PDB-4fpr: Structure of a fungal protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4fpr

タイトル

Structure of a fungal protein

要素

Avirulence Effector AvrLm4-7

キーワード

PROTEIN BINDING / Alpha-beta protein / Avirulence protein

機能・相同性

Alpha-Beta Plaits - #2910 / Avirulence Effector AvrLm4-7 / Avirulence Effector AvrLm4-7 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Avirulence Effector AvrLm4-7 domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Leptosphaeria maculans (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.402 Å

データ登録者

Blondeau, K. / Blaise, F. / Graille, M. / Linglin, J. / Ollivier, B. / Labarde, A. / Doizy, A. / Daverdin, G. / Balesdent, M.H. / Rouxel, T. ...

引用

ジャーナル: Plant J. / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the effector AvrLm4-7 of Leptosphaeria maculans reveals insights into its translocation into plant cells and recognition by resistance proteins.
著者: Blondeau, K. / Blaise, F. / Graille, M. / Kale, S.D. / Linglin, J. / Ollivier, B. / Labarde, A. / Lazar, N. / Daverdin, G. / Balesdent, M.H. / Choi, D.H. / Tyler, B.M. / Rouxel, T. / van Tilbeurgh, H. / Fudal, I.

履歴

登録	2012年6月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.2	2022年8月3日	Group: Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4fpr.cif.gz	118.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4fpr.ent.gz	92.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4fpr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/4fpr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/fp/4fpr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4fpqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2uv1-d 1r1m-d 5mgg-d 2q5y-2 3ree-d 5tp1-2 5or9-d 5u87-d 5l0i-d 6xjf-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Avirulence Effector AvrLm4-7

B: Avirulence Effector AvrLm4-7

C: Avirulence Effector AvrLm4-7

D: Avirulence Effector AvrLm4-7

59.5 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Avirulence Effector AvrLm4-7

登録者が定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Avirulence Effector AvrLm4-7

登録者が定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Avirulence Effector AvrLm4-7

登録者が定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Avirulence Effector AvrLm4-7

登録者が定義した集合体
14.9 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Avirulence Effector AvrLm4-7

B: Avirulence Effector AvrLm4-7

ソフトウェアが定義した集合体
29.8 kDa, 2 ポリマー
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6

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

7

C: Avirulence Effector AvrLm4-7

D: Avirulence Effector AvrLm4-7

ソフトウェアが定義した集合体
29.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	61.150, 61.150, 155.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
1	2
2	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 5:134 )
2	1	1	chain C and (resseq 5:134 )
1	1	2	chain B and (resseq 7:133 )
2	1	2	chain D and (resseq 7:133 )

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Avirulence Effector AvrLm4-7 分子量: 14879.876 Da / 分子数: 4 / 変異: I80K, G120R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Leptosphaeria maculans (菌類) / 株: JN3 / isolate v23.1.3 / race Av1-4-5-6-7-8 / 遺伝子: AvrLm4-7, LEMA_P086290.1 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: E5A6Z5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 260 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.59 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 1.6M ammonium sulfate, 0.1M Hepes pH7, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月4日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→45 Å / Num. all: 43872 / Num. obs: 43302 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 2.4→2.46 Å / R_merge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
SHARP		位相決定
PHENIX	(phenix.refine)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.402→33.189 Å / SU ML: 0.45 / σ(F): 1.24 / 位相誤差: 30.91 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	1130	5.14 %
R_work	0.2085	-	-
obs	0.2121	43266	98.64 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.918 Å² / k_sol: 0.333 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.6695 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.6695 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.339 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.402→33.189 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4076	0	0	260	4336

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4239
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.132	5739
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.697	1525
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	613
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	742

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	1044	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	C	1044	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.013
2	1	B	1003	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	D	1003	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4023-2.4545	0.3953	118	0.3089	2602	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4545-2.5116	0.3528	140	0.2712	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5116-2.5744	0.3523	150	0.2633	2624	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5744-2.644	0.3215	122	0.2505	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
2.644-2.7217	0.3117	136	0.2338	2494	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7217-2.8095	0.3209	175	0.2307	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8095-2.9099	0.3164	128	0.2132	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9099-3.0263	0.2838	136	0.2031	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0263-3.164	0.3328	161	0.2021	2523	X-RAY DIFFRACTION	100
3.164-3.3306	0.2766	170	0.2205	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3306-3.5391	0.3152	141	0.1843	2491	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5391-3.812	0.2575	140	0.1832	2544	X-RAY DIFFRACTION	97
3.812-4.1949	0.2261	137	0.1642	2388	X-RAY DIFFRACTION	93
4.1949-4.8004	0.2197	120	0.1439	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8004-6.042	0.2042	135	0.16	2593	X-RAY DIFFRACTION	100
6.042-33.1925	0.1837	116	0.1793	2603	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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