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- PDB-5nl7: The crystal structure of the Actin Binding Domain (ABD) of alpha ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nl7
タイトルThe crystal structure of the Actin Binding Domain (ABD) of alpha actinin from Entamoeba histolytica
要素Calponin homology domain protein putative
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Actin Binding Domain / Actinin / Entamoeba histolytica
機能・相同性
機能・相同性情報


actin binding / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Ca2+ insensitive EF hand / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily ...Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Ca2+ insensitive EF hand / Actinin-type actin-binding domain signature 1. / Actinin-type actin-binding domain signature 2. / Actinin-type actin-binding domain, conserved site / Calponin homology domain / Calponin homology (CH) domain / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calponin homology domain protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Pinotsis, N. / Djinovic-Carugo, K. / Khan, M.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Calcium modulates the domain flexibility and function of an alpha-actinin similar to the ancestral alpha-actinin.
著者: Pinotsis, N. / Zielinska, K. / Babuta, M. / Arolas, J.L. / Kostan, J. / Khan, M.B. / Schreiner, C. / Salmazo, A. / Ciccarelli, L. / Puchinger, M. / Gkougkoulia, E.A. / Ribeiro Jr., E.A. / ...著者: Pinotsis, N. / Zielinska, K. / Babuta, M. / Arolas, J.L. / Kostan, J. / Khan, M.B. / Schreiner, C. / Salmazo, A. / Ciccarelli, L. / Puchinger, M. / Gkougkoulia, E.A. / Ribeiro Jr., E.A. / Marlovits, T.C. / Bhattacharya, A. / Djinovic-Carugo, K.
履歴
登録2017年4月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calponin homology domain protein putative
B: Calponin homology domain protein putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0284
ポリマ－52,8652
非ポリマー1622
水1,62190
1
A: Calponin homology domain protein putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5953
ポリマ－26,4331
非ポリマー1622
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calponin homology domain protein putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4331
ポリマ－26,4331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.740, 146.740, 33.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-3-

ASP

21A-302-

TRS

31A-302-

TRS

41B-308-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Calponin homology domain protein putative / Calponin homology domain protein / putative


分子量: 26432.672 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: CL6EHI_199000, EHI_199000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4LWU6
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M Ca(CH3COO)2, 0.1 M Sodium Cacodylate pH 6.5 and 40% v/v PEG600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8426 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8426 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→48.032 Å / Num. obs: 27759 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 3.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/av σ(I): 8.33 / Net I/σ(I): 8.33
反射 シェル解像度: 2.48→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / Num. unique obs: 1951 / CC1/2: 0.398 / % possible all: 90.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WKU

1wku


解像度: 2.48→48.032 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 26.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 1388 5 %
Rwork0.1963 --
obs0.1991 27743 95.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→48.032 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3648 0 9 90 3747
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083720
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9565029
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0932275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005632
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4804-2.5690.33631330.27062532X-RAY DIFFRACTION90
2.569-2.67190.33661330.26832517X-RAY DIFFRACTION92
2.6719-2.79340.31471420.25462703X-RAY DIFFRACTION97
2.7934-2.94070.31181440.23512731X-RAY DIFFRACTION99
2.9407-3.12490.29331430.22572720X-RAY DIFFRACTION99
3.1249-3.36610.27841440.21072731X-RAY DIFFRACTION99
3.3661-3.70480.24221410.192683X-RAY DIFFRACTION98
3.7048-4.24060.22681410.16852684X-RAY DIFFRACTION96
4.2406-5.34160.2191360.16562576X-RAY DIFFRACTION94
5.3416-48.04090.21461310.17952478X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6699-2.31190.33446.3809-0.77692.0108-0.0034-0.00770.1188-0.1435-0.045-0.0234-0.47710.0763-0.01720.71390.0371-0.01860.2427-0.01310.36466.221628.876829.2432
23.151-0.94340.44687.1169-0.84673.3376-0.0085-0.0808-0.09230.6030.0012-0.5499-0.02720.59380.14710.56850.1172-0.07550.4304-0.0360.481316.92129.428740.0073
32.1706-2.7282-0.24016.67720.5122.3333-0.0410.0839-0.3076-0.2625-0.0190.1730.5936-0.0996-0.12070.76320.03330.0380.2836-0.02870.3526-6.187655.835412.2452
42.5216-0.8978-0.09727.154-1.25213.07520.003-0.32670.04140.68740.06460.44480.0085-0.4778-0.2090.52920.06920.07020.45790.01650.456-16.967675.229123.0103
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 2:122))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and ((resseq 124:231))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and ((resseq 2:122))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resseq 123:231))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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