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- PDB-5ncd: Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from B... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ncd | ||||||
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Title | Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from Bacillus cereus in complex with (2S)-2-amino-5-(diaminomethylideneamino)-N-hydroxypentanamide | ||||||
![]() | Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / CE4 domain / polysaccharide deacetylase / PgdA / Bacillus cereus / hydroxamate ligand | ||||||
Function / homology | ![]() peptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / membrane / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Giastas, P. / Andreou, A. / Eliopoulos, E.E. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of the Peptidoglycan N-Acetylglucosamine Deacetylase Bc1974 and Its Complexes with Zinc Metalloenzyme Inhibitors. Authors: Giastas, P. / Andreou, A. / Papakyriakou, A. / Koutsioulis, D. / Balomenou, S. / Tzartos, S.J. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 348.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 289.3 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 512.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 33 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 45.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5n1jC ![]() 5n1pC ![]() 5nc6C ![]() 5nc9C ![]() 5nekC ![]() 5nelC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 27884.674 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: AT268_30040, B4155_0776, TQ94_03800, TU58_19865, WR51_09920, WR52_09510 Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 5 types, 154 molecules ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/AHL.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/AHL.gif)
![](data/chem/img/CIT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-AHL / | #5: Chemical | ChemComp-CIT / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.59 Å3/Da / Density % sol: 52.43 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 / Details: 100 mM Na citrate, 10% ethanol, 30% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.447→48.484 Å / Num. obs: 80836 / % possible obs: 99.48 % / Redundancy: 6.1 % / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 2.45→2.54 Å / Num. unique obs: 4057 / % possible all: 96.28 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.447→48.484 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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