+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5szr | ||||||||||||
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Title | Protocadherin Gamma B2 extracellular cadherin domains 3-6 | ||||||||||||
Components | Protein Pcdhgb2 | ||||||||||||
Keywords | CELL ADHESION | ||||||||||||
Function / homology | Function and homology information plasma membrane => GO:0005886 / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / cell adhesion / calcium ion binding / membrane Similarity search - Function | ||||||||||||
Biological species | Mus musculus (house mouse) | ||||||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.3 Å | ||||||||||||
Authors | Goodman, K.M. / Mannepalli, S. / Bahna, F. / Rubinstein, R. / Honig, B. / Shapiro, L. | ||||||||||||
Funding support | United States, 3items
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Citation | Journal: Elife / Year: 2016 Title: gamma-Protocadherin structural diversity and functional implications. Authors: Goodman, K.M. / Rubinstein, R. / Thu, C.A. / Mannepalli, S. / Bahna, F. / Ahlsen, G. / Rittenhouse, C. / Maniatis, T. / Honig, B. / Shapiro, L. | ||||||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5szr.cif.gz | 520.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5szr.ent.gz | 430.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5szr.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5szr_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5szr_full_validation.pdf.gz | 2.2 MB | Display | |
Data in XML | 5szr_validation.xml.gz | 49.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5szr_validation.cif.gz | 68.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/5szr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sz/5szr | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5szlC 5szmC 5sznC 5szoC 5szpC 5szqC 5t9tC 5dzvS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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Details | The protein molecule is a dimer in solution, as determined by analytical ultracentrifugation, however it appears to be monomeric in this crystal structure. |
-Components
-Protein , 1 types, 3 molecules ABC
#1: Protein | Mass: 48178.320 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: EC domains 3-6 from PcdhgB2 with a C-terminal octahistidine tag Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Gene: Pcdhgb2 / Cell line (production host): HEK293F / Production host: Homo sapiens (human) / References: UniProt: Q91XX7 |
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-Sugars , 4 types, 27 molecules
#2: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #3: Polysaccharide | Source method: isolated from a genetically manipulated source #4: Polysaccharide | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | Source method: isolated from a genetically manipulated source #6: Sugar | ChemComp-MAN / |
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-Non-polymers , 3 types, 308 molecules
#5: Chemical | ChemComp-CA / #7: Chemical | ChemComp-EDO / #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.34 Å3/Da / Density % sol: 63.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: batch mode Details: 11.5% (w/v) PEG8000, 23% (v/v) ethylene glycol, 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 0.1 M Morpheus Buffer System 1 (Mes/Imidazole buffer; Molecular Dimensions) pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97919 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97919 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.3→40 Å / Num. obs: 87920 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 45.36 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 6 |
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / Redundancy: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 1.886 / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / CC1/2: 0.882 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5DZV Resolution: 2.3→19.949 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 40.43 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→19.949 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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