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Yorodumi- PDB-5n15: First Bromodomain (BD1) from Candida albicans Bdf1 in the unbound form -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5n15 | ||||||
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Title | First Bromodomain (BD1) from Candida albicans Bdf1 in the unbound form | ||||||
Components | Bromodomain-containing factor 1 | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / Bromodomain | ||||||
Function / homology | Function and homology information sporulation resulting in formation of a cellular spore / DNA repair / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Candida albicans (yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.37 Å | ||||||
Authors | Mietton, F. / Ferri, E. / Champleboux, M. / Zala, N. / Maubon, D. / Zhou, Y. / Harbut, M. / Spittler, D. / Garnaud, C. / Courcon, M. ...Mietton, F. / Ferri, E. / Champleboux, M. / Zala, N. / Maubon, D. / Zhou, Y. / Harbut, M. / Spittler, D. / Garnaud, C. / Courcon, M. / Chauvel, M. / d'Enfert, C. / Kashemirov, B.A. / Hull, M. / Cornet, M. / McKenna, C.E. / Govin, J. / Petosa, C. | ||||||
Funding support | France, 1items
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Citation | Journal: Nat Commun / Year: 2017 Title: Selective BET bromodomain inhibition as an antifungal therapeutic strategy. Authors: Mietton, F. / Ferri, E. / Champleboux, M. / Zala, N. / Maubon, D. / Zhou, Y. / Harbut, M. / Spittler, D. / Garnaud, C. / Courcon, M. / Chauvel, M. / d'Enfert, C. / Kashemirov, B.A. / Hull, M. ...Authors: Mietton, F. / Ferri, E. / Champleboux, M. / Zala, N. / Maubon, D. / Zhou, Y. / Harbut, M. / Spittler, D. / Garnaud, C. / Courcon, M. / Chauvel, M. / d'Enfert, C. / Kashemirov, B.A. / Hull, M. / Cornet, M. / McKenna, C.E. / Govin, J. / Petosa, C. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5n15.cif.gz | 227.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5n15.ent.gz | 185.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5n15.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/5n15 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/5n15 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5n13C 5n16C 5n17C 5n18C 2ossS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15476.932 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Candida albicans (yeast) / Gene: BDF1, CaO19.8593, CaO19.978 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q5A4W8 #2: Chemical | ChemComp-IOD / #3: Chemical | ChemComp-EPE / | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.7 Å3/Da / Density % sol: 54.37 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: 0.2 M ammonium iodide (pH 6.5) and 26% (w/v) PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8726 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 10, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.37→54.9 Å / Num. obs: 27138 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 4.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 14.5 |
Reflection shell | Resolution: 2.37→2.45 Å / Redundancy: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.789 / Num. unique obs: 2644 / CC1/2: 0.761 / Rpim(I) all: 0.388 / % possible all: 99.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2OSS Resolution: 2.37→48.894 Å / SU ML: 0.35 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 26.35 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.37→48.894 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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