[日本語] English
万見
- PDB-5nyx: human Fab fragment 5H2 against NHBA from Neisseria meningitidis -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nyx
タイトルhuman Fab fragment 5H2 against NHBA from Neisseria meningitidis
要素
  • HEAVY CHAIN
  • LIGHT CHAIN
キーワードIMMUNE SYSTEM
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Malito, E. / Maritan, M.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Structures of NHBA elucidate a broadly conserved epitope identified by a vaccine induced antibody.
著者: Maritan, M. / Veggi, D. / Cozzi, R. / Dello Iacono, L. / Bartolini, E. / Lo Surdo, P. / Maruggi, G. / Spraggon, G. / Bottomley, M.J. / Malito, E.
履歴
登録2017年5月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月15日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.22018年12月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
H: HEAVY CHAIN
L: LIGHT CHAIN
M: HEAVY CHAIN
N: LIGHT CHAIN
O: HEAVY CHAIN
P: LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,47020
ポリマ－153,1736
非ポリマー1,29714
水13,079726
1
H: HEAVY CHAIN
L: LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, the complete protein is composed by two chains named heavy and light chain that assemble to form a heterodimer in solution. The elution profile of the protein correspond to ...根拠: gel filtration, the complete protein is composed by two chains named heavy and light chain that assemble to form a heterodimer in solution. The elution profile of the protein correspond to the dimer. This assembly has further been demonstrated by SDS-PAGE analysis of the eluted fractions, which were showing the presence of two chains
  • 51.4 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,4306
ポリマ－51,0582
非ポリマー3724
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
2
M: HEAVY CHAIN
N: LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5187
ポリマ－51,0582
非ポリマー4605
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19010 Å2
手法PISA
3
O: HEAVY CHAIN
P: LIGHT CHAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,5227
ポリマ－51,0582
非ポリマー4645
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.025, 105.749, 86.259
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: 抗体 HEAVY CHAIN


分子量: 27962.980 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CHAIN H AND O ARE TWO SEPARATE POLYPEPTIDE CHAINS. fab heavy chains. The sequence provided contains the cleavable strep tag that has been removed prior to crystallisation
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 LIGHT CHAIN


分子量: 23094.561 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: fab light chain / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 726 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.68 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Na-Cacodilate pH 6.5, 30 %w/v PEG 8K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97721 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97721 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→47.02 Å / Num. obs: 109382 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.831 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 10764 / CC1/2: 0.474 / Rpim(I) all: 0.563 / Rrim(I) all: 1.008 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2356: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MoRDa1.2.02位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TNM and 3HI6

3tnm

3hi6


解像度: 1.88→47.017 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2264 5540 5.07 %
Rwork0.1864 --
obs0.1884 109345 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→47.017 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9718 0 82 726 10526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710120
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.93413779
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7486078
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051741
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.88-1.90140.34141780.29093462X-RAY DIFFRACTION99
1.9014-1.92370.33591960.29063474X-RAY DIFFRACTION99
1.9237-1.94720.35091600.28033482X-RAY DIFFRACTION99
1.9472-1.97190.30842020.26223435X-RAY DIFFRACTION99
1.9719-1.99780.27241760.24833482X-RAY DIFFRACTION99
1.9978-2.02520.28471920.23933446X-RAY DIFFRACTION99
2.0252-2.05410.28562170.22863453X-RAY DIFFRACTION99
2.0541-2.08480.24791800.22473395X-RAY DIFFRACTION98
2.0848-2.11730.27641760.21783455X-RAY DIFFRACTION98
2.1173-2.1520.27881590.22283442X-RAY DIFFRACTION98
2.152-2.18920.29611760.21773458X-RAY DIFFRACTION99
2.1892-2.2290.26811650.21263501X-RAY DIFFRACTION99
2.229-2.27180.26941850.2063496X-RAY DIFFRACTION99
2.2718-2.31820.26792070.20853417X-RAY DIFFRACTION99
2.3182-2.36860.29241920.20623452X-RAY DIFFRACTION99
2.3686-2.42370.251950.20283447X-RAY DIFFRACTION99
2.4237-2.48430.24631880.19333489X-RAY DIFFRACTION99
2.4843-2.55150.26131890.1923441X-RAY DIFFRACTION99
2.5515-2.62660.25041930.20183464X-RAY DIFFRACTION98
2.6266-2.71130.24391600.20493477X-RAY DIFFRACTION99
2.7113-2.80820.27171920.19813439X-RAY DIFFRACTION99
2.8082-2.92060.24862000.19123480X-RAY DIFFRACTION99
2.9206-3.05350.21961860.18713457X-RAY DIFFRACTION99
3.0535-3.21450.22531450.18293500X-RAY DIFFRACTION98
3.2145-3.41580.22351700.17783466X-RAY DIFFRACTION98
3.4158-3.67950.18061740.16183483X-RAY DIFFRACTION99
3.6795-4.04960.18191710.15923470X-RAY DIFFRACTION98
4.0496-4.63510.16841840.13863429X-RAY DIFFRACTION97
4.6351-5.8380.18452130.15523448X-RAY DIFFRACTION98
5.838-47.03160.19732190.18353465X-RAY DIFFRACTION97

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る