[日本語] English
万見
- PDB-5o76: Structure of phosphoY371 c-CBL in complex with ZAP70-peptide and ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o76
タイトルStructure of phosphoY371 c-CBL in complex with ZAP70-peptide and UbV.pCBL ubiquitin variant
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase CBL
  • Tyrosine protein kinase ZAP70 peptide
  • UbV.pCBL ubiquitin variant
キーワードLIGASE / E3 ring ligase / ubiquitin variant
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell aggregation / regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of Rap protein signal transduction / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / flotillin complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / beta selection / positive thymic T cell selection ...T cell aggregation / regulation of platelet-derived growth factor receptor-alpha signaling pathway / ubiquitin-dependent endocytosis / regulation of Rap protein signal transduction / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / flotillin complex / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / beta selection / positive thymic T cell selection / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of T cell differentiation / positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / Interleukin-6 signaling / Regulation of KIT signaling / T cell receptor complex / mast cell degranulation / response to starvation / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / response to testosterone / B cell activation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / RHOH GTPase cycle / Generation of second messenger molecules / T cell differentiation / immunological synapse / protein monoubiquitination / T cell migration / protein autoubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / ephrin receptor binding / phosphotyrosine residue binding / FLT3 signaling by CBL mutants / Negative regulation of FLT3 / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / response to activity / response to gamma radiation / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / Regulation of signaling by CBL / non-specific protein-tyrosine kinase / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / EGFR downregulation / cellular response to nerve growth factor stimulus / calcium-mediated signaling / Spry regulation of FGF signaling / Constitutive Signaling by EGFRvIII / cytokine-mediated signaling pathway / Negative regulation of MET activity / peptidyl-tyrosine phosphorylation / RING-type E3 ubiquitin transferase / receptor tyrosine kinase binding / SH3 domain binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / male gonad development / protein polyubiquitination / Signaling by CSF1 (M-CSF) in myeloid cells / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / cell-cell junction / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Constitutive Signaling by Ligand-Responsive EGFR Cancer Variants / T cell receptor signaling pathway / Clathrin-mediated endocytosis / growth cone / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein tyrosine kinase activity / cellular response to hypoxia / adaptive immune response / response to ethanol / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / intracellular signal transduction / protein ubiquitination / immune response / cilium / protein phosphorylation / cadherin binding / membrane raft / symbiont entry into host cell / focal adhesion / calcium ion binding / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / signal transduction / zinc ion binding / ATP binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. ...Adaptor protein Cbl, N-terminal domain / Adaptor protein Cbl, N-terminal helical / Adaptor protein Cbl, EF hand-like / Adaptor protein Cbl, SH2-like domain / Adaptor protein Cbl, PTB domain / Adaptor protein Cbl / CBL proto-oncogene N-terminal domain 1 / CBL proto-oncogene N-terminus, EF hand-like domain / CBL proto-oncogene N-terminus, SH2-like domain / Cbl-type phosphotyrosine-binding (Cbl-PTB) domain profile. / Prokaryotic RING finger family 4 / Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / Transcription Elongation Factor S-II; Chain A / UBA/TS-N domain / Ubiquitin associated domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / SH2 domain / SHC Adaptor Protein / UBA-like superfamily / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / : / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / SH2 domain superfamily / EF-hand domain pair / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase CBL / Tyrosine-protein kinase ZAP-70
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.473 Å
データ登録者Gabrielsen, M. / Buetow, L. / Huang, D.T.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Cancer Research UKC596/A23278 英国
European Research Council647849 英国
引用ジャーナル: Mol. Cell / 年: 2017
タイトル: A General Strategy for Discovery of Inhibitors and Activators of RING and U-box E3 Ligases with Ubiquitin Variants.
著者: Gabrielsen, M. / Buetow, L. / Nakasone, M.A. / Ahmed, S.F. / Sibbet, G.J. / Smith, B.O. / Zhang, W. / Sidhu, S.S. / Huang, D.T.
履歴
登録2017年6月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.22024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
B: Tyrosine protein kinase ZAP70 peptide
C: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
D: Tyrosine protein kinase ZAP70 peptide
E: UbV.pCBL ubiquitin variant
F: UbV.pCBL ubiquitin variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,58112
ポリマ－111,2396
非ポリマー3426
水4,234235
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
B: Tyrosine protein kinase ZAP70 peptide
E: UbV.pCBL ubiquitin variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7906
ポリマ－55,6203
非ポリマー1713
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: E3 ubiquitin-protein ligase CBL
D: Tyrosine protein kinase ZAP70 peptide
F: UbV.pCBL ubiquitin variant
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7906
ポリマ－55,6203
非ポリマー1713
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)94.790, 101.281, 117.339
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ACEF

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase CBL / Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene / Proto-oncogene c-Cbl / RING finger protein 55 / RING- ...Casitas B-lineage lymphoma proto-oncogene / Proto-oncogene c-Cbl / RING finger protein 55 / RING-type E3 ubiquitin transferase CBL / Signal transduction protein CBL


分子量: 45136.805 Da / 分子数: 2 / 変異: Y368F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CBL, CBL2, RNF55 / プラスミド: pGEX4T.1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22681, RING-type E3 ubiquitin transferase
#3: タンパク質 UbV.pCBL ubiquitin variant


分子量: 9138.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 2分子 BD

#2: タンパク質・ペプチド Tyrosine protein kinase ZAP70 peptide


分子量: 1344.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43403*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 241分子

#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / Density meas: 44.72 Mg/m3 / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M monosaccharides, 0.1 M Buffer 1 pH 6.5, 50% Precipitant 2, Morpheus screen

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97632 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97632 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.473→101.281 Å / Num. obs: 38315 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 59.34 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.473→2.515 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 1.155 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2007 / CC1/2: 0.796 / Rpim(I) all: 0.667 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4A4B

4a4b


解像度: 2.473→35.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.884 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 4.595 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.627 / SU Rfree Blow DPI: 0.283 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.285
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 1870 4.9 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 38141 92.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 69.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.8314 Å20 Å20 Å2
2---16.6367 Å20 Å2
3----4.1947 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.473→35.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7384 0 70 235 7689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0089457HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9513831HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3207SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes194HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1187HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it9457HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.01
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1000SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact10254SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.47→2.54 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 144 4.81 %
Rwork0.241 2849 -
all0.243 2993 -
obs--95.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8525-0.14090.85580.8504-0.37030.4449-0.00650.1426-0.115-0.0180.04010.00110.05790.0302-0.0336-0.05510.01290.02-0.1295-0.0107-0.1199-7.50417.15-0.405
22.7814-0.9146-1.00430.20850.30611.12550.1267-0.0089-0.0734-0.0698-0.0262-0.0505-0.0176-0.1332-0.1005-0.09-0.0004-0.0408-0.0781-0.0809-0.11912.0726-25.0854-8.0126
30.3941-0.1924-0.63810.02580.5780.3546-0.00040.01390.0016-0.0099-0.0057-0.00770.0075-0.0070.0061-0.0074-0.00510.04020.0336-0.0208-0.037423.088-15.4585-18.0299
43.55492.18320.60375.57970.56235.4646-0.0702-0.2709-0.38320.4650.13720.08360.2861-0.0953-0.067-0.10450.03120.0619-0.20670.1093-0.000817.9964-0.22719.3751
53.9233-0.3518-0.47232.66591.05813.75190.00480.3593-0.1778-0.2160.00810.06340.25820.3515-0.01290.05070.169-0.14340.0023-0.0944-0.21538.4621-43.1319-27.1982
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ C|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ D|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ E|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ F|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る