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万見
- PDB-5nnc: Crystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nnc
タイトルCrystal Structure of the first bromodomain of human BRD4 in complex with a diacetylated histone 4 peptide (H3K9ac/K14ac)
要素
  • Bromodomain-containing protein 4
  • Histone H3
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Chromatin modifying enzymes / : / telomere organization ...RNA polymerase II C-terminal domain binding / P-TEFb complex binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / histone H4 reader activity / host-mediated suppression of viral transcription / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / Chromatin modifying enzymes / : / telomere organization / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / epigenetic regulation of gene expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / condensed nuclear chromosome / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / transcription coregulator activity / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / HCMV Early Events / structural constituent of chromatin / p53 binding / nucleosome / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / nucleosome assembly / chromosome / HATs acetylate histones / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / chromatin organization / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / regulation of inflammatory response / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / gene expression / Estrogen-dependent gene expression / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / transcription cis-regulatory region binding / chromatin remodeling / cadherin binding / Amyloid fiber formation / protein heterodimerization activity / protein serine/threonine kinase activity / DNA damage response / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like ...Bromodomain protein 4, C-terminal / C-terminal domain of bromodomain protein 4 / Brdt, bromodomain, repeat I / Brdt, bromodomain, repeat II / NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Histone-fold / Bromodomain / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain (BrD) profile. / Bromodomain-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bromodomain-containing protein 4 / Histone H3.1 / Histone H3-7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.22 Å
データ登録者Filippakopoulos, P. / Picaud, S. / Pike, A.C.W. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust095751/Z/11/Z 英国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2019
タイトル: Interactome Rewiring Following Pharmacological Targeting of BET Bromodomains.
著者: Jean-Philippe Lambert / Sarah Picaud / Takao Fujisawa / Huayun Hou / Pavel Savitsky / Liis Uusküla-Reimand / Gagan D Gupta / Hala Abdouni / Zhen-Yuan Lin / Monika Tucholska / James D R ...著者: Jean-Philippe Lambert / Sarah Picaud / Takao Fujisawa / Huayun Hou / Pavel Savitsky / Liis Uusküla-Reimand / Gagan D Gupta / Hala Abdouni / Zhen-Yuan Lin / Monika Tucholska / James D R Knight / Beatriz Gonzalez-Badillo / Nicole St-Denis / Joseph A Newman / Manuel Stucki / Laurence Pelletier / Nuno Bandeira / Michael D Wilson / Panagis Filippakopoulos / Anne-Claude Gingras /
要旨: Targeting bromodomains (BRDs) of the bromo-and-extra-terminal (BET) family offers opportunities for therapeutic intervention in cancer and other diseases. Here, we profile the interactomes of BRD2, ...Targeting bromodomains (BRDs) of the bromo-and-extra-terminal (BET) family offers opportunities for therapeutic intervention in cancer and other diseases. Here, we profile the interactomes of BRD2, BRD3, BRD4, and BRDT following treatment with the pan-BET BRD inhibitor JQ1, revealing broad rewiring of the interaction landscape, with three distinct classes of behavior for the 603 unique interactors identified. A group of proteins associate in a JQ1-sensitive manner with BET BRDs through canonical and new binding modes, while two classes of extra-terminal (ET)-domain binding motifs mediate acetylation-independent interactions. Last, we identify an unexpected increase in several interactions following JQ1 treatment that define negative functions for BRD3 in the regulation of rRNA synthesis and potentially RNAPII-dependent gene expression that result in decreased cell proliferation. Together, our data highlight the contributions of BET protein modules to their interactomes allowing for a better understanding of pharmacological rewiring in response to JQ1.
履歴
登録2017年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.22018年12月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年2月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / database_PDB_rev ...citation / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / pdbx_database_proc
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing protein 4
B: Bromodomain-containing protein 4
C: Histone H3
D: Histone H3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,1854
ポリマ－34,1854
非ポリマー00
水1,13563
1
A: Bromodomain-containing protein 4
C: Histone H3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0932
ポリマ－17,0932
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area880 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7610 Å2
手法PISA
2
B: Bromodomain-containing protein 4
D: Histone H3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0932
ポリマ－17,0932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.495, 51.947, 61.720
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.310, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1


分子量: 15099.380 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 44-168 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): R3 / 参照: UniProt: O60885
#2: タンパク質・ペプチド Histone H3


分子量: 1993.271 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 5-21 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Histone H3 peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5TEC6, UniProt: P68431*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.20M LiCl 0.1M TRIS pH 8.0 20.0% PEG 6K 10.0% EtGly

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.205→19.86 Å / Num. obs: 13530 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.074 / Rsym value: 0.061 / Net I/av σ(I): 7.5 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRpim(I) allRrim(I) allRsym value% possible all
2.205-2.3230.63510.440.7760.63598.2
2.32-2.473.10.3122.20.2090.3770.31298.3
2.47-2.6430.1993.30.1350.2420.19998.7
2.64-2.853.10.12450.0850.1510.12499
2.85-3.123.10.0847.20.0580.1020.08498.9
3.12-3.4930.0649.10.0440.0780.06499.4
3.49-4.033.10.04612.40.0320.0570.04699.2
4.03-4.9330.04214.20.0280.0510.04299.5
4.93-6.9730.04213.60.0280.0510.04299.7
6.97-19.6522.90.03512.10.0250.0430.03595.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å19.65 Å
Translation2.5 Å19.65 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OSS

2oss


解像度: 2.22→19.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 15.544 / SU ML: 0.194 / SU R Cruickshank DPI: 0.3207 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.321 / ESU R Free: 0.251
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2645 657 4.9 %RANDOM
Rwork0.1845 ---
obs0.1885 12650 98.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 168.51 Å2 / Biso mean: 40.28 Å2 / Biso min: 17.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å2-1.9 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----0.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.22→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2144 0 0 63 2207
Biso mean---41.37 -
残基数----266
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.022217
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.9813023
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94833683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1295266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.54525.6100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.4315354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.804156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02412
LS精密化 シェル解像度: 2.215→2.272 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 46 -
Rwork0.362 852 -
all-898 -
obs--95.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41040.06810.84590.35270.70621.8232-0.1968-0.06670.04720.02170.10780.016-0.09750.1070.0890.1650.0071-0.01360.1299-0.00520.144625.46750.898955.8812
20.6418-0.1017-0.05430.69520.70791.81150.0824-0.0224-0.07590.05790.0191-0.11470.0321-0.0507-0.10150.1571-0.0192-0.03990.06020.01480.203835.157621.64630.3281
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A42 - 166
2X-RAY DIFFRACTION2B42 - 166

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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