0127205.8695-76.6438
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 2:96 )A2 - 96
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID 2:96 )B2 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 97:204 )A97 - 204
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 97:204 )B97 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 205:310 )A205 - 310
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 205:310 )B205 - 310
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 311:415 )A311 - 415
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 311:415 )B311 - 415
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 416:525 )A416 - 525
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 416:527 )B416 - 527

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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