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Yorodumi- PDB-5nel: Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from B... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5nel | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from Bacillus cereus in complex with ThiametG | ||||||
Components | Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / CE4 domain / polysaccharide deacetylase / PgdA / Bacillus cereus | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpeptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.734 Å | ||||||
Authors | Andreou, A. / Giastas, P. / Eliopoulos, E.E. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2018Title: Structures of the Peptidoglycan N-Acetylglucosamine Deacetylase Bc1974 and Its Complexes with Zinc Metalloenzyme Inhibitors. Authors: Giastas, P. / Andreou, A. / Papakyriakou, A. / Koutsioulis, D. / Balomenou, S. / Tzartos, S.J. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.E. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5nel.cif.gz | 351.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5nel.ent.gz | 291 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5nel.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5nel_validation.pdf.gz | 523.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5nel_full_validation.pdf.gz | 541.2 KB | Display | |
| Data in XML | 5nel_validation.xml.gz | 33.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 5nel_validation.cif.gz | 44.6 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/5nel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/5nel | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5n1jC ![]() 5n1pC ![]() 5nc6C ![]() 5nc9C ![]() 5ncdC ![]() 5nekC C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 27884.674 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The 42 N-terminus residues were not detected in the electron density maps Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q81EJ6, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides |
|---|
-Non-polymers , 7 types, 70 molecules 












| #2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PGE / | #6: Chemical | ChemComp-EDO / | #7: Chemical | ChemComp-CIT / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 100 mM sodium citrate, 10% ethanol, 30% PEG 4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.734→48.74 Å / Num. obs: 51427 / % possible obs: 89.66 % / Redundancy: 3.8 % / Net I/σ(I): 6.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.734→48.339 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.06 / Phase error: 32.94
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.734→48.339 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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