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- PDB-5oe2: CRYSTAL STRUCTURE OF THE BETA-LACTAMASE OXA-245 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5oe2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE BETA-LACTAMASE OXA-245
要素Beta-lactamaseΒ-ラクタマーゼ
キーワードANTIBIOTIC (抗生物質) / antibiotic resistance (抗微生物薬耐性) / oxacillinase / OXA-48-like / carbapenemase (Β-ラクタマーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / Β-ラクタマーゼ / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Β-ラクタマーゼ / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Β-ラクタマーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Lund, B.A. / Leiros, H.K.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: Structure, activity and thermostability investigations of OXA-163, OXA-181 and OXA-245 using biochemical analysis, crystal structures and differential scanning calorimetry analysis.
著者: Lund, B.A. / Thomassen, A.M. / Carlsen, T.J.O. / Leiros, H.K.S.
履歴
登録2017年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22017年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,9897
ポリマ－121,8954
非ポリマー943
水9,656536
1
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9833
ポリマ－60,9482
非ポリマー351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1980 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area20260 Å2
手法PISA
2
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0064
ポリマ－60,9482
非ポリマー582
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.164, 108.720, 83.677
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase / Β-ラクタマーゼ


分子量: 30473.783 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaOXA-245 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): STAR pRARE / 参照: UniProt: L7V1I2, Β-ラクタマーゼ
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0 10% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.262 Å / Num. obs: 56510 / % possible obs: 99.25 % / 冗長度: 3.7 % / Rrim(I) all: 0.0954 / Net I/σ(I): 11.15
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.63 / Num. unique obs: 5674 / Rrim(I) all: 0.387 / % possible all: 99.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3hbr

3hbr


解像度: 2.2→45.262 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 23.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 1289 2.28 %
Rwork0.1909 --
obs0.1917 56501 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→45.262 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7944 0 3 536 8483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048144
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85511024
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5672964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341156
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031416
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.28810.29731440.23156171X-RAY DIFFRACTION100
2.2881-2.39220.27411430.22226126X-RAY DIFFRACTION100
2.3922-2.51830.24171440.20866134X-RAY DIFFRACTION100
2.5183-2.67610.26121430.2016175X-RAY DIFFRACTION100
2.6761-2.88270.22431430.20476126X-RAY DIFFRACTION100
2.8827-3.17270.25221430.20746147X-RAY DIFFRACTION99
3.1727-3.63170.23561430.19166124X-RAY DIFFRACTION99
3.6317-4.57480.19421420.16936073X-RAY DIFFRACTION98
4.5748-45.27160.19271440.17166136X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.06850.3592-0.15030.8013-0.04010.2150.0804-0.0754-0.0741-0.0218-0.04410.08750.0819-0.0430.02740.1704-0.0505-0.0220.18570.01590.16118.8559-5.459420.8968
21.68170.30110.37240.63360.13740.19190.0522-0.11070.0796-0.0074-0.0554-0.1317-0.04690.0508-0.01420.1424-0.05250.01620.1827-0.0360.174737.272410.727222.2647
31.3403-0.38010.1181.49850.09010.48190.0683-0.0244-0.37930.0520.0310.09250.035-0.01170.08880.2570.0462-0.01580.21020.02380.270610.8677-12.6886-19.0814
41.1682-0.6845-0.02141.5388-0.08450.8908-0.0923-0.0270.39410.03250.0011-0.3212-0.1074-0.0253-0.1620.22530.034-0.02840.1786-0.01790.26310.489919.9947-17.6515
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 24 through 265)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 24 through 265)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 24 through 265)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 24 through 265)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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