[日本語] English
万見
- PDB-2ho4: Crystal Structure of Protein from Mouse Mm.236127 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ho4
タイトルCrystal Structure of Protein from Mouse Mm.236127
要素Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 2
キーワードHYDROLASE / Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 2 / Hdhd2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CENTER FOR EUKARYOTIC STRUCTURAL GENOMICS / CESG
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatase activity / enzyme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HAD hydrolase, LHPP/HDHD2 / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-hyrolase-like / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein 2 / Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain-containing protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者McCoy, J.G. / Wesenberg, G.E. / Bitto, E. / Phillips Jr., G.N. / Bingman, C.A. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Protein from Mouse Mm.236127
著者: McCoy, J.G. / WESENBERG, G.E. / BITTO, E. / PHILLIPS JR., G.N. / BINGMAN, C.A.
履歴
登録2006年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 2
B: Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,59410
ポリマ－57,9752
非ポリマー6188
水2,396133
1
A: Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2975
ポリマ－28,9881
非ポリマー3094
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2975
ポリマ－28,9881
非ポリマー3094
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.586, 68.078, 190.982
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Two monomers in the asymmetric unit (chains A & B)

-
要素

#1: タンパク質 Haloacid dehalogenase-like hydrolase domain containing 2


分子量: 28987.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hdhd2 / プラスミド: PVP 16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL834 P(RARE2) / 参照: UniProt: Q6PEB2, UniProt: Q3UGR5*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 293 K
詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML REDUCTIVELY METHYLATED PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 BisTris PH 7.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (0.3 ...詳細: PROTEIN SOLUTION (10 MG/ML REDUCTIVELY METHYLATED PROTEIN, 0.050 M SODIUM CHLORIDE, 0.003 M SODIUM AZIDE, 0.0003 M TCEP, 0.005 BisTris PH 7.0) MIXED IN A 1:1 RATIO WITH THE WELL SOLUTION (0.3 M NaH2PO4, 1.7 M K2HPO4) AND CRYOPROTECTED WITH FOMBLIN FOLLOWED BY PARATONE N, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97929
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年6月18日 / 詳細: ADJUSTABLE FOCUSING MIRRORS IN K-B GEOMETRY
放射モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMETER
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46.5 Å / Num. obs: 30718 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 13.469
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 3.344 / % possible all: 73.4

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MAD set

R cullis centric: 0 / 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 41.87 Å / Power centric: 0

IDR cullis acentricPower acentricReflection acentricReflection centric
ISO_100267123870
ANO_10.6881.558257830
Phasing MAD set shell

R cullis centric: 0 / Power centric: 0

ID解像度 (Å)R cullis acentricPower acentricReflection acentricReflection centric
ISO_19.59-41.8700257190
ISO_16.87-9.5900519191
ISO_15.64-6.8700704204
ISO_14.89-5.6400836196
ISO_14.38-4.8900967201
ISO_14-4.38001061194
ISO_13.71-4001182208
ISO_13.47-3.71001266197
ISO_13.27-3.47001349202
ISO_13.11-3.27001428189
ISO_12.96-3.11001524205
ISO_12.84-2.96001592205
ISO_12.73-2.84001648193
ISO_12.63-2.73001747205
ISO_12.54-2.63001803209
ISO_12.46-2.54001851192
ISO_12.39-2.46001901205
ISO_12.32-2.39001847186
ISO_12.26-2.32001707150
ISO_12.2-2.26001523148
ANO_19.59-41.870.4672.4922570
ANO_16.87-9.590.4312.8255190
ANO_15.64-6.870.3883.3547040
ANO_14.89-5.640.4313.048360
ANO_14.38-4.890.5062.6669660
ANO_14-4.380.5162.65510610
ANO_13.71-40.552.49811810
ANO_13.47-3.710.5312.4512660
ANO_13.27-3.470.5412.28813490
ANO_13.11-3.270.5871.99114270
ANO_12.96-3.110.6491.70215240
ANO_12.84-2.960.7391.38415920
ANO_12.73-2.840.7981.1416480
ANO_12.63-2.730.850.94917470
ANO_12.54-2.630.8990.79517960
ANO_12.46-2.540.9370.63818330
ANO_12.39-2.460.9590.49918340
ANO_12.32-2.390.9710.43716550
ANO_12.26-2.320.9850.37714170
ANO_12.2-2.260.9870.25711710
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
1-4.058-34.888-150.982SE48.181.65
2-6.415-53.362-125.385SE40.541.76
3-6.761-56.927-71.288SE46.441.66
4-3.854-42.207-0.331SE85.791.56
5-9.42-37.639-151.781SE39.741.53
6-1.226-38.68-135.828SE46.371.05
7-7.011-37.198-0.156SE60.561.39
8-1.071-10.144-128.34SE42.240.42
9-4.072-3.735-102.235SE66.751.25
10-5.609-3.585-76.774SE92.021.49
11-17.428-14.671-32.925SE55.740.13
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 30581
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
9.21-10072.80.617503
7.25-9.2166.70.868505
6.19-7.2561.60.834565
5.5-6.1960.80.858640
4.99-5.557.40.888714
4.61-4.9962.40.93748
4.3-4.6156.90.924829
4.04-4.361.50.901878
3.83-4.0460.50.905920
3.64-3.8361.80.892968
3.49-3.6462.10.8841012
3.35-3.4962.70.8781034
3.22-3.3563.10.8561093
3.11-3.2264.60.841099
3.01-3.1166.10.8361201
2.92-3.0163.50.8321174
2.83-2.9267.50.81244
2.76-2.83710.8141241
2.69-2.7669.30.791321
2.62-2.6970.30.8081309
2.56-2.6273.70.7981377
2.5-2.5673.20.7931370
2.45-2.5780.7871411
2.4-2.45790.7731464
2.35-2.479.70.7851379
2.31-2.3584.80.7731400
2.27-2.3183.70.7521276
2.2-2.27850.6861906

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
直接法5位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT2データ抽出
HKL-2000データ削減
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.2→46.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU B: 13.685 / SU ML: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.24 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1546 5.044 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.227 30651 96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 25.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.786 Å20 Å20 Å2
2--0.354 Å20 Å2
3----2.14 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3938 0 32 133 4103
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0224035
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6881.9985473
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7585503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.17924.689177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.58615717
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7821524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2635
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.21866
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.22715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2224
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1680.231
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.270.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8611.52615
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3224064
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.29131594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3234.51407
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.25 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 83 -
Rwork0.267 1566 -
obs--71.08 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る