PDB-5oft: Structural basis for OXA-48 dimerization

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5oft

タイトル

Structural basis for OXA-48 dimerization

要素

Beta-lactamase

キーワード

ANTIBIOTIC / dimerization / OXA-48 / Oxacillinase / carbapenemase / beta-lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Lund, B.A. / Nesheim, B.H.B. / Leiros, H.K.S.

引用

ジャーナル: FEBS J / 年: 2018
タイトル: The biological assembly of OXA-48 reveals a dimer interface with high charge complementarity and very high affinity.
著者: Bjarte Aarmo Lund / Ane Molden Thomassen / Birgit Helene Berg Nesheim / Trine Josefine Olsen Carlsen / Johan Isaksson / Tony Christopeit / Hanna-Kirsti S Leiros /

要旨: Many class D β-lactamases form dimers in solution. The functional basis of the dimerization of OXA-48-like class D β-lactamases is not known, but in order to understand the structural requirements ...

履歴

登録	2017年7月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年8月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月29日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2018年9月5日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2018年11月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.4	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5oft.cif.gz	291.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5oft.ent.gz	244.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5oft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/5oft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/5oft	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	SASDEM3C 6goaC 5dtkS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4s2n-2 5dtk-2 6p96-d 4s2p-d 5dtk-1 4wmc-1 6q5b-1 3hbr-1 1389 6uvk-1 4s2k-1 3hbr-2 5oe0-d 5haq-d 6uvk-2 5dts-4 5oe2-1 5fat-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

56.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.151, 120.151, 160.107
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Beta-lactamase 分子量: 28140.836 Da / 分子数: 2 / 変異: R206A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star pRARE / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Beta-lactamase

分子量: 28140.836 Da / 分子数: 2 / 変異: R206A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star pRARE / 参照: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 14-18% PEG MME 5K and 0.1 M Bis Tris Propane pH 9-9.5. 2 uL hanging drops with a 1:1 ratio between protein and reservoir solution were equilibrated over 1 mL of reservoir solution PH範囲: 9-9.5 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→35.3 Å / Num. obs: 11089 / % possible obs: 93.74 % / 冗長度: 3.3 % / R_rim(I) all: 0.185 / Net I/σ(I): 8.36
反射シェル	解像度: 3.2→3.314 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. measured obs: 3732 / Num. unique all: 1101 / % possible all: 96.33

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5dtk

5dtk

解像度: 3.2→35.299 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.09

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2425	548	4.94 %
R_work	0.1824	-	-
obs	0.1855	11084	93.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→35.299 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3946	0	0	44	3990

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	4044
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.675	5478
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.248	2372
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	578
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	706

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2001-3.5219	0.3237	138	0.2469	2592	X-RAY DIFFRACTION	95
3.5219-4.0309	0.2093	134	0.1923	2598	X-RAY DIFFRACTION	95
4.0309-5.0761	0.2292	134	0.1506	2623	X-RAY DIFFRACTION	94
5.0761-35.301	0.2327	142	0.1688	2723	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5422	0.0139	-0.4909	2.2053	-1.1885	1.0762	-0.5562	-0.0897	-0.6055	0.171	0.0568	0.0999	-0.1452	0.1627	0.1346	0.941	0.155	0.1155	0.2072	-0.0287	0.8881	-49.1094	-7.6291	-22.5789
2	1.7787	0.4078	-0.0753	2.7556	-0.3962	1.6631	-0.3138	-0.038	-0.1151	-0.1483	0.0305	-0.2682	0.6759	0.0568	0.2067	0.8878	-0.02	0.1255	0.1985	-0.1278	0.5134	-51.2482	-1.0924	-25.6597
3	2.0388	0.5141	-0.1469	3.3133	-0.4256	1.0407	-0.1986	-0.0204	-0.2286	-0.0333	0.2644	0.85	0.4321	-0.1949	-0.0257	0.5183	-0.0608	0.0962	0.2321	0.0254	0.2918	-59.6152	9.0264	-17.4861
4	3.4243	0.1933	0.258	0.9706	-0.4161	2.9229	0.1604	-0.3004	0.2622	0.5685	0.4338	0.0892	-0.4719	-0.07	-0.6249	0.5214	-0.0006	-0.0631	0.2546	-0.0786	0.4673	-53.858	28.3131	-8.9386
5	1.7561	-0.6242	-1.5284	2.8084	-0.8404	2.0724	0.2424	-0.0385	-0.5303	0.3155	-0.2392	-0.2266	-0.8955	0.4763	0.0407	0.4825	-0.0614	-0.0939	0.2698	0.099	0.403	-48.5369	22.8969	-9.5617
6	3.2247	0.4975	0.8279	2.2246	-0.0811	5.0956	-0.2071	-0.1071	0.7961	-0.2479	-0.0819	0.3405	-1.3019	-0.959	0.211	0.5047	0.1415	-0.0703	0.4235	-0.0179	0.4105	-66.0281	21.7841	-13.6773
7	2.4783	-1.1616	-0.8915	5.0627	-2.3942	2.068	-0.6008	0.0079	-0.0953	-0.1468	0.2983	1.0063	-0.2502	-0.8176	-0.1112	0.4111	0.0137	-0.0563	0.4474	0.1094	0.3032	-68.3458	13.1677	-14.5594
8	2.0906	-0.9597	-1.1102	2.1558	-0.1761	3.1622	-0.2625	0.3152	0.0612	-0.322	0.003	0.0818	0.2691	-0.4596	0.2888	0.4813	-0.034	-0.0759	0.3168	0.0113	0.2718	-59.6692	14.801	-23.6499
9	1.8175	0.3761	0.7044	1.2893	0.2921	1.169	-0.1343	0.0341	-0.1349	-0.1282	-0.0381	-0.15	0.5006	0.0188	0.1278	0.5373	0.0377	0.0584	0.2383	0.0424	0.3807	-47.1308	6.0132	-19.3205
10	3.1787	-0.349	-0.9703	0.7979	-1.4186	4.1108	0.5711	-0.4477	-0.3149	0.719	-0.2585	-0.9552	-0.8404	0.9361	-0.1922	0.6852	-0.3799	-0.314	0.8681	0.1668	0.7553	-19.8835	35.1086	-22.2028
11	4.2971	0.0639	-1.2414	4.0024	0.6873	1.8298	-0.3144	-0.0574	0.7392	0.5879	-0.0623	-0.2896	-0.5736	0.8081	0.2549	0.5867	-0.2244	-0.1844	0.6086	0.1537	0.4762	-27.0399	37.8234	-24.2823
12	3.3438	-0.5388	0.018	1.3343	-0.1672	3.0509	-0.0729	0.9148	-0.2492	0.3185	-0.0615	-0.261	-0.1409	0.3521	0.2007	0.3335	0.0358	-0.0716	0.367	0.033	0.3389	-42.2	28.9798	-41.4511
13	3.1311	-0.0021	0.4143	2.4871	0.4666	2.7122	0.3037	0.3935	-0.4884	0.0816	-0.1411	-0.0827	0.7337	0.2898	-0.224	0.5302	0.007	-0.0122	0.4608	-0.0516	0.3814	-37.3795	16.2925	-46.245
14	6.859	-3.9433	-0.3741	7.3427	-1.501	0.5994	0.6454	0.817	-0.6312	-0.9484	-0.3118	0.028	0.7958	-0.1724	-0.2663	0.4294	-0.0338	-0.008	0.2866	-0.0865	0.2827	-41.4874	26.5732	-49.8069
15	7.494	-2.9389	1.9838	4.9724	2.6881	3.6758	0.1025	0.4107	0.6228	-0.0418	0.2193	-0.525	0.012	-0.7872	0.3636	0.6289	-0.1179	0.0063	0.3963	0.063	0.1947	-44.8666	40.2365	-46.412
16	1.616	0.6495	0.057	1.5922	-0.357	0.2957	-0.0787	-0.0655	0.1856	0.2813	-0.2063	-0.211	-0.1188	0.1606	0.1665	0.3925	-0.1283	-0.0528	0.3824	0.0289	0.4105	-35.9227	37.679	-40.0737
17	3.2678	0.8636	-0.4763	1.9108	-1.8628	6.3981	-0.022	0.1806	0.1053	0.2407	0.5613	0.084	-0.7666	-0.6374	-0.2822	0.4057	-0.087	-0.0955	0.3755	0.0509	0.2743	-48.9564	31.6985	-32.2777
18	2.0105	0.9654	0.6785	2.7314	-0.2915	0.9874	0.105	-0.2072	-0.5107	0.1979	-0.2175	-0.5249	-0.2673	0.9306	0.1753	0.3818	-0.083	-0.1037	0.5124	0.1065	0.4075	-29.1073	26.806	-28.4698

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 37 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 38 through 56 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 57 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 83 through 102 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 103 through 119 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 120 through 141 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 142 through 155 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 156 through 194 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 195 through 265 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 24 through 38 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 39 through 63 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 64 through 92 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 93 through 119 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 120 through 130 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 131 through 141 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 142 through 177 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 178 through 194 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 195 through 265 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)