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万見
- PDB-3bs9: X-ray structure of human TIA-1 RRM2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bs9
タイトルX-ray structure of human TIA-1 RRM2
要素Nucleolysin TIA-1 isoform p40
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RNA Recognition Motif / RRM / RNA binding Domain / RBD / RNA splicing / Apoptosis / Phosphoprotein / RNA-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


protein localization to cytoplasmic stress granule / nuclear stress granule / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / negative regulation of cytokine production / FGFR2 alternative splicing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / stress granule assembly ...protein localization to cytoplasmic stress granule / nuclear stress granule / poly(A) binding / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / negative regulation of cytokine production / FGFR2 alternative splicing / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / stress granule assembly / RNA splicing / mRNA 3'-UTR binding / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / apoptotic process / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TIA-1, RNA recognition motif 1 / TIA-1, RNA recognition motif 2 / TIAR, RNA recognition motif 3 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...TIA-1, RNA recognition motif 1 / TIA-1, RNA recognition motif 2 / TIAR, RNA recognition motif 3 / RNA recognition motif domain, eukaryote / RNA recognition motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Cytotoxic granule associated RNA binding protein TIA1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Kumar, A.O. / Kielkopf, C.L.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2008
タイトル: Structure of the central RNA recognition motif of human TIA-1 at 1.95A resolution.
著者: Kumar, A.O. / Swenson, M.C. / Benning, M.M. / Kielkopf, C.L.
履歴
登録2007年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleolysin TIA-1 isoform p40
B: Nucleolysin TIA-1 isoform p40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7969
ポリマ－18,9072
非ポリマー8887
水2,126118
1
A: Nucleolysin TIA-1 isoform p40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8344
ポリマ－9,4541
非ポリマー3813
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Nucleolysin TIA-1 isoform p40
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9615
ポリマ－9,4541
非ポリマー5084
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.500, 56.500, 76.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Nucleolysin TIA-1 isoform p40 / RNA-binding protein TIA-1 / p40-TIA-1


分子量: 9453.696 Da / 分子数: 2 / 断片: RNA recognition motif 2, UNP residues 105-186 / 変異: E109A, D110A, K112A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TIA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta / 参照: UniProt: P31483
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細ACCORDING TO THE AUTHORS THE GLN TO GLU MUTATION REPRESENTS A PROBLEM IN THE DEPOSITED SEQUENCE. ...ACCORDING TO THE AUTHORS THE GLN TO GLU MUTATION REPRESENTS A PROBLEM IN THE DEPOSITED SEQUENCE. THE PDB IS NUMBERED TO MATCH SEQUENCE OF THE ALTERNATIVE ISOFORM P31483-2. HIS94 IN THE PDB FILE CORRESPONDS TO HIS94 IN P31483-2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1:1 mixture of protein with 15% polyethylene glycol 3350, 0.5 M KI, 0.1 M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418
検出器タイプ: BRUKER PROTEUM / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月16日 / 詳細: Multilayer Graded X-ray Optics
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→24.46 Å / Num. all: 10156 / Num. obs: 10137 / % possible obs: 99.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
PHASER位相決定
CNS1.2精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: N-terminal RRM of poly-A binding protein, PDB entry 1CVJ

1cvj


解像度: 1.95→20 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2454 9648 -
Rwork0.2156 --
all-10153 -
obs-10137 95 %
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.299 Å20 Å20 Å2
2--0.299 Å20 Å2
3----0.599 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1219 0 7 118 1344

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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