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- PDB-5nng: Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nng
タイトルCrystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with an acetylated SRPK1 peptide (K585ac)
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • VAG(ALY)YS(ALY)EFFY
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain / complex / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


sperm DNA condensation / regulation of mRNA processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Maturation of nucleoprotein / negative regulation of viral genome replication / spliceosomal complex assembly / RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity ...sperm DNA condensation / regulation of mRNA processing / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Maturation of nucleoprotein / negative regulation of viral genome replication / spliceosomal complex assembly / RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of viral genome replication / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / : / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / RNA splicing / condensed nuclear chromosome / chromosome segregation / transcription coregulator activity / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / nuclear matrix / p53 binding / chromosome / regulation of inflammatory response / histone binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / protein phosphorylation / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / nuclear speck / intracellular signal transduction / chromatin remodeling / innate immune response / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation ...: / Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 4 / SRSF protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Newman, J. / Sorrell, F. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust095751/Z/11/Z 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Interactome Rewiring Following Pharmacological Targeting of BET Bromodomains.
著者: Jean-Philippe Lambert / Sarah Picaud / Takao Fujisawa / Huayun Hou / Pavel Savitsky / Liis Uusküla-Reimand / Gagan D Gupta / Hala Abdouni / Zhen-Yuan Lin / Monika Tucholska / James D R ...著者: Jean-Philippe Lambert / Sarah Picaud / Takao Fujisawa / Huayun Hou / Pavel Savitsky / Liis Uusküla-Reimand / Gagan D Gupta / Hala Abdouni / Zhen-Yuan Lin / Monika Tucholska / James D R Knight / Beatriz Gonzalez-Badillo / Nicole St-Denis / Joseph A Newman / Manuel Stucki / Laurence Pelletier / Nuno Bandeira / Michael D Wilson / Panagis Filippakopoulos / Anne-Claude Gingras /
要旨: Targeting bromodomains (BRDs) of the bromo-and-extra-terminal (BET) family offers opportunities for therapeutic intervention in cancer and other diseases. Here, we profile the interactomes of BRD2, ...Targeting bromodomains (BRDs) of the bromo-and-extra-terminal (BET) family offers opportunities for therapeutic intervention in cancer and other diseases. Here, we profile the interactomes of BRD2, BRD3, BRD4, and BRDT following treatment with the pan-BET BRD inhibitor JQ1, revealing broad rewiring of the interaction landscape, with three distinct classes of behavior for the 603 unique interactors identified. A group of proteins associate in a JQ1-sensitive manner with BET BRDs through canonical and new binding modes, while two classes of extra-terminal (ET)-domain binding motifs mediate acetylation-independent interactions. Last, we identify an unexpected increase in several interactions following JQ1 treatment that define negative functions for BRD3 in the regulation of rRNA synthesis and potentially RNAPII-dependent gene expression that result in decreased cell proliferation. Together, our data highlight the contributions of BET protein modules to their interactomes allowing for a better understanding of pharmacological rewiring in response to JQ1.
履歴
登録2017年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.title
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年2月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: VAG(ALY)YS(ALY)EFFY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6464
ポリマ－16,5222
非ポリマー1242
水3,585199
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area8740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.051, 44.141, 81.746
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質・ペプチド VAG(ALY)YS(ALY)EFFY


分子量: 1422.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: SRPK1 peptide acetylated at K585 and K588 C-terminal TYR added for UV detection
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96SB4*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 30% PEG1000 0.1M PCB pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→40.87 Å / Num. obs: 42718 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.022 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.2→1.26 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 6132 / Num. unique obs: 38775 / Rpim(I) all: 0.221 / Rrim(I) all: 0.221 / Rsym value: 0.564 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OSS

2oss


解像度: 1.2→40.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.075 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.035 / ESU R Free: 0.036 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15773 2011 4.7 %RANDOM
Rwork0.12727 ---
obs0.12872 40641 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.284 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å2-0 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.2→40.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1161 0 8 199 1368
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.021248
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021138
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5971.9841699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01132674
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4995144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.66625.55663
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.1715213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg25.46154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2179
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211355
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6872.416565
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6482.411564
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.924.545705
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9224.55706
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2373.09683
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2373.09683
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.6615.497992
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.44618.1081520
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.27817.461475
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.33332386
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free21.5675119
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded7.90752430
LS精密化 シェル解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 159 -
Rwork0.175 2938 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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