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Yorodumi- PDB-5svb: Mechanism of ATP-Dependent Acetone Carboxylation, Acetone Carboxy... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5svb | ||||||
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Title | Mechanism of ATP-Dependent Acetone Carboxylation, Acetone Carboxylase AMP bound structure | ||||||
Components | (Acetone carboxylase ...) x 3 | ||||||
Keywords | LIGASE / Acetone Carboxylase / ATP / AMP / manganese / zinc / acetoacetate | ||||||
Function / homology | Function and homology information acetone carboxylase / acetone carboxylase activity / cellular detoxification of acetone / 5-oxoprolinase (ATP-hydrolyzing) activity / glutathione metabolic process / ATP binding / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Xanthobacter autotrophicus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.645 Å | ||||||
Authors | Eilers, B.J. / Mus, F. / Alleman, A.B. / Kabasakal, B.V. / Murray, J.W. / Nocek, B.P. / Dubois, J.L. / Peters, J.W. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Sci Rep / Year: 2017 Title: Structural Basis for the Mechanism of ATP-Dependent Acetone Carboxylation. Authors: Mus, F. / Eilers, B.J. / Alleman, A.B. / Kabasakal, B.V. / Wells, J.N. / Murray, J.W. / Nocek, B.P. / DuBois, J.L. / Peters, J.W. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5svb.cif.gz | 1.7 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5svb.ent.gz | 1.5 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5svb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5svb_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5svb_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5svb_validation.xml.gz | 105.2 KB | Display | |
Data in CIF | 5svb_validation.cif.gz | 144.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5svb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sv/5svb | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Acetone carboxylase ... , 3 types, 6 molecules ADBECF
#1: Protein | Mass: 87706.445 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthobacter autotrophicus (strain ATCC BAA-1158 / Py2) (bacteria) Strain: ATCC BAA-1158 / Py2 / Gene: acxB, Xaut_3510 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8RM03, acetone carboxylase #2: Protein | Mass: 80731.023 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthobacter autotrophicus (strain ATCC BAA-1158 / Py2) (bacteria) Strain: ATCC BAA-1158 / Py2 / Gene: acxA, Xaut_3509 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8RM04, acetone carboxylase #3: Protein | Mass: 20033.199 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Xanthobacter autotrophicus (strain ATCC BAA-1158 / Py2) (bacteria) Strain: ATCC BAA-1158 / Py2 / Gene: acxC, Xaut_3511 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: Q8RM02, acetone carboxylase |
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-Non-polymers , 5 types, 325 molecules
#4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.67 Å3/Da / Density % sol: 53.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.7 Details: 12-18%PEG 3350 and 0.2M MgSO4, pH and cryo was the addition of 15% glycerol PH range: 6.3-7.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRL / Beamline: BL12-2 / Wavelength: 0.987 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 25, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.987 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.645→39.623 Å / Num. obs: 115356 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 6.5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 13.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.65→2.7 Å / Redundancy: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.107 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / CC1/2: 0.567 / % possible all: 97.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.645→39.623 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 23.45 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.645→39.623 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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