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Yorodumi- PDB-6ohg: Structure of Plasmodium falciparum vaccine candidate Pfs230D1M in... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ohg | ||||||
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Title | Structure of Plasmodium falciparum vaccine candidate Pfs230D1M in complex with the Fab of a transmission blocking antibody | ||||||
Components |
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Keywords | IMMUNE SYSTEM / malaria / transmission blocking / sexual stage / 6 cysteine-rich Pfs230 | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Mus musculus (house mouse) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / molecular replacement / Resolution: 2.385 Å | ||||||
Authors | Garboczi, D.N. / Singh, K. / Gittis, A.G. | ||||||
Citation | Journal: Commun Biol / Year: 2020 Title: Structure and function of a malaria transmission blocking vaccine targeting Pfs230 and Pfs230-Pfs48/45 proteins. Authors: Singh, K. / Burkhardt, M. / Nakuchima, S. / Herrera, R. / Muratova, O. / Gittis, A.G. / Kelnhofer, E. / Reiter, K. / Smelkinson, M. / Veltri, D. / Swihart, B.J. / Shimp Jr., R. / Nguyen, V. ...Authors: Singh, K. / Burkhardt, M. / Nakuchima, S. / Herrera, R. / Muratova, O. / Gittis, A.G. / Kelnhofer, E. / Reiter, K. / Smelkinson, M. / Veltri, D. / Swihart, B.J. / Shimp Jr., R. / Nguyen, V. / Zhang, B. / MacDonald, N.J. / Duffy, P.E. / Garboczi, D.N. / Narum, D.L. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6ohg.cif.gz | 238 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6ohg.ent.gz | 196.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6ohg.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6ohg_validation.pdf.gz | 503.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6ohg_full_validation.pdf.gz | 518.6 KB | Display | |
Data in XML | 6ohg_validation.xml.gz | 24.1 KB | Display | |
Data in CIF | 6ohg_validation.cif.gz | 32.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oh/6ohg | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 21881.838 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Plasmodium falciparum (malaria parasite P. falciparum) Gene: PFS230, PF230, S230 / Production host: Komagataella pastoris (fungus) / References: UniProt: P68874 |
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-Antibody , 2 types, 2 molecules BC
#2: Antibody | Mass: 23701.164 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell line (production host): HEK293 Freestyle cells / Production host: Homo sapiens (human) |
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#3: Antibody | Mass: 24687.826 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mus musculus (house mouse) / Cell line (production host): HEK293 Freestyle cells / Production host: Homo sapiens (human) |
-Non-polymers , 6 types, 80 molecules
#4: Chemical | ChemComp-ACY / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-PDO / #7: Chemical | #8: Chemical | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.38 Å3/Da / Density % sol: 48.27 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 15-22% PEG 4000, sodium acetate pH=4.6, 0.05-0.1 molar magnesium chloride, 20% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR CCD 165 mm / Detector: CCD / Date: Jun 11, 2017 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.385→24.049 Å / Num. obs: 25684 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 4.663 % / Biso Wilson estimate: 57.938 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 17.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: molecular replacement |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.385→24.049 Å / SU ML: 0.36 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / Phase error: 32.11
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 287.26 Å2 / Biso mean: 76.5193 Å2 / Biso min: 34.08 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.385→24.049 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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