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- PDB-5sx4: Crystal Structure of panitumumab in complex with epidermal growth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5sx4
タイトルCrystal Structure of panitumumab in complex with epidermal growth factor receptor domain 3.
要素
  • (Panitumumab Fab ...) x 2
  • Epidermal growth factor receptor
キーワードTRANSFERASE/IMMUNE SYSTEM / Cetuximab / panitumumab / EGFR / Vectibix / Erbitux / TRANSFERASE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of protein kinase C activity / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity ...response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of protein kinase C activity / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / ovulation cycle / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / epidermal growth factor binding / response to UV-A / tongue development / PLCG1 events in ERBB2 signaling / midgut development / hydrogen peroxide metabolic process / ERBB2-EGFR signaling pathway / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / morphogenesis of an epithelial fold / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / intracellular vesicle / Signaling by EGFR / protein tyrosine kinase activator activity / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to cobalamin / Signaling by ERBB4 / eyelid development in camera-type eye / protein insertion into membrane / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / Respiratory syncytial virus (RSV) attachment and entry / regulation of JNK cascade / PI3K events in ERBB2 signaling / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of mitotic cell cycle / MAP kinase kinase kinase activity / hair follicle development / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / embryonic placenta development / positive regulation of bone resorption / GAB1 signalosome / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / salivary gland morphogenesis / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of phosphorylation / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / EGFR Transactivation by Gastrin / cellular response to epidermal growth factor stimulus / cellular response to cadmium ion / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / GRB2 events in ERBB2 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of DNA repair / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / SHC1 events in ERBB2 signaling / ossification / cellular response to dexamethasone stimulus / neurogenesis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / positive regulation of epithelial cell proliferation / neuron projection morphogenesis / basal plasma membrane / epithelial cell proliferation / positive regulation of superoxide anion generation / positive regulation of DNA replication / Signal transduction by L1 / cellular response to estradiol stimulus / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / astrocyte activation / liver regeneration / cellular response to amino acid stimulus / positive regulation of protein localization to plasma membrane / Signaling by ERBB2 TMD/JMD mutants / lung development / EGFR downregulation / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of MAP kinase activity / Constitutive Signaling by EGFRvIII / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Signaling by ERBB2 ECD mutants / epidermal growth factor receptor signaling pathway / Signaling by ERBB2 KD Mutants / receptor protein-tyrosine kinase / negative regulation of protein catabolic process / kinase binding / Downregulation of ERBB2 signaling / positive regulation of miRNA transcription / peptidyl-tyrosine phosphorylation / cell-cell adhesion / ruffle membrane
類似検索 - 分子機能
24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Alpha-Beta Horseshoe / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain ...24 nucleotide stem-loop, u2 snrnp hairpin iv. U2 a'; Chain A / Receptor L-domain / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Alpha-Beta Horseshoe / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / : / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Immunoglobulins / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Epidermal growth factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Sickmier, E.A. / Kurzeja, R.J.M. / Michelsen, K. / Mukta, V. / Yang, E. / Tasker, A.S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: The Panitumumab EGFR Complex Reveals a Binding Mechanism That Overcomes Cetuximab Induced Resistance.
著者: Sickmier, E.A. / Kurzeja, R.J. / Michelsen, K. / Vazir, M. / Yang, E. / Tasker, A.S.
履歴
登録2016年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: Panitumumab Fab Light Chain
J: Panitumumab Fab Heavy Chain
L: Panitumumab Fab Light Chain
H: Panitumumab Fab Heavy Chain
M: Epidermal growth factor receptor
N: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,06818
ポリマ－138,6696
非ポリマー1,39912
水2,108117
1
I: Panitumumab Fab Light Chain
J: Panitumumab Fab Heavy Chain
M: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9538
ポリマ－69,3353
非ポリマー6195
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6290 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area26580 Å2
手法PISA
2
L: Panitumumab Fab Light Chain
H: Panitumumab Fab Heavy Chain
N: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,11510
ポリマ－69,3353
非ポリマー7817
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area27060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.273, 113.184, 232.443
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 MN

#3: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 22280.316 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 335-525 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00533, receptor protein-tyrosine kinase

-
抗体 , 2種, 4分子 ILJH

#1: 抗体 Panitumumab Fab Light Chain


分子量: 23379.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 Panitumumab Fab Heavy Chain


分子量: 23674.430 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 5種, 129分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 2.0 M AmSO4, 100 mM MES 6.5 and 5% peg 400

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 43522 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 36.13 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Χ2: 0.95 / Net I/av σ(I): 14.637 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 261344
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.8-2.95.20.502198.6
2.9-3.025.30.333198.9
3.02-3.155.40.235199.3
3.15-3.325.50.169199.7
3.32-3.535.70.144199.9
3.53-3.860.128199.9
3.8-4.186.40.1171100
4.18-4.786.80.1041100
4.78-6.026.80.0871100
6.02-306.70.057199.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIXdev_2356精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YY9

1yy9


解像度: 2.8→29.596 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2661 1974 5.05 %
Rwork0.2233 --
obs0.2255 39087 88.15 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 148.15 Å2 / Biso mean: 54.6188 Å2 / Biso min: 8.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→29.596 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9305 0 82 117 9504
Biso mean--70.32 32.08 -
残基数----1218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48513034
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0431484
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041650
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3355739
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8-2.84730.3786510.3161120117137
2.8473-2.92420.37341070.29081857196464
2.9242-3.01020.35271010.30122122222371
3.0102-3.10720.33621440.28392353249779
3.1072-3.21820.32781280.26132640276889
3.2182-3.34680.26211620.2582842300496
3.3468-3.49890.30541770.25422925310299
3.4989-3.68310.31611630.24982970313399
3.6831-3.91340.29391520.232984313699
3.9134-4.21470.29171500.19812991314199
4.2147-4.63740.19271390.16723003314299
4.6374-5.30510.20251510.168230413192100
5.3051-6.67120.23341620.210430843246100
6.6712-29.59810.20511870.21513181336899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.52540.6965-0.04970.9229-0.06372.9175-0.0218-0.116-0.146-0.5185-0.0349-0.07490.16690.14650.03650.4083-0.00110.03440.1092-0.03160.208224.21124.5752-31.5154
21.15110.03780.48882.14440.84042.9711-0.30470.10160.1911-0.81580.0554-0.6351-0.30830.38170.15320.6507-0.10070.15740.2130.00230.388334.388423.5384-37.6645
31.91160.5568-0.41211.22690.2042.56750.0914-0.10770.2876-0.1856-0.10520.2097-0.3759-0.0580.01470.41270.0088-0.14670.1449-0.01260.252569.5556-6.2319-32.0136
40.7984-0.2339-0.06271.0063-0.89942.7139-0.32730.141-0.0386-0.63420.03760.62190.0614-0.49030.090.4804-0.0595-0.25110.2784-0.02680.393460.0927-25.6849-37.8348
50.547-0.0328-0.11181.11710.22870.6734-0.41450.633-0.2086-0.92370.2333-0.0049-0.21720.14970.13521.8961-0.26370.23150.4462-0.07310.482531.114711.352-64.6608
60.787-0.07150.11130.5526-0.22870.5557-0.1830.74540.2352-0.54340.0683-0.1657-0.0673-0.04850.06831.6511-0.2328-0.47220.57320.18720.305965.8831-15.6354-65.2084
71.27870.03050.26991.33370.30411.20190.0607-0.5220.17560.01040.03480.13810.1869-0.1728-0.0556-0.16270.0249-0.19590.9017-0.14090.263828.785519.16582.4757
82.78530.15580.14721.483-0.0971.2253-0.0564-0.1739-0.00360.0435-0.0418-0.22310.05930.37150.0732-0.0431-0.024-0.12090.6266-0.27070.459240.843524.1875-8.2923
92.9597-0.22090.14321.4653-0.0771.4845-0.1366-0.36740.17230.0961-0.09340.1498-0.2448-0.39560.067-0.0688-0.00860.07030.6781-0.01860.425351.5856-23.9239-7.6163
101.7880.0398-0.33061.6741-0.41961.36560.0137-0.4194-0.06360.04790.009-0.1311-0.21790.0367-0.03760.0768-0.02110.04190.608-0.06460.369563.6313-19.04992.2589
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'I' and resid 1 through 107)I1 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'J' and resid 1 through 119)J1 - 119
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'L' and resid 1 through 107)L1 - 107
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'H' and resid 1 through 119)H1 - 119
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'M' and resid 312 through 502)M312 - 502
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'N' and resid 310 through 501)N310 - 501
7X-RAY DIFFRACTION7(chain 'I' and resid 108 through 211)I108 - 211
8X-RAY DIFFRACTION8(chain 'J' and resid 120 through 218)J120 - 218
9X-RAY DIFFRACTION9(chain 'H' and resid 120 through 218)H120 - 218
10X-RAY DIFFRACTION10(chain 'L' and resid 108 through 212)L108 - 212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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