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Yorodumi- PDB-5nel: Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from B... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nel | ||||||
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Title | Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from Bacillus cereus in complex with ThiametG | ||||||
Components | Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / CE4 domain / polysaccharide deacetylase / PgdA / Bacillus cereus | ||||||
Function / homology | Function and homology information peptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus cereus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.734 Å | ||||||
Authors | Andreou, A. / Giastas, P. / Eliopoulos, E.E. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2018 Title: Structures of the Peptidoglycan N-Acetylglucosamine Deacetylase Bc1974 and Its Complexes with Zinc Metalloenzyme Inhibitors. Authors: Giastas, P. / Andreou, A. / Papakyriakou, A. / Koutsioulis, D. / Balomenou, S. / Tzartos, S.J. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nel.cif.gz | 351.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nel.ent.gz | 291 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nel.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5nel_validation.pdf.gz | 523.1 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5nel_full_validation.pdf.gz | 541.2 KB | Display | |
Data in XML | 5nel_validation.xml.gz | 33.1 KB | Display | |
Data in CIF | 5nel_validation.cif.gz | 44.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/5nel ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ne/5nel | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5n1jC 5n1pC 5nc6C 5nc9C 5ncdC 5nekC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 27884.674 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The 42 N-terminus residues were not detected in the electron density maps Source: (gene. exp.) Bacillus cereus (bacteria) / Gene: BC_1974 / Production host: Escherichia coli (E. coli) References: UniProt: Q81EJ6, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides |
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-Non-polymers , 7 types, 70 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PGE / | #6: Chemical | ChemComp-EDO / | #7: Chemical | ChemComp-CIT / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.51 Å3/Da / Density % sol: 51 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / Details: 100 mM sodium citrate, 10% ethanol, 30% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.734→48.74 Å / Num. obs: 51427 / % possible obs: 89.66 % / Redundancy: 3.8 % / Net I/σ(I): 6.3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.734→48.339 Å / SU ML: 0.46 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.06 / Phase error: 32.94
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.734→48.339 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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