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- PDB-5o3j: Crystal structure of TIA-1 RRM2 in complex with RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o3j
タイトルCrystal structure of TIA-1 RRM2 in complex with RNA
要素
  • Nucleolysin TIA-1 isoform p40
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*C)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN / TIA-1 / RRM
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cytoplasmic stress granule / nuclear stress granule / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / FGFR2 alternative splicing / negative regulation of cytokine production / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / stress granule assembly ...protein localization to cytoplasmic stress granule / nuclear stress granule / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / FGFR2 alternative splicing / negative regulation of cytokine production / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / stress granule assembly / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TIA-1, RNA recognition motif 1 / TIA-1, RNA recognition motif 2 / TIAR, RNA recognition motif 3 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Sonntag, M. / Jagtap, P.K.A. / Hennig, J. / Sattler, M.
引用ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2017
タイトル: Segmental, Domain-Selective Perdeuteration and Small-Angle Neutron Scattering for Structural Analysis of Multi-Domain Proteins.
著者: Miriam Sonntag / Pravin Kumar Ankush Jagtap / Bernd Simon / Marie-Sousai Appavou / Arie Geerlof / Ralf Stehle / Frank Gabel / Janosch Hennig / Michael Sattler /
要旨: Multi-domain proteins play critical roles in fine-tuning essential processes in cellular signaling and gene regulation. Typically, multiple globular domains that are connected by flexible linkers ...Multi-domain proteins play critical roles in fine-tuning essential processes in cellular signaling and gene regulation. Typically, multiple globular domains that are connected by flexible linkers undergo dynamic rearrangements upon binding to protein, DNA or RNA ligands. RNA binding proteins (RBPs) represent an important class of multi-domain proteins, which regulate gene expression by recognizing linear or structured RNA sequence motifs. Here, we employ segmental perdeuteration of the three RNA recognition motif (RRM) domains in the RBP TIA-1 using Sortase A mediated protein ligation. We show that domain-selective perdeuteration combined with contrast-matched small-angle neutron scattering (SANS), SAXS and computational modeling provides valuable information to precisely define relative domain arrangements. The approach is generally applicable to study conformational arrangements of individual domains in multi-domain proteins and changes induced by ligand binding.
履歴
登録2017年5月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleolysin TIA-1 isoform p40
B: RNA (5'-R(P*UP*UP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7622
ポリマ－9,7622
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.310, 44.310, 85.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Nucleolysin TIA-1 isoform p40 / RNA-binding protein TIA-1 / T-cell-restricted intracellular antigen-1 / TIA-1 / p40-TIA-1


分子量: 8888.953 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM2 domain, UNP Residues 93-170 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31483
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*C)-3')


分子量: 872.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 50mM MES pH6, 5mM MgSO4, 5% PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.97→35.02 Å / Num. obs: 1980 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 7.8 % / CC1/2: 0.93 / Rmerge(I) obs: 0.0867 / Net I/σ(I): 15.34

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BS9

3bs9


解像度: 2.97→35.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.919 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 31.878 / SU ML: 0.526 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.557 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3116 98 5 %RANDOM
Rwork0.25095 ---
obs0.25387 1859 98.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 84.381 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.32 Å21.16 Å20 Å2
2--2.32 Å2-0 Å2
3----7.52 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.97→35.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数600 43 0 0 643
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.019663
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02551
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9061.834906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.83731253
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.452579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.78723.66730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.7931579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.869154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.294
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.02759
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02176
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4838.832319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4838.838318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.64113.248397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.63813.24398
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.929.093344
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.9119.078341
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.70113.634509
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.956715
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.959714
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.967→3.044 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.415 6 -
Rwork0.31 126 -
obs--96.35 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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