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- PDB-5svb: Mechanism of ATP-Dependent Acetone Carboxylation, Acetone Carboxy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5svb
タイトルMechanism of ATP-Dependent Acetone Carboxylation, Acetone Carboxylase AMP bound structure
要素(Acetone carboxylase ...) x 3
キーワードLIGASE / Acetone Carboxylase / ATP / AMP / manganese / zinc / acetoacetate
機能・相同性
機能・相同性情報


acetone carboxylase / acetone carboxylase activity / cellular detoxification of acetone / 5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing) activity / glutathione metabolic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxoprolinase family / : / Acetophenone carboxylase beta subunit/Acetone carboxylase gamma subunit / Acetone carboxylase gamma subunit / Hydantoinase B/oxoprolinase / Hydantoinase/oxoprolinase, N-terminal / Hydantoinase B/oxoprolinase / Hydantoinase/oxoprolinase N-terminal region / Hydantoinase/oxoprolinase C-terminal domain / Hydantoinase A/oxoprolinase ...Oxoprolinase family / : / Acetophenone carboxylase beta subunit/Acetone carboxylase gamma subunit / Acetone carboxylase gamma subunit / Hydantoinase B/oxoprolinase / Hydantoinase/oxoprolinase, N-terminal / Hydantoinase B/oxoprolinase / Hydantoinase/oxoprolinase N-terminal region / Hydantoinase/oxoprolinase C-terminal domain / Hydantoinase A/oxoprolinase / Hydantoinase/oxoprolinase / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / : / Acetone carboxylase gamma subunit / Acetone carboxylase alpha subunit / Acetone carboxylase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthobacter autotrophicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.645 Å
データ登録者Eilers, B.J. / Mus, F. / Alleman, A.B. / Kabasakal, B.V. / Murray, J.W. / Nocek, B.P. / Dubois, J.L. / Peters, J.W.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02- 04ER15563 米国
引用ジャーナル: Sci Rep / : 2017
タイトル: Structural Basis for the Mechanism of ATP-Dependent Acetone Carboxylation.
著者: Mus, F. / Eilers, B.J. / Alleman, A.B. / Kabasakal, B.V. / Wells, J.N. / Murray, J.W. / Nocek, B.P. / DuBois, J.L. / Peters, J.W.
履歴
登録2016年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年2月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetone carboxylase alpha subunit
B: Acetone carboxylase beta subunit
C: Acetone carboxylase gamma subunit
D: Acetone carboxylase alpha subunit
E: Acetone carboxylase beta subunit
F: Acetone carboxylase gamma subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)378,06914
ポリマ-376,9416
非ポリマー1,1278
5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35690 Å2
ΔGint-227 kcal/mol
Surface area103890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.928, 100.209, 441.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Acetone carboxylase ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 Acetone carboxylase alpha subunit


分子量: 87706.445 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (strain ATCC BAA-1158 / Py2) (バクテリア)
: ATCC BAA-1158 / Py2 / 遺伝子: acxB, Xaut_3510 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RM03, acetone carboxylase
#2: タンパク質 Acetone carboxylase beta subunit


分子量: 80731.023 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (strain ATCC BAA-1158 / Py2) (バクテリア)
: ATCC BAA-1158 / Py2 / 遺伝子: acxA, Xaut_3509 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RM04, acetone carboxylase
#3: タンパク質 Acetone carboxylase gamma subunit


分子量: 20033.199 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthobacter autotrophicus (strain ATCC BAA-1158 / Py2) (バクテリア)
: ATCC BAA-1158 / Py2 / 遺伝子: acxC, Xaut_3511 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8RM02, acetone carboxylase

-
非ポリマー , 5種, 325分子

#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Mn
#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.98 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 12-18%PEG 3350 and 0.2M MgSO4, pH and cryo was the addition of 15% glycerol
PH範囲: 6.3-7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.645→39.623 Å / Num. obs: 115356 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.65→2.7 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.107 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.567 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.645→39.623 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2269 5665 5.04 %
Rwork0.1978 --
obs0.1993 112445 95.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.645→39.623 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25403 0 60 317 25780
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00326135
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51835431
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.66415394
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0413781
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6455-2.67550.33761540.28522724X-RAY DIFFRACTION76
2.6755-2.7070.33611530.28533116X-RAY DIFFRACTION83
2.707-2.740.32091540.28853136X-RAY DIFFRACTION86
2.74-2.77470.28721610.28083111X-RAY DIFFRACTION85
2.7747-2.81120.29261710.27743324X-RAY DIFFRACTION90
2.8112-2.84970.32831870.283447X-RAY DIFFRACTION94
2.8497-2.89040.3151980.283535X-RAY DIFFRACTION96
2.8904-2.93350.3061860.26483555X-RAY DIFFRACTION97
2.9335-2.97930.32362000.27143575X-RAY DIFFRACTION98
2.9793-3.02820.30122020.26333558X-RAY DIFFRACTION97
3.0282-3.08040.3081840.25563630X-RAY DIFFRACTION98
3.0804-3.13640.31091990.25783617X-RAY DIFFRACTION98
3.1364-3.19670.25781650.2653637X-RAY DIFFRACTION99
3.1967-3.26190.29072090.24993602X-RAY DIFFRACTION98
3.2619-3.33280.27432020.23083659X-RAY DIFFRACTION98
3.3328-3.41030.26981880.2173490X-RAY DIFFRACTION96
3.4103-3.49550.24751960.20943630X-RAY DIFFRACTION97
3.4955-3.58990.2452100.19883664X-RAY DIFFRACTION99
3.5899-3.69550.21732000.1873650X-RAY DIFFRACTION99
3.6955-3.81470.20911920.18313696X-RAY DIFFRACTION99
3.8147-3.95090.19342030.16853675X-RAY DIFFRACTION99
3.9509-4.10890.17111900.15523681X-RAY DIFFRACTION98
4.1089-4.29570.18721890.14723671X-RAY DIFFRACTION99
4.2957-4.52190.1851570.14263642X-RAY DIFFRACTION97
4.5219-4.80480.16192120.14263726X-RAY DIFFRACTION99
4.8048-5.1750.16281920.15213746X-RAY DIFFRACTION100
5.175-5.69440.19792000.16683764X-RAY DIFFRACTION100
5.6944-6.51530.20682070.18113736X-RAY DIFFRACTION98
6.5153-8.19660.191980.1813831X-RAY DIFFRACTION99
8.1966-39.62740.18352060.18313952X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.03610.0378-0.54631.36961.13392.4440.0948-0.08770.05130.0517-0.02770.07670.038-0.1786-0.07770.44570.0197-0.08540.4532-0.05120.518528.702440.6544268.3116
20.8815-0.1265-0.19070.82790.3850.6126-0.0184-0.0801-0.0148-0.0710.0747-0.0853-0.05830.1113-0.05060.4298-0.0113-0.01050.3291-0.06910.396424.339763.4698245.7254
31.8588-0.3130.10230.7969-0.11141.52460.13460.1803-0.23470.0599-0.17570.22380.1023-0.16960.04040.4541-0.0249-0.02080.3551-0.14830.4664-8.003714.9038238.432
43.3148-0.3850.7331.4521-0.02630.7503-0.1094-0.0452-0.0133-0.11340.0622-0.0346-0.04050.02110.0470.4558-0.0037-0.00610.295-0.06820.36274.561448.7802239.1093
50.63640.24520.2282.52930.46610.4819-0.010.02480.0904-0.2622-0.11540.4302-0.0375-0.15190.13540.36690.0219-0.04470.39-0.10750.5051-13.521746.9337240.7649
60.9529-0.62120.25240.87220.15710.8904-0.00620.0127-0.04840.252-0.00280.0160.0415-0.02590.01120.5351-0.0244-0.0310.3191-0.07760.46965.085426.272249.876
71.7783-0.3079-0.0180.3864-0.05850.60060.03220.0498-0.10830.19880.0234-0.11460.13510.1243-0.04450.5441-0.002-0.08630.3501-0.08390.530615.637914.1615250.3911
82.3691-1.1704-0.37113.48360.79271.15310.019-0.27370.17040.5552-0.14460.3756-0.0329-0.22730.13250.4645-0.04360.08990.4177-0.09440.501-16.587338.6677259.3062
92.7107-1.6539-0.68943.2347-0.26991.5366-0.1257-0.4745-0.02720.8509-0.0244-0.11240.31510.27790.15980.7374-0.03070.01520.6323-0.13360.4906-11.315739.4155270.426
100.9786-0.73470.03621.8173-0.36250.7558-0.1092-0.3587-0.4950.4230.14240.25870.2010.0372-0.04210.6642-0.05230.010.3889-0.11780.69030.54363.5106253.9905
111.89620.1788-0.84072.08130.33331.61470.1487-0.2467-0.43870.4888-0.0075-0.10860.37990.1622-0.13370.66950.0031-0.07110.363-0.0730.6737.21581.5266255.6968
121.95940.7509-0.5170.3131-0.10782.4601-0.013-0.096-0.4078-0.1202-0.00420.07590.3871-0.08160.01020.47340.0142-0.01960.3395-0.14780.573726.786737.261227.1449
130.40520.01630.36330.0348-0.19651.9894-0.00790.1454-0.2096-0.01310.2415-0.35180.30220.2881-0.19970.58630.03150.10210.4316-0.23990.630438.278945.8038216.7164
144.2807-1.1886-2.75660.92030.4752.91710.14320.27030.2878-0.25280.0129-0.3815-0.06670.2163-0.09820.5018-0.0410.07970.5318-0.18790.490143.82750.3482219.3746
151.9318-1.1993-0.01022.71660.13651.06820.15750.3641-0.2462-0.36220.0504-0.11560.11020.1354-0.20760.5559-0.07410.1070.4333-0.20.519641.067961.1299223.6852
164.12984.1912-0.39496.88790.15730.9549-0.1654-0.29540.7161-0.42860.3146-0.34420.05580.0801-0.19870.7433-0.05180.05550.35-0.03010.437223.755174.8289231.2382
171.9695-1.2991-1.32630.99920.53032.117-0.14620.29330.1816-0.29040.2813-0.2115-0.0606-0.2808-0.08150.4917-0.0772-0.00590.3657-0.11720.42226.713971.3925235.3361
182.3003-1.01430.58772.628-0.62850.32580.16270.07920.042-0.5840.1033-0.2692-0.0040.3822-0.24330.4759-0.06680.10270.4443-0.12550.400737.989662.2659230.595
192.80080.2587-2.31983.8159-3.81747.27990.1208-0.25960.2363-0.0305-0.0297-0.55940.06670.7035-0.10120.488-0.03850.03140.492-0.22930.604549.092740.5848228.0115
201.5514-0.5045-0.29761.61021.26112.0804-0.018-0.0008-0.1415-0.02940.067-0.1028-0.00720.1321-0.06160.4266-0.0157-0.0660.51030.00510.476125.323862.6257300.7477
211.10030.1066-0.00660.3170.11391.1976-0.0791-0.0641-0.0158-0.045-0.03660.0365-0.0491-0.02920.11350.39180.0213-0.06420.3862-0.05630.378420.344891.6555286.9432
221.9824-1.9788-0.85494.1167-0.76441.584-0.0869-0.25630.37470.4877-0.0356-0.3475-0.20650.47410.13950.622-0.1043-0.18010.83820.01780.478663.064189.1552331.2982
231.45230.1890.70380.81710.30160.9008-0.08070.04320.126-0.0240.0167-0.1135-0.30960.37790.07180.4135-0.0725-0.04860.54640.0090.413252.260799.4391295.8368
242.8408-1.61020.48912.1388-1.03242.6790.0312-0.14210.4750.6559-0.1548-0.5597-0.5270.51930.04570.5833-0.1149-0.13870.74380.0060.578965.611196.8723317.4599
250.1967-0.15120.65372.045-0.93782.18280.0735-0.0195-0.0538-0.0926-0.0228-0.27760.19240.1895-0.03860.43150.0149-0.05430.6310.02320.488355.315379.4703312.0971
261.73070.2839-0.40030.6056-0.19611.3996-0.0068-0.2360.00350.0674-0.002-0.00160.08360.00490.00720.42440.0192-0.09680.56280.01540.435948.127477.5672319.068
270.07190.0142-0.26012.97440.13711.74780.02060.084-0.3844-0.22-0.0873-0.08750.49450.0820.06260.5160.0465-0.02240.7791-0.04410.615565.441472.4564295.1574
280.337-0.25970.67240.816-0.54791.3122-0.0823-0.3348-0.32870.1535-0.2016-0.23250.09890.28410.30390.53730.0486-0.08670.77190.03290.556859.322870.4788334.7404
292.1556-0.7561-0.67681.393-0.00981.74970.1358-0.3718-0.2040.2638-0.0835-0.02140.1949-0.0901-0.03990.5464-0.0131-0.09310.79320.14350.50853.753566.7469337.2774
304.31960.183-4.08236.1273-1.66444.218-0.3134-0.68670.00670.4447-0.68720.1307-0.33191.06260.50940.65870.0277-0.05620.7745-0.18680.284122.0198103.973319.207
311.46132.7685-0.32418.7873-3.10322.2690.2094-0.4774-0.03551.43760.0215-0.806-0.37780.1839-0.17670.5790.0248-0.09480.6957-0.18690.574328.560898.277314.7941
322.8796-2.0582-0.00365.8338-1.80880.7802-0.2393-0.71390.12120.815-0.1089-0.1335-0.0811-0.330.37870.40490.0688-0.03940.8103-0.14560.336914.83399.2873319.5431
333.06522.37181.71597.4679-0.58952.53570.22-1.11350.98090.5267-0.15890.3754-0.22240.2349-0.09080.6037-0.0093-0.00340.7832-0.38210.64836.175109.5378315.5724
343.4876-0.3747-3.60242.6022-0.5884.68590.2227-0.52920.80080.21150.01510.5119-0.6843-0.1905-0.24810.44860.141-0.05570.7234-0.27250.60090.2335107.0388311.6621
351.23110.2628-1.88711.3529-1.74714.3201-0.1468-0.11250.09920.31220.07120.0009-0.4858-0.54980.02210.47050.1618-0.17580.6549-0.19880.54681.0235106.987299.6964
368.61.01294.15531.16161.5125.52140.15950.46810.12340.23290.0698-0.1127-0.2562-0.2777-0.19610.62290.0892-0.17150.3709-0.03220.465215.5621108.5128281.456
372.14490.6845-0.16180.9897-1.0951.69240.0691-0.05040.28490.1063-0.00680.1032-0.3832-0.2381-0.03880.43220.0686-0.10440.3916-0.12870.44138.9951102.125290.5056
383.8269-2.68710.04154.4550.23192.6013-0.1645-0.4545-0.08590.1990.22730.2798-0.0461-0.5409-0.05350.57020.06310.03770.8268-0.1110.43740.392394.2049319.2092
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 14 through 280 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 281 through 776 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 8 through 87 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 88 through 144 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 145 through 275 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 276 through 380 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 381 through 496 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 497 through 575 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 576 through 629 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 630 through 664 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 665 through 717 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 2 through 42 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 43 through 54 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 55 through 74 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 75 through 96 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 97 through 106 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 107 through 123 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 124 through 149 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 150 through 168 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 14 through 280 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 281 through 776 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 8 through 69 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 70 through 237 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 238 through 275 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 276 through 349 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 350 through 556 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 557 through 629 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 630 through 664 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 665 through 717 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 2 through 13 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 14 through 26 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 27 through 42 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 43 through 54 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 55 through 74 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 75 through 96 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 97 through 106 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 107 through 149 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 150 through 166 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る