PDB-5odz: CRYSTAL STRUCTURE OF THE BETA-LACTAMASE OXA-163

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5odz

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF THE BETA-LACTAMASE OXA-163

要素

Beta-lactamase

キーワード

ANTIBIOTIC / antibiotic resistance / oxacillinase / OXA-48-like / cephalosporinase

機能・相同性

機能・相同性情報

penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterobacter cloacae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.07 Å

データ登録者

Lund, B.A. / Carlsen, T.J.O. / Leiros, H.K.S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Structure, activity and thermostability investigations of OXA-163, OXA-181 and OXA-245 using biochemical analysis, crystal structures and differential scanning calorimetry analysis.
著者: Lund, B.A. / Thomassen, A.M. / Carlsen, T.J.O. / Leiros, H.K.S.

履歴

登録	2017年7月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5odz.cif.gz	299.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5odz.ent.gz	248.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5odz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5odz_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5odz_full_validation.pdf.gz	450.9 KB	表示
XML形式データ	5odz_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	5odz_validation.cif.gz	33.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/5odz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/od/5odz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5oe0C 5oe2C 4s2lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7khy-1 5har-1 1k38-d 3if6-2 6q5f-2 4s2n-2 5hfo-d 3i6k-2 7lgt-1 3m2j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Beta-lactamase

D: Beta-lactamase

ヘテロ分子

59.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology, The homolog OXA-48 has been shown to be a dimer in solution by SEC. Our DSC results with OXA-163 and OXA-48 indicate that OXA-163 is also a dimer.

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.920, 121.920, 160.426
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-401- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase / OXA-163 分子量: 29439.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal His-Tag cleaved off with TEV protease 由来: (組換発現) Enterobacter cloacae (バクテリア) 遺伝子: blaOXA-163 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR pRARE / 参照: UniProt: F6KZJ2, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M Tris pH 9.0 28 % PEG500 / Temp details: room temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.07→24.49 Å / Num. obs: 43401 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / R_merge(I) obs: 0.1538 / R_rim(I) all: 0.1614 / Net I/σ(I): 12.66
反射シェル	解像度: 2.07→2.144 Å / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.8563 / Num. unique obs: 4244 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.5.31	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4S2L

4s2l

解像度: 2.07→24.486 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 15.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1867	2186	5.04 %
R_work	0.1452	-	-
obs	0.1473	43401	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.07→24.486 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3869	0	17	368	4254

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	4089
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.19	5537
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.125	1506
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	575
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	715

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.07-2.115	0.2397	126	0.1875	2512	X-RAY DIFFRACTION	100
2.115-2.1642	0.1976	146	0.177	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1642-2.2183	0.2001	127	0.1551	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2183-2.2782	0.2138	149	0.1629	2504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2782-2.3452	0.1976	124	0.1508	2572	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3452-2.4208	0.1737	145	0.1413	2504	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4208-2.5073	0.2067	139	0.1338	2549	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5073-2.6075	0.1682	131	0.1339	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6075-2.7261	0.187	134	0.1318	2548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7261-2.8696	0.1902	141	0.1333	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8696-3.0491	0.2083	139	0.1381	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0491-3.284	0.1914	124	0.1405	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.284-3.6135	0.1521	131	0.1314	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6135-4.1342	0.1403	146	0.122	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1342-5.2005	0.1829	124	0.134	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2005-24.4876	0.229	160	0.1945	2803	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.6559	0.0855	3.2383	7.1981	-0.2901	9.3375	0.0451	0.1765	-1.0635	0.3877	0.0452	-0.7084	1.3426	0.2839	-0.1047	0.6041	0.013	0.1565	0.2445	0.0329	0.7365	-50.5113	-7.2475	-22.418
2	5.0562	-0.4012	1.1299	7.948	-4.8569	2.0854	-0.3138	0.162	-0.4088	-0.2278	0.2405	-0.2391	0.524	-0.1095	0.0893	0.3836	-0.0569	0.1014	0.1536	-0.047	0.3069	-53.4146	-1.5821	-26.314
3	1.9164	-0.5228	-0.3698	6.0585	1.043	1.6825	-0.0948	-0.0125	-0.2253	0.0969	0.0362	0.1111	0.3676	-0.0767	0.0446	0.1889	-0.0409	0.0215	0.1475	0.0052	0.1226	-61.4553	10.4488	-17.1706
4	5.9754	-0.0766	3.6131	2.4569	0.3652	9.747	-0.2294	-0.2976	0.1983	0.3406	0.0591	-0.0921	-0.727	0.1367	0.1896	0.221	-0.0105	-0.0068	0.1211	-0.036	0.1956	-55.1408	28.5914	-8.9646
5	4.0928	0.7617	0.2774	1.8265	0.3659	2.3163	-0.0498	-0.1477	0.0381	0.1244	-0.0091	0.0033	-0.107	-0.0636	0.0798	0.197	0.0079	-0.0026	0.1239	0.0226	0.1191	-61.9397	20.3133	-12.5163
6	2.3373	1.6669	-2.4959	4.0524	-2.4631	3.6907	-0.141	0.2304	-0.0403	-0.1391	0.1708	0.0895	0.2463	-0.3102	-0.044	0.1279	-0.046	-0.0258	0.158	-0.0038	0.1238	-60.9358	14.8168	-23.5903
7	4.2525	1.424	-0.9396	4.6599	-0.7126	3.4906	-0.1892	-0.2143	-0.3519	0.1289	-0.0117	-0.1954	0.3618	0.1738	0.2128	0.1751	0.0092	0.0161	0.1074	0.0269	0.188	-49.6121	8.2825	-20.6233
8	5.0046	-0.706	-3.7421	6.461	4.6885	9.1334	-0.3857	-0.12	-0.2177	0.5082	-0.0363	-0.5089	0.9062	0.8271	0.4813	0.3816	0.0873	0.041	0.2817	0.125	0.464	-43.6814	1.9995	-19.0112
9	3.8911	-1.3335	-2.234	6.5233	2.1714	7.405	-0.1542	-0.7706	0.0318	0.4837	0.5643	-0.9528	-0.3569	1.6554	-0.3326	0.343	-0.1861	-0.1327	0.6456	0.0201	0.6347	-21.4973	36.2227	-21.7338
10	1.1431	0.0641	0.2975	1.3027	0.1204	2.4288	0.0465	0.0113	0.0451	0.0495	-0.0561	-0.1683	-0.1327	0.1903	0.0075	0.1352	-0.0534	0.0032	0.1576	0.0142	0.1891	-38.2927	29.764	-40.5709
11	2.1318	0.6137	-0.3806	1.696	-1.0889	3.3057	0.0742	-0.1676	-0.0517	0.1057	-0.1317	-0.2442	-0.1956	0.3237	0.0563	0.1522	-0.0573	-0.0207	0.1581	-0.0022	0.1745	-37.3555	31.2388	-31.3646
12	3.5813	-0.7274	-3.3265	3.4849	3.9238	2.0381	-0.1976	-0.6134	-0.5677	0.4062	0.0868	-0.166	0.6132	1.1426	0.1292	0.3749	-0.0031	-0.0859	0.6925	0.2841	0.6513	-25.7684	25.0887	-23.8479

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 23 through 38 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 39 through 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 59 through 82 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 83 through 102 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 103 through 155 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 156 through 194 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 195 through 243 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 244 through 265 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'D' and (resid 23 through 38 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 39 through 155 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 156 through 243 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 244 through 265 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)