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Yorodumi- PDB-5n1j: Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from B... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5n1j | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from Bacillus cereus | ||||||
Components | Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / CE4 fold / polysaccharide deacetylase / Bacillus cereus / PgdA | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpeptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | ||||||
Authors | Giastas, P. / Andreou, A. / Balomenou, S. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.E. | ||||||
| Funding support | Greece, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2018Title: Structures of the Peptidoglycan N-Acetylglucosamine Deacetylase Bc1974 and Its Complexes with Zinc Metalloenzyme Inhibitors. Authors: Giastas, P. / Andreou, A. / Papakyriakou, A. / Koutsioulis, D. / Balomenou, S. / Tzartos, S.J. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.E. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5n1j.cif.gz | 357 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5n1j.ent.gz | 292.6 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5n1j.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/5n1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/5n1j | HTTPS FTP |
|---|
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5n1pC ![]() 5nc6C ![]() 5nc9C ![]() 5ncdC ![]() 5nekC ![]() 5nelC ![]() 2c1gS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 |
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 23407.607 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: We determined the residues 67-273. Each chain contains the zinc ion coordinating a conserved His-His-Asp motif. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q81EJ6, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides #2: Chemical | ChemComp-ZN / ![]() Source method: isolated from a genetically manipulated source Formula: Zn Details: We determined the residues 67-273. Each chain contains the zinc ion coordinating a conserved His-His-Asp motif. Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #3: Chemical | ChemComp-ACT / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.07 Å3/Da / Density % sol: 59.99 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 290 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 / Details: 100 mM Sodium citrate, 10% ethanol, 30% PEG 4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Feb 26, 2012 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.8→48.65 Å / Num. obs: 104340 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2.1 / Redundancy: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 25.1 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 2.43 |
| Reflection shell | Resolution: 1.8→1.87 Å / Redundancy: 6.5 % / Num. unique obs: 10932 / CC1/2: 0.8 / Rsym value: 0.89 / % possible all: 99.9 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 2C1G Resolution: 1.8→45.266 Å / SU ML: 0.2 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 22.96
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→45.266 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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X-RAY DIFFRACTION
Greece, 1items
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