+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5dtk | ||||||
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Title | Fragments bound to the OXA-48 beta-lactamase: Compound 17 | ||||||
Components | Beta-lactamase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / inhibitor / complex / fragment / lactamase | ||||||
Function / homology | Function and homology information penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Klebsiella pneumoniae (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.60000241571 Å | ||||||
Authors | Lund, B.A. / Christopeit, T. / Leiros, H.-K.S. | ||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2016 Title: Screening and Design of Inhibitor Scaffolds for the Antibiotic Resistance Oxacillinase-48 (OXA-48) through Surface Plasmon Resonance Screening. Authors: Lund, B.A. / Christopeit, T. / Guttormsen, Y. / Bayer, A. / Leiros, H.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5dtk.cif.gz | 677.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5dtk.ent.gz | 515.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5dtk.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dt/5dtk | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5dtsC 5dttC 5dvaC 3hbrS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30439.725 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella pneumoniae (bacteria) / Gene: bla OXA-48, blaOXA-48, KPE71T_00045 / Plasmid: pDEST17 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q6XEC0, beta-lactamase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-5F3 / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50.82 % / Description: Plate-like appearance, but some thickness. |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.5 / Details: 0.1M HEPES pH 7.5, 8-12% PEG8000, 4% butanol / Temp details: room temperature |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 28, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.478→49.38 Å / Num. obs: 195258 / % possible obs: 98.02 % / Redundancy: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 16.0316230801 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08237 / Net I/σ(I): 9.67 |
Reflection shell | Resolution: 1.478→1.531 Å / Redundancy: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 1.033 / Mean I/σ(I) obs: 0.82 / % possible all: 85.02 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3HBR Resolution: 1.60000241571→49.3793661959 Å / SU ML: 0.154609913625 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35792690821 / Phase error: 17.9583134376 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 26.0672524111 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.60000241571→49.3793661959 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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