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- PDB-5o25: Structure of wildtype T.maritima PDE (TM1595) in ligand-free state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o25
タイトルStructure of wildtype T.maritima PDE (TM1595) in ligand-free state
要素TmPDE
キーワードHYDROLASE / phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DDH domain / DHH family / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Witte, G. / Drexler, D. / Mueller, M.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation3171/3-1 ドイツ
German Research FoundationGRK1721 ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Structural and Biophysical Analysis of the Soluble DHH/DHHA1-Type Phosphodiesterase TM1595 from Thermotoga maritima.
著者: Drexler, D.J. / Muller, M. / Rojas-Cordova, C.A. / Bandera, A.M. / Witte, G.
履歴
登録2017年5月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22017年12月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TmPDE
B: TmPDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,26117
ポリマ－75,7422
非ポリマー1,51915
水9,512528
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, The measured SAXS in solution data support the biological assembly of the dimeric form present in the ASU, light scattering, The Mw of the protein in solution corresponds to a dimer.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8030 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.670, 54.930, 108.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 TmPDE


分子量: 37870.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_1595 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1T1

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非ポリマー , 5種, 543分子

#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% (w/v) PEG4000 0.1M Tris pH7.5 0.2M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→95 Å / Num. obs: 73632 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.9 % / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 13.34
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Num. unique obs: 5359 / CC1/2: 0.66 / Rrim(I) all: 1.018 / % possible all: 95.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5O1U

5o1u


解像度: 1.75→19.311 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1901 3403 5.04 %
Rwork0.1643 --
obs0.1655 67550 96.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.311 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5110 0 87 528 5725
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045306
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6917141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3153153
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004920
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7499-1.77490.30261430.28552633X-RAY DIFFRACTION96
1.7749-1.80140.32871490.27582640X-RAY DIFFRACTION96
1.8014-1.82950.28581480.26472567X-RAY DIFFRACTION94
1.8295-1.85950.25291340.24922650X-RAY DIFFRACTION96
1.8595-1.89150.26511420.24042661X-RAY DIFFRACTION96
1.8915-1.92590.21531270.22172643X-RAY DIFFRACTION98
1.9259-1.96290.26871580.21612666X-RAY DIFFRACTION96
1.9629-2.00290.2551510.21342672X-RAY DIFFRACTION98
2.0029-2.04640.19071370.19972674X-RAY DIFFRACTION97
2.0464-2.0940.19251440.19292666X-RAY DIFFRACTION97
2.094-2.14630.19831310.17712676X-RAY DIFFRACTION97
2.1463-2.20420.19551560.16642629X-RAY DIFFRACTION95
2.2042-2.2690.19691390.16552607X-RAY DIFFRACTION96
2.269-2.34210.19681540.16342687X-RAY DIFFRACTION97
2.3421-2.42570.18611440.15282679X-RAY DIFFRACTION97
2.4257-2.52260.19171360.15672675X-RAY DIFFRACTION96
2.5226-2.63710.18421450.15212701X-RAY DIFFRACTION98
2.6371-2.77580.19391320.15022734X-RAY DIFFRACTION98
2.7758-2.94910.1931390.15832696X-RAY DIFFRACTION97
2.9491-3.17590.20631420.15662722X-RAY DIFFRACTION98
3.1759-3.49380.16711620.14472718X-RAY DIFFRACTION98
3.4938-3.99550.13331240.13552729X-RAY DIFFRACTION97
3.9955-5.01920.12541290.1192725X-RAY DIFFRACTION96
5.0192-19.31210.20871370.17052697X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2244-0.0861-0.03780.8446-0.00850.22470.004-0.0224-0.01790.0094-0.01450.0633-0.0034-0.01860.00890.1740.00370.0030.1717-0.00180.1507-34.4791-48.6396126.3293
20.3004-0.0340.22580.4024-0.17540.709-0.02170.0338-0.0363-0.0570.0114-0.123-0.00630.15730.00430.1722-0.00140.02080.1763-0.01420.2201-5.9334-55.716111.4106
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid -1 through 317)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid -2 through 320)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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