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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5oe2 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF THE BETA-LACTAMASE OXA-245 | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | ANTIBIOTIC / antibiotic resistance / oxacillinase / OXA-48-like / carbapenemase | ||||||
機能・相同性 | ![]() penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lund, B.A. / Leiros, H.K.S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure, activity and thermostability investigations of OXA-163, OXA-181 and OXA-245 using biochemical analysis, crystal structures and differential scanning calorimetry analysis. 著者: Lund, B.A. / Thomassen, A.M. / Carlsen, T.J.O. / Leiros, H.K.S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 575.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 483.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 447.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 57.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30473.783 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0 10% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.918409 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→45.262 Å / Num. obs: 56510 / % possible obs: 99.25 % / 冗長度: 3.7 % / Rrim(I) all: 0.0954 / Net I/σ(I): 11.15 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.63 / Num. unique obs: 5674 / Rrim(I) all: 0.387 / % possible all: 99.95 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3hbr 解像度: 2.2→45.262 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 23.38
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.262 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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