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- PDB-5sxp: STRUCTURAL BASIS FOR THE INTERACTION BETWEEN ITCH PRR AND BETA-PIX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sxp
タイトルSTRUCTURAL BASIS FOR THE INTERACTION BETWEEN ITCH PRR AND BETA-PIX
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase Itchy homolog
  • Rho guanine nucleotide exchange factor 7
キーワードSIGNALING PROTEIN/LIGASE / SH3 DOMAIN PEPTIDE LIGAND COMPLEX / LIGASE / SIGNALING PROTEIN-LIGASE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of microtubule nucleation / regulation of protein deubiquitination / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / ubiquitin-like protein transferase activity / negative regulation of defense response to virus / protein K29-linked ubiquitination / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / CXCR chemokine receptor binding ...negative regulation of microtubule nucleation / regulation of protein deubiquitination / negative regulation of cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / ubiquitin-like protein transferase activity / negative regulation of defense response to virus / protein K29-linked ubiquitination / nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / CXCR chemokine receptor binding / regulation of necroptotic process / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of lamellipodium morphogenesis / negative regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of JNK cascade / HECT-type E3 ubiquitin transferase / arrestin family protein binding / gamma-tubulin binding / focal adhesion assembly / positive regulation of fibroblast migration / regulation of hematopoietic stem cell differentiation / Ephrin signaling / negative regulation of type I interferon production / lamellipodium assembly / RHOV GTPase cycle / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / positive regulation of receptor catabolic process / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / NRAGE signals death through JNK / RHOJ GTPase cycle / mitotic spindle pole / RHOQ GTPase cycle / ubiquitin-like protein ligase binding / protein monoubiquitination / Golgi organization / ligase activity / protein K63-linked ubiquitination / CDC42 GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / Rho protein signal transduction / RHOA GTPase cycle / ephrin receptor signaling pathway / protein autoubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / ribonucleoprotein complex binding / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / ruffle / RAC1 GTPase cycle / Downregulation of ERBB4 signaling / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of GTPase activity / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / regulation of cell growth / Degradation of GLI1 by the proteasome / EGFR downregulation / Hedgehog 'on' state / NOD1/2 Signaling Pathway / Regulation of necroptotic cell death / receptor internalization / positive regulation of protein catabolic process / ubiquitin-protein transferase activity / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / ubiquitin protein ligase activity / G alpha (12/13) signalling events / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / lamellipodium / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nervous system development / cell cortex / early endosome membrane / cytoplasmic vesicle / ubiquitin-dependent protein catabolic process / postsynapse / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to virus / protein ubiquitination / inflammatory response / symbiont entry into host cell / neuron projection / positive regulation of apoptotic process / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / focal adhesion / centrosome / neuronal cell body / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / signal transduction / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Unstructured region one on RhoGEF 6 and 7 / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) ...Unstructured region one on RhoGEF 6 and 7 / Rho guanine nucleotide exchange factor 7, SH3 domain / RhoGEF 6/7, PH domain / Unstructured region two on RhoGEF 6 and 7 / E3 ubiquitin-protein ligase, SMURF1 type / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / HECT domain / HECT, E3 ligase catalytic domain / HECT-domain (ubiquitin-transferase) / HECT domain profile. / Domain Homologous to E6-AP Carboxyl Terminus with / Variant SH3 domain / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / C2 domain / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / C2 domain / C2 domain profile. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / SH3 Domains / PH domain / C2 domain superfamily / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Rho guanine nucleotide exchange factor 7 / E3 ubiquitin-protein ligase Itchy homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Cappadocia, L. / Desrochers, G. / Lussier-Price, M. / Angers, A. / Omichinski, J.G.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)312158 カナダ
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Molecular basis of interactions between SH3 domain-containing proteins and the proline-rich region of the ubiquitin ligase Itch.
著者: Desrochers, G. / Cappadocia, L. / Lussier-Price, M. / Ton, A.T. / Ayoubi, R. / Serohijos, A. / Omichinski, J.G. / Angers, A.
履歴
登録2016年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月15日Group: Data collection / Database references
改定 1.22017年4月26日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
C: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
D: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
F: E3 ubiquitin-protein ligase Itchy homolog
G: E3 ubiquitin-protein ligase Itchy homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0116
ポリマ－34,0116
非ポリマー00
水6,900383
1
A: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
C: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
G: E3 ubiquitin-protein ligase Itchy homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0063
ポリマ－17,0063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
D: Rho guanine nucleotide exchange factor 7
F: E3 ubiquitin-protein ligase Itchy homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0063
ポリマ－17,0063
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)28.845, 43.451, 61.482
Angle α, β, γ (deg.)90.37, 101.01, 105.25
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Rho guanine nucleotide exchange factor 7 / Beta-Pix / COOL-1 / PAK-interacting exchange factor beta / p85


分子量: 7094.742 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 183-243 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ARHGEF7, COOL1, KIAA0142, P85SPR, PAK3BP, PIXB, Nbla10314
プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14155
#2: タンパク質・ペプチド E3 ubiquitin-protein ligase Itchy homolog / Itch / Atrophin-1-interacting protein 4 / AIP4 / NFE2-associated polypeptide 1 / NAPP1


分子量: 2816.185 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 249-269 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITCH / プラスミド: pGEX-4T1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q96J02, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 383 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100 mM MIB buffer pH 5.0 and 25% PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月18日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 32525 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.021 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2P4R

2p4r


解像度: 1.65→41.847 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 16.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1613 1390 4.27 %
Rwork0.1389 --
obs0.1398 32519 95.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→41.847 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2294 0 0 383 2677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042390
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7143251
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6451421
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049323
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005441
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.7090.18161240.14153041X-RAY DIFFRACTION93
1.709-1.77740.17471390.13753035X-RAY DIFFRACTION94
1.7774-1.85830.17611430.13293073X-RAY DIFFRACTION94
1.8583-1.95630.15211370.13033097X-RAY DIFFRACTION95
1.9563-2.07880.16331440.13543110X-RAY DIFFRACTION95
2.0788-2.23930.19471400.1323125X-RAY DIFFRACTION96
2.2393-2.46470.1651370.14383126X-RAY DIFFRACTION97
2.4647-2.82120.17211410.15113142X-RAY DIFFRACTION97
2.8212-3.55420.14821400.14073184X-RAY DIFFRACTION98
3.5542-41.86010.14631450.13643196X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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