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- PDB-2a15: X-ray Crystal Structure of RV0760 from Mycobacterium Tuberculosis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2a15
タイトルX-ray Crystal Structure of RV0760 from Mycobacterium Tuberculosis at 1.68 Angstrom Resolution
要素HYPOTHETICAL PROTEIN Rv0760c
キーワードUNKNOWN FUNCTION / beta-alpha-barrel / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol binding / isomerase activity / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Nuclear transport factor 2 (NTF2) domain / Nuclear transport factor 2 domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE / Steroid isomerase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Garen, C.R. / Cherney, M.M. / James, M.N.G. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Rv0760c at 1.50 A resolution, a structural homolog of Delta(5)-3-ketosteroid isomerase
著者: Cherney, M.M. / Garen, C.R. / James, M.N.G.
履歴
登録2005年6月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name / _software.version
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL PROTEIN Rv0760c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3782
ポリマ－15,2561
非ポリマー1221
水3,423190
1
A: HYPOTHETICAL PROTEIN Rv0760c
ヘテロ分子

A: HYPOTHETICAL PROTEIN Rv0760c
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7564
ポリマ－30,5122
非ポリマー2442
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_545x,x-y-1,-z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area12390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.600, 55.600, 104.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Cell settingtrigonal
Space group name H-MP3212
詳細The biological assembly is a dimer generated from the monomer in the asymmetric unit by the operation: y-x,y,2/3-z

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL PROTEIN Rv0760c


分子量: 15256.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: SIMILARITY WITH PDB IDs 1BUQ, 1CQS, 1E3R, 1E3V, 1OH0 ETC. SUGGESTS THAT THIS PROTEIN IS KETOSTEROID ISOMERASE
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: Rv0760 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71817
#2: 化合物 ChemComp-NCA / NICOTINAMIDE


分子量: 122.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N2O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.28 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6 M Na, K Phosphate, 100mM Hepes buffer pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 1.68→48.17 Å / Num. all: 21399 / Num. obs: 21399 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.68→1.74 Å / 冗長度: 7.6 % / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
ELVES精密化
ELVESデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: the model was obtained from a SAD solution from the data collected on SeMet variant of the same protein.

解像度: 1.68→48.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 1.813 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.207 1076 5 %RANDOM
Rwork0.176 ---
all0.178 20320 --
obs0.178 20320 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.639 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.54 Å20.27 Å20 Å2
2--0.54 Å20 Å2
3----0.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.68→48.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1059 0 9 190 1258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0221096
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5711.9261490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4625132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74124.11851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.82715178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.906156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.2517
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2148
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.0253676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.04341083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.5518477
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.1110405
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.68→1.724 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.266 83 -
Rwork0.259 1469 -
obs--99.23 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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