PDB-5t1l: Cetuximab Fab in complex with CQA(Ph)2DLSTRRLKC peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5t1l

タイトル

Cetuximab Fab in complex with CQA(Ph)2DLSTRRLKC peptide

要素

(CETUXIMAB FAB HEAVY ...) x 2
CETUXIMAB FAB LIGHT CHAIN
CYCLIC MEDITOPE CQA(Ph)2DLSTRRLKC

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibody / anti-EGFR

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Bzymek, K.P. / Williams, J.C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Natural and non-natural amino-acid side-chain substitutions: affinity and diffraction studies of meditope-Fab complexes.
著者: Bzymek, K.P. / Avery, K.A. / Ma, Y. / Horne, D.A. / Williams, J.C.

履歴

登録	2016年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年10月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年11月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.page_first ..._citation.journal_abbrev / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Derived calculations / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id
改定 2.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.3	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5t1l.ent.gz	292.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5t1l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5t1l_validation.pdf.gz	490.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5t1l_full_validation.pdf.gz	494.7 KB	表示
XML形式データ	5t1l_validation.xml.gz	38.2 KB	表示
CIF形式データ	5t1l_validation.cif.gz	55.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/5t1l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t1/5t1l	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5etuC 5eukC 5f88C 5ff6C 5i2iC 5iopC 5ir1C 5itfC 5iv2C 5ivzC 5t1kC 5t1mC 5th2C 4gw1S 4iwe PDB 未公開エントリ S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4gw1-2 5ivz-1 5f88-1 5icx-2 6azl-2 5itf-2 5id0-1 5icy-2 4gw5-1 5f88-2 6au5-2 5hyq-1 5t78-2 5id1-1 4kk5-3 5t1m-1 5icz-1 5hpm-1 5euk-2 5t1m-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CETUXIMAB FAB LIGHT CHAIN

B: CETUXIMAB FAB HEAVY CHAIN

C: CETUXIMAB FAB LIGHT CHAIN

D: CETUXIMAB FAB HEAVY CHAIN

E: CYCLIC MEDITOPE CQA(Ph)2DLSTRRLKC

F: CYCLIC MEDITOPE CQA(Ph)2DLSTRRLKC

ヘテロ分子

98 kDa, 6 ポリマー
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1

A: CETUXIMAB FAB LIGHT CHAIN

B: CETUXIMAB FAB HEAVY CHAIN

E: CYCLIC MEDITOPE CQA(Ph)2DLSTRRLKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49 kDa, 3 ポリマー
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2

C: CETUXIMAB FAB LIGHT CHAIN

D: CETUXIMAB FAB HEAVY CHAIN

F: CYCLIC MEDITOPE CQA(Ph)2DLSTRRLKC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.050, 82.970, 211.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
抗体 , 3種, 4分子 ACBD

#1: 抗体	CETUXIMAB FAB LIGHT CHAIN 分子量: 23287.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: unidentified (未定義)
#2: 抗体	CETUXIMAB FAB HEAVY CHAIN 分子量: 23708.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: unidentified (未定義)
#3: 抗体	CETUXIMAB FAB HEAVY CHAIN 分子量: 23725.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: unidentified (未定義)

-
タンパク質・ペプチド / 糖 , 2種, 4分子 EF

#4: タンパク質・ペプチド

CYCLIC MEDITOPE CQA(Ph)2DLSTRRLKC

分子量: 1548.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 553分子

#5: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 548 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.58 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.1 M CITRIC ACID, 0.1 M SODIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 0.4 M POTASSIUM HYDROGEN PHOSPHATE, 1.6 M SODIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, pH 5.5 PH範囲: 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年8月19日
放射	モノクロメーター: VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→34.4 Å / Num. obs: 40655 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 24.9
反射シェル	解像度: 2.48→2.54 Å / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.28 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4GW1

4gw1

解像度: 2.48→34.36 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 19.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.204	2031	5 %
R_work	0.158	-	-
obs	0.16	40642	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→34.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6756	0	53	548	7357

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	7025
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.178	9566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.938	2521
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1078
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1224

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.48-2.5378	0.2407	121	0.1904	2302	X-RAY DIFFRACTION	89
2.5378-2.6013	0.2921	130	0.1876	2536	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6013-2.6716	0.2515	138	0.1808	2571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6716-2.7501	0.2579	136	0.1744	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7501-2.8389	0.2425	134	0.1796	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8389-2.9403	0.239	134	0.1854	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9403-3.0579	0.25	135	0.1834	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0579-3.197	0.2472	135	0.1744	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
3.197-3.3654	0.202	138	0.1613	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3654-3.5761	0.2196	133	0.1509	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5761-3.8518	0.1749	137	0.1433	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8518-4.2388	0.1638	137	0.1359	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2388-4.8507	0.1755	138	0.1144	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8507-6.1058	0.1609	140	0.1384	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1058-34.3622	0.1773	145	0.185	2780	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6058	-0.8281	0.3251	1.4627	-0.8883	2.2581	0.1888	0.097	-0.116	-0.0483	-0.0081	0.1191	0.3736	-0.0615	-0.1305	0.2273	-0.0499	-0.0381	0.2017	-0.0232	0.1934	19.1991	23.6879	19.3301
2	0.7262	0.0744	-0.4773	0.8288	-0.2038	1.3082	0.0313	0.0539	-0.142	0.0476	0.0533	0.0631	0.2019	0.0442	-0.0467	0.1518	0.0208	-0.0308	0.1234	-0.0293	0.0974	27.1166	27.6903	14.787
3	0.8535	0.0127	-0.3842	0.4471	-0.5121	0.7348	0.0321	-0.0925	-0.0245	-0.0613	0.1696	-0.0664	-0.0365	0.2038	-0.0871	0.1283	-0.0048	-0.022	0.0467	-0.0071	0.1265	30.0864	28.3743	47.8974
4	0.7387	-0.2833	-0.153	1.2885	1.3752	2.3775	-0.0515	0.036	-0.0741	0.0966	-0.0103	0.246	-0.3192	0.0081	0.065	-0.1007	0.0198	-0.0055	0.1026	-0.0045	0.2384	24.6427	27.2789	50.7569
5	0.999	-0.2847	-0.6198	0.51	0.9571	1.7827	-0.0865	-0.0081	0.0074	0.0765	0.029	-0.0111	0.0774	0.1274	0.0381	0.1154	0.0343	0.0364	0.1777	0.0164	0.2238	19.8496	33.6247	55.5375
6	1.1137	0.2788	-0.7322	1.3716	-0.4746	0.5429	0.0932	-0.1427	0.0188	0.1401	-0.0125	0.0173	-0.0681	0.0476	-0.0591	0.0652	0.0035	-0.0104	0.0978	-0.0411	0.132	26.6626	28.3931	54.8988
7	1.3332	-0.5513	-1.2896	1.0288	1.016	2.7547	-0.0907	-0.4643	0.1865	0.0173	0.3329	-0.2193	-0.2262	0.4798	-0.0215	0.2399	0.0012	0.0317	0.182	-0.0333	0.256	35.5417	49.4236	25.7657
8	0.1258	0.031	0.4772	0.1832	-0.1869	1.58	0.013	0.0837	0.036	-0.0492	-0.0049	-0.0285	-0.2303	0.003	-0.0145	0.1473	0.0047	0.0172	0.112	-0.0119	0.136	33.0047	47.0584	18.8263
9	1.3777	-1.0657	0.2927	3.402	-0.4409	1.4294	-0.1968	0.0032	-0.0848	0.1452	0.1295	-0.1186	-0.0155	-0.0622	0.0003	0.0509	-0.0083	0.0159	0.1714	-0.0072	0.1325	37.0584	33.7039	50.9032
10	0.5766	-0.1566	-0.1563	1.2303	-0.0773	0.3861	-0.028	0.0979	-0.076	-0.0105	-0.046	0.0417	-0.0543	-0.0027	0.0547	0.0926	0.0061	-0.0014	0.1022	-0.0348	0.1482	36.18	35.5309	43.5204
11	2.2439	-1.701	0.7291	3.4896	-1.5509	2.3897	-0.0087	0.1936	0.1321	0.2298	-0.1449	-0.425	-0.2029	0.2622	-0.017	0.0809	-0.041	-0.0062	0.1372	0.0143	0.1828	44.9608	38.6269	47.3821
12	2	2	2.0001	2	2	2	-1.433	2.1953	-0.5678	-1.7082	1.3098	2.8257	-0.1534	-1.4474	0.1809	1.0317	-0.0169	-0.2778	1.1683	-0.5143	0.8441	25.301	44.147	37.35
13	1.4697	-1.1328	-0.757	3.2402	1.5817	3.0182	0.243	-0.0544	0.158	0.2276	-0.0958	-0.2701	-0.1763	0.1274	-0.1237	0.1986	-0.0723	0.0091	0.1835	0.0069	0.2114	11.9169	16.8188	17.6508
14	0.474	0.1235	0.4698	0.9003	0.1569	1.5597	-0.0055	0.053	0.1039	0.019	0.133	0.0745	-0.1207	-0.0477	-0.1271	0.1582	-0.0257	0.0019	0.128	0.0221	0.1195	3.055	14.0366	11.8166
15	0.8438	0.4041	-0.2441	0.9047	0.619	1.3315	0.034	0.0547	0.0651	0.0396	0.107	-0.1261	0.0273	0.0359	-0.0876	0.1895	-0.0024	-0.0191	0.1333	0.0129	0.1001	5.3983	10.8689	15.5131
16	0.4095	0.1415	0.2123	0.4976	0.5809	0.7005	-0.0202	-0.0133	-0.0018	-0.0438	0.0694	0.0416	-0.1139	0.0059	-0.0316	0.0649	0.0191	0.0246	0.085	0.01	0.1369	1.3969	8.6464	46.2292
17	0.2346	-0.1756	0.3418	2.5147	-1.8447	1.6436	-0.0748	0.0945	0.0734	0.0075	0.0479	-0.1924	-0.0374	0.1343	0.0467	0.0468	0.018	-0.0017	0.1004	-0.0133	0.1398	6.9915	10.1335	48.8428
18	1.5472	-0.3565	0.3172	0.96	-0.4691	0.4822	-0.3048	-0.173	0.1069	0.0919	0.059	-0.0737	-0.0808	-0.1158	-0.4783	0.0122	0.0759	-0.034	0.2186	-0.0782	0.1504	11.9964	3.6619	52.9474
19	0.8804	-0.21	0.3407	1.7089	-0.7406	1.5242	-0.0702	-0.1069	0.0395	0.1563	0.0894	-0.0308	-0.1341	-0.0067	-0.0149	0.0568	0.0044	-0.0062	0.1218	-0.0128	0.0854	5.1236	8.6703	52.9835
20	2.0079	-1.2402	1.4536	1.6232	-1.4972	2.2526	-0.3182	-0.1528	-0.0358	0.297	0.4135	-0.0649	0.444	-0.4255	-0.0528	0.3518	-0.0094	-0.0433	0.2217	-0.0296	0.286	-2.9299	-10.5227	22.3972
21	0.6695	-0.236	-0.1221	0.9932	-0.0411	1.8597	-0.039	0.0648	-0.0648	0.0342	0.0567	-0.0066	0.2014	-0.0101	-0.045	0.205	-0.023	-0.0198	0.1278	0.0034	0.1328	-0.6222	-6.7818	12.6914
22	1.2227	-0.8495	-0.4678	1.9014	-0.2735	0.4516	0.0167	-0.0616	0.0448	0.0008	0.0072	0.0012	0.0932	-0.0601	-0.0102	0.0674	-0.0023	-0.0177	0.095	0.0061	0.0961	-4.0171	0.5219	43.3447
23	2.114	-0.7358	-0.334	1.982	0.3441	1.4612	-0.0461	0.0971	-0.0812	0.0334	-0.0521	0.2385	0.1351	-0.3646	0.0393	0.0673	-0.0281	-0.0097	0.1465	0.0067	0.1871	-12.8939	-1.379	45.0308
24	1.2	-0.4246	1.1569	3.5164	-0.0262	2.3492	0.001	-0.4762	-0.0906	0.6021	0.1115	0.3023	0.0446	-0.2303	-0.0019	0.1688	0.0065	0.0317	0.1632	-0.0311	0.1371	23.0113	35.0436	30.8223
25	2.8003	-0.8335	-0.554	2.2448	-0.1982	2.2367	-0.0011	-0.4318	0.144	0.5787	-0.0733	-0.3633	0.1416	0.4574	0.0175	0.2917	-0.0593	-0.0676	0.2947	0.0232	0.206	8.6129	4.299	28.4616

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:25 )	A	1 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 26:101 )	A	26 - 101
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 102:128 )	A	102 - 128
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 129:150 )	A	129 - 150
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 151:163 )	A	151 - 163
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 164:213 )	A	164 - 213
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 1:17 )	B	1 - 17
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 18:130 )	B	18 - 130
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 131:151 )	B	131 - 151
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 152:194 )	B	152 - 194
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 195:220 )	B	195 - 220
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND ( RESID 221:221 OR RESID 301:301 ) )	B	221
13	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND ( RESID 221:221 OR RESID 301:301 ) )	B	301
14	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN C AND RESID 1:25 )	C	1 - 25
15	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 26:75 )	C	26 - 75
16	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 76:101 )	C	76 - 101
17	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 102:128 )	C	102 - 128
18	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 129:150 )	C	129 - 150
19	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 151:163 )	C	151 - 163
20	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN C AND RESID 164:213 )	C	164 - 213
21	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 1:17 )	D	1 - 17
22	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 18:117 )	D	18 - 117
23	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 118:194 )	D	118 - 194
24	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND ( RESID 195:220 OR RESID 301:301 ) )	D	195 - 220
25	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND ( RESID 195:220 OR RESID 301:301 ) )	D	301
26	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN E AND RESID 1:12 )	E	1 - 12
27	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN F AND RESID 1:12 )	F	1 - 12

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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