PDB-5nel: Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nel

タイトル

Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from Bacillus cereus in complex with ThiametG

要素

Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

キーワード

HYDROLASE / CE4 domain / polysaccharide deacetylase / PgdA / Bacillus cereus

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.734 Å

データ登録者

Andreou, A. / Giastas, P. / Eliopoulos, E.E.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structures of the Peptidoglycan N-Acetylglucosamine Deacetylase Bc1974 and Its Complexes with Zinc Metalloenzyme Inhibitors.
著者: Giastas, P. / Andreou, A. / Papakyriakou, A. / Koutsioulis, D. / Balomenou, S. / Tzartos, S.J. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.E.

履歴

登録	2017年3月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nel.cif.gz	351.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nel.ent.gz	291 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nel.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/5nel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/5nel	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n1jC 5n1pC 5nc6C 5nc9C 5ncdC 5nekC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n1j-d 5ncd-d 5nc9-d 5n1p-d 5nek-d 3mq1-d 4ian-d 2iya-d 5ltk-d 6j2f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

B: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

C: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

D: Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.437, 117.975, 98.199
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.10, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase 分子量: 27884.674 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The 42 N-terminus residues were not detected in the electron density maps 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: BC_1974 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q81EJ6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

#1: タンパク質

Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase

分子量: 27884.674 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The 42 N-terminus residues were not detected in the electron density maps
由来: (組換発現)

Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: BC_1974 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q81EJ6, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

-
非ポリマー , 7種, 70分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-NHT / (3AR,5R,6S,7R,7AR)-2-(ETHYLAMINO)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D][1,3]THIAZOLE-6,7-DIOL / 1,2-(チオ(1-(エチルアミノ)メチリジンニトリロ))-1,2-ジデオキシ-α-D-グルコピラノ-ス分子量: 248.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₆N₂O₄S
#5: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#7: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM sodium citrate, 10% ethanol, 30% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.734→48.74 Å / Num. obs: 51427 / % possible obs: 89.66 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 6.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.734→48.339 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.06 / 位相誤差: 32.94

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2663	2557	4.97 %
R_work	0.2051	-	-
obs	0.2082	51427	89.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.734→48.339 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6562	0	71	59	6692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	6826
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.199	9234
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.769	2494
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	964
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1202

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.734-2.7865	0.3681	79	0.369	1526	X-RAY DIFFRACTION	51
2.7865-2.8434	0.4165	148	0.3432	2850	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8434-2.9052	0.3469	153	0.3154	2937	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9052-2.9728	0.3587	149	0.294	2779	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9728-3.0471	0.3423	148	0.2812	2854	X-RAY DIFFRACTION	94
3.0471-3.1295	0.3398	146	0.2733	2815	X-RAY DIFFRACTION	93
3.1295-3.2216	0.3134	145	0.2665	2793	X-RAY DIFFRACTION	92
3.2216-3.3255	0.3616	141	0.2621	2805	X-RAY DIFFRACTION	92
3.3255-3.4444	0.283	143	0.2272	2721	X-RAY DIFFRACTION	91
3.4444-3.5822	0.3102	150	0.2152	2722	X-RAY DIFFRACTION	89
3.5822-3.7452	0.3079	141	0.1956	2737	X-RAY DIFFRACTION	90
3.7452-3.9426	0.2512	141	0.1789	2722	X-RAY DIFFRACTION	91
3.9426-4.1895	0.2457	151	0.1676	2851	X-RAY DIFFRACTION	94
4.1895-4.5127	0.2081	151	0.151	2841	X-RAY DIFFRACTION	93
4.5127-4.9664	0.2319	143	0.1519	2805	X-RAY DIFFRACTION	92
4.9664-5.6841	0.2447	143	0.1672	2725	X-RAY DIFFRACTION	91
5.6841-7.1577	0.1951	147	0.1959	2719	X-RAY DIFFRACTION	90
7.1577-48.3464	0.2113	138	0.1859	2668	X-RAY DIFFRACTION	88

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3586	0.2201	-1.9119	3.1811	-2.0376	2.0635	0.6145	0.0633	-0.5602	-0.7443	0.3985	-0.6815	1.221	0.5942	-0.4933	0.5771	0.0305	0.0533	0.5782	-0.1835	0.5639	19.9605	-0.8788	88.3587
2	6.2865	-0.2864	-0.8199	4.4887	-1.5083	4.8574	-0.3846	1.1229	-0.8645	-0.4507	0.4092	-0.3329	1.5587	0.7192	-0.4693	0.8217	0.0944	0.0092	0.628	-0.1951	0.5929	19.8918	-6.0897	83.8846
3	6.8629	0.2366	-2.6418	4.8149	1.5035	7.5793	0.8876	0.2034	-0.388	-0.1211	0.0102	0.1401	0.8629	-0.2633	-0.793	1.1115	-0.0648	-0.2975	0.4538	-0.0149	0.5203	9.6296	-10.0204	89.1974
4	2.6001	-0.0023	-0.1272	2.7178	0.6342	6.1993	0.2845	0.1965	-0.4085	0.4179	-0.1789	0.6137	1.1937	-0.1724	-0.2167	0.4971	-0.0329	-0.1323	0.3913	-0.0741	0.5307	11.4596	0.5183	100.7505
5	3.4163	3.0163	0.8809	5.4953	1.6479	0.4769	0.3324	-0.2431	-0.5211	-0.4925	0.2112	-0.0032	0.9895	-0.1377	-0.5052	1.0118	-0.0812	-0.224	0.4238	0.0203	0.6021	12.8285	-7.2387	101.6832
6	3.4172	-0.8712	1.2514	4.7717	-0.3041	3.4621	0.3896	-0.2886	-0.1644	-0.543	0.1911	0.0247	0.7849	0.0658	-0.5433	0.4543	-0.0134	-0.1009	0.3118	0.0208	0.5586	17.688	4.5377	110.3775
7	2.174	-1.292	1.4528	0.8374	-0.9289	1.6751	0.476	0.4151	0.0678	-0.1107	-0.0181	0.3041	0.1803	0.7296	-0.4826	0.6099	-0.0137	-0.029	0.4786	-0.1211	0.6198	19.4234	7.3239	92.1787
8	6.1296	-2.7566	1.2467	7.4766	-0.2375	7.8747	-0.0675	0.5841	-0.014	-1.4572	0.3288	-0.2015	-1.1473	1.6624	0.2084	1.153	-0.0819	0.1164	0.7745	-0.0338	0.5975	23.9349	10.7156	79.6369
9	2.0771	-0.9607	3.377	4.8415	-0.7059	5.8196	0.766	0.5879	0.0372	-0.6621	-0.2346	-0.5687	-0.8036	0.8505	-0.6363	0.7069	0.0639	0.1372	0.6813	-0.132	0.6771	25.0616	4.6116	89.7164
10	1.702	0.1399	1.3618	2.1926	-1.0741	1.7367	0.3533	-0.8622	0.5238	-1.2264	0.1412	-0.6519	0.4446	1.3989	-0.5077	0.9394	-0.046	0.1631	1.0828	-0.2422	0.5961	25.2525	2.9179	79.5195
11	8.1934	-0.2283	-5.2265	1.2432	2.6069	8.2121	-0.0082	1.3667	-0.9873	0.6094	1.2719	-1.0161	1.4769	2.004	-0.4843	0.8797	0.1292	-0.1164	1.2671	-0.5919	1.1497	30.3268	-6.1479	92.8129
12	0.5277	0.3311	-1.7094	2.076	-1.3593	5.4284	0.506	-0.0614	-1.4976	0.3608	-0.2233	-0.6011	1.324	1.3314	-0.1694	0.5855	0.1554	-0.2328	0.5195	-0.2226	0.9497	27.026	2.5645	106.3657
13	3.4025	2.2478	1.1809	5.9516	1.6109	5.4259	0.218	0.1491	-0.2316	0.3848	0.2295	-0.7288	0.979	0.4864	-0.4716	0.7955	0.1606	-0.2225	0.5754	-0.0342	0.5922	33.3336	6.3459	129.0238
14	3.0576	1.1486	0.0632	4.6284	0.5288	3.7565	0.1252	-0.1553	-0.426	0.8499	0.2837	0.1013	0.7031	-0.0107	-0.2572	0.7879	0.031	-0.0962	0.4043	0.0842	0.4215	22.0177	6.4511	135.6436
15	2.2691	0.9026	-0.1506	3.5252	0.0657	1.439	0.1318	-0.3788	0.0645	1.194	0.1378	0.0786	0.5785	-0.1808	-0.25	0.9153	0.0056	-0.1093	0.4288	0.0719	0.5042	21.3407	14.2498	141.7601
16	2.3357	0.6168	-0.7524	3.7643	-0.2154	4.5075	0.1812	-0.0883	-0.1921	0.7062	0.1557	-0.7301	0.0647	0.8251	-0.3987	0.5256	-0.0003	-0.1643	0.4513	-0.0843	0.6164	33.0277	16.1182	128.8765
17	6.533	0.1017	-3.6457	4.3118	0.185	6.0791	0.0985	-0.3423	-0.2038	1.4616	0.2803	-1.1158	-0.785	0.7706	-0.0005	0.9122	0.2195	-0.361	0.6597	-0.1676	0.8306	36.1566	42.7676	141.7631
18	1.8459	-0.2881	-1.5828	2.4655	-1.156	3.7146	-0.0467	-1.189	0.9036	0.558	0.2081	-1.0304	-0.7047	0.8431	-0.1365	0.944	-0.0763	-0.3583	0.8614	-0.202	0.9293	38.5979	48.1511	145.4304
19	8.4816	0.9176	2.2734	1.3991	1.3315	1.4963	-0.3845	-1.0389	-0.1583	0.0478	0.472	-0.5636	-0.1591	0.1678	-0.0475	1.3676	0.0817	-0.2301	0.6155	-0.1286	0.6	27.1216	52.0966	146.6541
20	2.5098	0.4019	1.2479	3.6057	-1.0535	2.5163	-0.0901	0.0945	0.5604	1.5208	0.0664	0.1236	-0.4889	-0.0515	0.1066	0.5515	-0.1042	0.1381	0.6731	-0.1325	0.4599	22.3377	41.5289	136.0248
21	2.078	-2.1714	-1.4124	7.0896	2.8424	2.3137	-0.3831	-0.1725	0.5135	-0.2855	0.5567	-0.3859	-1.2029	-0.3456	-0.1229	1.1151	0.0325	-0.1399	0.4543	-0.0656	0.4401	23.0257	49.2262	134.4619
22	3.0281	0.2094	-1.5496	1.9556	1.1116	1.4632	-0.4109	0.0691	-0.0778	-0.4173	0.1007	0.0762	-0.2896	0.1309	0.3002	0.8403	0.0085	-0.0683	0.3216	-0.0001	0.3503	22.1555	37.7066	124.6214
23	3.579	-1.6009	1.0236	2.6991	-1.8827	1.3175	-0.8183	-0.1287	-0.0345	1.6872	0.4768	-0.48	-0.9251	0.0462	0.2269	1.1243	0.0007	-0.0846	0.517	-0.1018	0.6578	33.8338	34.1676	139.6231
24	4.3006	0.8823	2.8467	4.2884	-2.9295	6.6839	0.4812	0.8358	-0.68	1.6999	0.2505	-1.7678	0.68	1.8191	-0.6175	1.3937	0.1853	-0.7459	0.8189	-0.2364	1.3187	44.1245	31.1979	146.8171
25	5.7122	-0.4887	-2.0312	6.6895	-0.1994	7.691	0.147	0.2192	-1.042	0.8546	0.0673	-1.7379	0.5982	1.0267	-0.4452	0.7818	0.0697	-0.2515	0.8276	-0.2974	0.8813	39.8185	37.1218	137.5797
26	0.3709	-1.3238	-0.1517	4.497	0.8967	6.0801	-0.0315	-0.6433	0.7358	0.6791	-0.1092	-1.3088	-0.2072	0.8543	0.319	0.9458	0.0907	-0.4486	1.0752	-0.2594	1.151	46.1932	39.2881	145.549
27	3.8097	-0.9189	0.2256	2.6748	0.6929	0.5849	-0.4807	0.6915	0.7652	-1.0384	0.5581	-1.1106	-0.6563	1.1591	-0.2133	0.8961	-0.2195	0.158	0.656	-0.1716	0.667	36.8407	43.4944	127.1011
28	0.8539	-0.9238	1.8708	5.875	0.2631	4.5944	-0.2382	0.1337	0.0228	-0.5246	0.1487	-0.4859	-0.9518	0.7654	0.268	0.7529	-0.2428	0.0044	0.5211	-0.0162	0.4902	23.6819	35.4012	99.8765
29	9.0695	1.7327	-6.0025	2.7226	-0.7863	6.1302	0.1734	0.2212	1.2004	-0.1375	-0.0231	0.379	-1.7528	-0.0363	-0.4884	1.2451	-0.0727	-0.2406	0.4154	0.0717	0.6247	14.0242	43.7925	101.9587
30	3.8961	-0.0519	-0.1406	6.9787	-0.5906	4.1441	-0.246	-0.0809	-1.1888	-1.3753	0.1714	1.3822	-0.5075	-0.1824	0.0659	0.4026	0.0384	0.0169	0.4926	0.0494	0.4907	6.8472	29.8488	102.2654
31	0.3154	-1.1441	0.4098	3.6597	-1.3443	0.5837	-0.1055	-0.0617	0.4169	-0.5344	-0.2957	0.1315	-0.7504	-0.1646	0.2315	0.938	0.0783	-0.226	0.4079	0.0219	0.613	6.3952	34.9744	96.1383
32	4.6474	-0.242	1.0318	0.756	2.147	9.1649	-0.0582	0.2092	-0.4827	0.0121	0.3967	0.8937	-0.4343	-0.2602	-0.1798	0.5182	0.0081	0.0463	0.3727	0.0548	0.498	3.2666	20.2282	96.396
33	2.2202	0.3439	0.3031	1.9221	1.8176	4.5032	-0.0277	-0.0007	0.1565	0.2665	-0.1919	0.503	-0.0399	0.2706	0.1625	0.3733	-0.0692	0.1139	0.3192	0.0711	0.5136	19.321	24.4711	105.6366
34	1.3054	-0.5515	0.8173	1.7502	0.6259	3.9543	-0.0816	0.5227	-0.369	-0.1899	0.0838	-0.8112	-0.9257	0.4569	-0.0376	0.4204	-0.1422	0.1678	0.5609	-0.1165	0.488	29.281	26.7642	104.0423
35	4.0087	-0.1678	0.9404	2.3811	1.2711	2.1166	-0.4421	1.2766	-0.0418	-0.6503	0.0785	0.1287	-1.0839	0.9634	0.0806	1.037	-0.13	0.1245	0.7986	0.0039	0.5821	23.6659	30.1723	88.9812
36	3.234	-0.0611	0.9432	0.5268	1.0845	2.9746	-0.0476	0.6831	0.0799	0.3068	-0.1244	-0.0386	-0.8715	0.4561	0.2421	0.7881	-0.1464	-0.1412	0.4092	-0.0462	0.5626	11.898	18.6599	90.8957

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 69 through 82 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 83 through 102 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 103 through 118 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 119 through 140 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 141 through 166 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 167 through 183 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 184 through 204 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 205 through 218 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 219 through 233 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 234 through 249 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 250 through 261 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 262 through 273 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 68 through 93 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 94 through 140 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 141 through 196 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 197 through 273 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 69 through 82 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 83 through 102 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 103 through 118 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 119 through 140 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 141 through 166 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'C' and (resid 167 through 184 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'C' and (resid 185 through 204 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'C' and (resid 205 through 218 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'C' and (resid 219 through 233 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'C' and (resid 234 through 250 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'C' and (resid 251 through 273 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 68 through 102 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 103 through 118 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 119 through 140 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'D' and (resid 141 through 166 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'D' and (resid 167 through 184 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'D' and (resid 185 through 204 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 205 through 250 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 251 through 261 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 262 through 273 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 7種, 70分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 7種, 70分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 7種, 70分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)