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- PDB-5tp1: The structure of the C-terminus of virulence protein IncE from Ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5tp1
タイトルThe structure of the C-terminus of virulence protein IncE from Chlamydia trachomatis bound to Mus musculus SNX5-PX domain
要素
  • Inclusion membrane protein E
  • Sorting nexin-5
キーワードPROTEIN TRANSPORT / host-pathogen
機能・相同性
機能・相同性情報


pathogen-containing vacuole membrane / extrinsic component of endosome membrane / epidermal growth factor catabolic process / positive regulation of renal sodium excretion / pinocytosis / tubular endosome / macropinocytic cup / retromer complex / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis ...pathogen-containing vacuole membrane / extrinsic component of endosome membrane / epidermal growth factor catabolic process / positive regulation of renal sodium excretion / pinocytosis / tubular endosome / macropinocytic cup / retromer complex / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / brush border / dynactin binding / phagocytic cup / : / host cell membrane / D1 dopamine receptor binding / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / ruffle / negative regulation of blood pressure / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / cytoplasmic vesicle membrane / early endosome membrane / membrane => GO:0016020 / endosome / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inclusion membrane protein E / Inclusion membrane protein E / Sorting nexin-5 / Sorting nexin-5/6/32 / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Phox-like domain / PX Domain / PX domain profile. / PX domain ...Inclusion membrane protein E / Inclusion membrane protein E / Sorting nexin-5 / Sorting nexin-5/6/32 / Sorting nexin Vps5-like, C-terminal / Vps5 C terminal like / Phox-like domain / PX Domain / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / AH/BAR domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Inclusion membrane protein E / Sorting nexin-5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.31 Å
データ登録者Rosenberg, O. / Czudnochowski, N.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)K08 AI091656-04 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Chlamydia interfere with an interaction between the mannose-6-phosphate receptor and sorting nexins to counteract host restriction.
著者: Elwell, C.A. / Czudnochowski, N. / von Dollen, J. / Johnson, J.R. / Nakagawa, R. / Mirrashidi, K. / Krogan, N.J. / Engel, J.N. / Rosenberg, O.S.
履歴
登録2016年10月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sorting nexin-5
B: Sorting nexin-5
C: Sorting nexin-5
D: Sorting nexin-5
P: Inclusion membrane protein E
Q: Inclusion membrane protein E
R: Inclusion membrane protein E
S: Inclusion membrane protein E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,5218
ポリマ－86,5218
非ポリマー00
水4,540252
1
A: Sorting nexin-5
P: Inclusion membrane protein E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6302
ポリマ－21,6302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10260 Å2
手法PISA
2
B: Sorting nexin-5
Q: Inclusion membrane protein E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6302
ポリマ－21,6302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1320 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10160 Å2
手法PISA
3
C: Sorting nexin-5
R: Inclusion membrane protein E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6302
ポリマ－21,6302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1300 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10210 Å2
手法PISA
4
D: Sorting nexin-5
S: Inclusion membrane protein E


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6302
ポリマ－21,6302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1360 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area10170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.730, 110.100, 86.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.34, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Sorting nexin-5


分子量: 18938.250 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Snx5 / プラスミド: pH3C
詳細 (発現宿主): modified pET vector with n-terminal 8-his tag and precision protease site
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9D8U8
#2: タンパク質・ペプチド
Inclusion membrane protein E


分子量: 2692.049 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Chlamydia trachomatis D/UW-3/CX (トラコーマクラミジア)
参照: UniProt: P0DJI4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 252 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: SNX5/IncE in 20 mM Hepes pH 7.4, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP was mixed with an equal volume of 26% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→67.84 Å / Num. obs: 29845 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.6 % / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.31→2.43 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.282 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / CC1/2: 0.332 / % possible all: 98.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
Blu-Iceデータ収集
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HPC

3hpc


解像度: 2.31→67.838 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 1441 4.84 %
Rwork0.2032 --
obs0.2058 29799 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.31→67.838 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5549 0 0 252 5801
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.647678
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0432127
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033865
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003989
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.31-2.39260.34751360.28492814X-RAY DIFFRACTION98
2.3926-2.48840.31431460.25692788X-RAY DIFFRACTION99
2.4884-2.60170.26651610.24772813X-RAY DIFFRACTION99
2.6017-2.73880.32031790.21972763X-RAY DIFFRACTION99
2.7388-2.91040.2581280.22322847X-RAY DIFFRACTION99
2.9104-3.13510.31641210.21552867X-RAY DIFFRACTION99
3.1351-3.45060.25311440.20532848X-RAY DIFFRACTION99
3.4506-3.94990.22751280.18892857X-RAY DIFFRACTION100
3.9499-4.97620.24451530.17662863X-RAY DIFFRACTION100
4.9762-67.86680.22111450.17572898X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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