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- PDB-3if6: Crystal structure of OXA-46 beta-lactamase from P. aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3if6
タイトルCrystal structure of OXA-46 beta-lactamase from P. aeruginosa
要素(OXA-46 oxacillinase) x 3
キーワードHYDROLASE / serine beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Docquier, J.D. / Benvenuti, M. / Calderone, V. / Giuliani, F. / Kapetis, D. / De Luca, F. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.
引用
ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2010
タイトル: Crystal structure of the narrow-spectrum OXA-46 class D beta-lactamase: relationship between active-site lysine carbamylation and inhibition by polycarboxylates
著者: Docquier, J.D. / Benvenuti, M. / Calderone, V. / Giuliani, F. / Kapetis, D. / De Luca, F. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.
#1: ジャーナル: Antimicrob.Agents Chemother. / 年: 2005
タイトル: OXA-46, a new class D beta-lactamase of narrow substrate specificity encoded by a blaVIM-1-containing integron from a Pseudomonas aeruginosa clinical isolate
著者: Giuliani, F. / Docquier, J.D. / Riccio, M.L. / Pagani, L. / Rossolini, G.M.
履歴
登録2009年7月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年2月19日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OXA-46 oxacillinase
B: OXA-46 oxacillinase
C: OXA-46 oxacillinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,33312
ポリマ－93,3783
非ポリマー9559
水7,170398
1
A: OXA-46 oxacillinase
ヘテロ分子

A: OXA-46 oxacillinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8298
ポリマ－62,2812
非ポリマー5486
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
2
B: OXA-46 oxacillinase
C: OXA-46 oxacillinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,9188
ポリマ－62,2382
非ポリマー6816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.838, 123.838, 327.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 OXA-46 oxacillinase / OXA-like protein


分子量: 31140.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PPV-97 / プラスミド: peT-9a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8GRH0
#2: タンパク質 OXA-46 oxacillinase / OXA-like protein


分子量: 31097.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PPV-97 / プラスミド: peT-9a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8GRH0
#3: タンパク質 OXA-46 oxacillinase / OXA-like protein


分子量: 31140.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PPV-97 / プラスミド: peT-9a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q8GRH0

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非ポリマー , 4種, 407分子

#4: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1M Na,K L-tartrate tetrahydrate, 50mM Hepes, 2-4%(v/v) PEG 400, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年4月28日
放射モノクロメーター: Double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→56.5 Å / Num. all: 48568 / Num. obs: 48227 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 1.2 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 42.418 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.78 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique all: 756 / Rsym value: 0.61 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HBR

3hbr


解像度: 2.4→31.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / SU B: 9.322 / SU ML: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.438 / ESU R Free: 0.303 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28519 3404 9.1 %RANDOM
Rwork0.21115 ---
all0.21793 34100 --
obs0.21793 34100 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.818 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.303 Å0.438 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→31.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5825 0 63 398 6286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0226034
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6071.9318149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3555695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.87922.812320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.65151007
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8031562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2843
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.22988
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3080.24015
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1910.2415
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2930.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.290.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.811.53598
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.42225620
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99532855
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0514.52529
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.391 265 -
Rwork0.26 2497 -
obs-2497 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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