PDB-5d26: First bromodomain of BRD4 bound to inhibitor XD28

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d26

タイトル

First bromodomain of BRD4 bound to inhibitor XD28

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / Gene regulation / Bromodomain / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 / 解像度: 1.82 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Huegle, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
著者: Hugle, M. / Lucas, X. / Weitzel, G. / Ostrovskyi, D. / Breit, B. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Gunther, S. / Wohlwend, D.

履歴

登録	2015年8月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 2.0	2017年9月6日	Group: Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.1	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d26.cif.gz	74.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d26.ent.gz	53.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d26.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d26_validation.pdf.gz	753 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d26_full_validation.pdf.gz	753.2 KB	表示
XML形式データ	5d26_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	5d26_validation.cif.gz	13.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/5d26 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d2/5d26	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d24C 5d25C 5d3hC 5d3jC 5d3lC 5d3nC 5d3pC 5d3rC 5d3sC 5d3tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5d3j-d 4o7e-1 5oww-3 4bw4-d 6s6k-d 4cfl-d 5d3r-d 4uix-1 6xuz-d 5nnc-1 6xv3-2 4clb-d 4mr3-d 4o7e-2 5fbx-d 4ogj-2 6fnx-d 4o78-d 4lyw-d 4bw3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.470, 49.590, 58.180
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 変異: T43M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885

-
非ポリマー , 5種, 171分子

#2: 化合物	ChemComp-L28 / N~2~-[5-(diethylsulfamoyl)-2-hydroxyphenyl]-3-ethyl-5-methyl-1H-pyrrole-2,4-dicarboxamide 分子量: 422.499 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₂₆N₄O₅S
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-BU3 / (R,R)-2,3-BUTANEDIOL / (2R,3R)-2,3-ブタンジオ-ル分子量: 90.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.76 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Hepes, magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.82→12.4 Å / Num. obs: 10724 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 10.5
反射シェル	解像度: 1.82→1.92 Å / R_merge(I) obs: 0.176 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 1515 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
iMOSFLM		データ削減

精密化

解像度: 1.82→12.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 4.777 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.161 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.18747	1033	9.7 %	RANDOM
R_work	0.15881	-	-	-
obs	0.16168	9658	99.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.558 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.82→12.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1062	0	40	167	1269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.02	1161
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1112
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.219	2.01	1587
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.743	3	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.851	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.727	26	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.053	15	204
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.643	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.06	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1309
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	256
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.181	0.677	524
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.18	0.675	523
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.321	1.013	659
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.321	1.014	660
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.227	0.739	637
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.227	0.74	638
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.371	1.089	928
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.825	7.051	5030
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.501	6.638	4867
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.817→1.863 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	64	-
R_work	0.215	682	-
obs	-	-	97.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.3693	0.622	-8.8936	3.1232	0.5522	12.2504	0.13	0.1932	0.1106	0.0775	-0.0065	0.2286	-0.1593	-0.5203	-0.1235	0.0444	0.0169	-0.0245	0.0655	0.0056	0.0472	-1.3199	61.2377	8.5652
2	3.0808	0.1389	0.1471	0.3663	0.7101	4.6473	-0.0412	0.2286	0.1396	-0.1073	0.0125	0.0158	-0.1554	0.222	0.0287	0.0348	-0.003	0.0052	0.0324	0.0012	0.0436	18.4815	52.6149	0.1926
3	1.295	-0.1108	-1.0537	0.8511	0.4458	2.1159	-0.0396	0.0403	-0.0937	0.0445	-0.0164	0.0621	0.0466	-0.1065	0.056	0.0114	-0.0058	0.0014	0.0077	0.0011	0.0141	8.6006	57.0291	13.1741
4	1.0018	-0.5307	-0.1919	1.9634	1.0049	4.0138	0.0507	-0.0263	0.0583	0.0569	0.0587	-0.1361	-0.1905	0.0893	-0.1094	0.024	-0.0053	-0.004	0.0049	-0.0013	0.0178	13.7541	63.6731	18.6538
5	5.554	-0.6778	-4.6201	3.4928	-1.3368	8.6509	-0.176	-0.0831	-0.0859	-0.071	0.0975	-0.2093	0.0921	0.463	0.0786	0.0487	-0.0237	-0.0396	0.0733	-0.0169	0.1046	25.997	56.4474	13.119

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 49
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	50 - 70
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	71 - 122
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	123 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	153 - 168

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