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- PDB-4o7q: Crystal Structure of the F27G AIM2 Pyrin Domain Mutant and Simila... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o7q
タイトルCrystal Structure of the F27G AIM2 Pyrin Domain Mutant and Similarities of its Self-association to DED/DED Interactions
要素Interferon-inducible protein AIM2
キーワードSIGNALING PROTEIN / apoptosis / PYD/DD / SIGNAL TRANSDUCTION / INFLAMMASOME
機能・相同性
機能・相同性情報


pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / regulation of behavior / cysteine-type endopeptidase activator activity / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / pyroptotic inflammatory response ...pyroptosome complex assembly / AIM2 inflammasome complex assembly / The AIM2 inflammasome / AIM2 inflammasome complex / regulation of behavior / cysteine-type endopeptidase activator activity / Cytosolic sensors of pathogen-associated DNA / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / pyroptotic inflammatory response / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / T cell homeostasis / cellular response to interferon-beta / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / activation of innate immune response / positive regulation of interleukin-1 beta production / brain development / neuron cellular homeostasis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / immune response / innate immune response / DNA damage response / mitochondrion / nucleoplasm / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas ...HIN-200/IF120x / HIN-200 family / HIN-200/IF120x domain / HIN-200 A and B domains profile. / DAPIN domain / DAPIN domain profile. / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Death Domain, Fas / Death-like domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-inducible protein AIM2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Lu, A. / Kabaleeswaran, V. / Wu, H.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Crystal Structure of the F27G AIM2 PYD Mutant and Similarities of Its Self-Association to DED/DED Interactions.
著者: Lu, A. / Kabaleeswaran, V. / Fu, T. / Magupalli, V.G. / Wu, H.
履歴
登録2013年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-inducible protein AIM2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8401
ポリマ－10,8401
非ポリマー00
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.940, 37.950, 76.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Interferon-inducible protein AIM2 / Absent in melanoma 2


分子量: 10839.629 Da / 分子数: 1 / 断片: PYD DOMAIN (UNP RESIDUES 1-93) / 変異: F27G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: AIM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O14862
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 0.2 M CaCl2, 0.1 M Sodium Acetate, and 23 % PEG3350, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月11日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.82→34 Å / Num. all: 79610 / Num. obs: 7526 / % possible obs: 90 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 18.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.062 / Net I/σ(I): 29.7
反射 シェル解像度: 1.82→1.87 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 51

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.14データ抽出
CBASSデータ収集
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: combined model

解像度: 1.82→27.902 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 26.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2378 344 4.57 %random
Rwork0.1778 ---
obs0.1805 7497 90.21 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 58.56 Å2 / Biso mean: 19.9789 Å2 / Biso min: 6.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→27.902 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数739 0 0 91 830
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006746
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8281003

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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