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- PDB-5nc9: Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from B... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nc9 | ||||||
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Title | Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from Bacillus cereus in complex with (2S)-2,6-diamino-N-hydroxyhexanamide | ||||||
![]() | Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase | ||||||
![]() | HYDROLASE / CE4 domain / polysaccharide deacetylase / PgdA / Bacillus cereus / hydroxamate ligand | ||||||
Function / homology | ![]() peptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Giastas, P. / Andreou, A. / Eliopoulos, E.E. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of the Peptidoglycan N-Acetylglucosamine Deacetylase Bc1974 and Its Complexes with Zinc Metalloenzyme Inhibitors. Authors: Giastas, P. / Andreou, A. / Papakyriakou, A. / Koutsioulis, D. / Balomenou, S. / Tzartos, S.J. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.E. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 351.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 291.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5n1jC ![]() 5n1pC ![]() 5nc6C ![]() 5ncdC ![]() 5nekC ![]() 5nelC C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 27884.674 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q81EJ6, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides |
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-Non-polymers , 6 types, 113 molecules 










#2: Chemical | ChemComp-8SZ / ( #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-CIT / | #5: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Chemical | ChemComp-PGE / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.54 Å3/Da / Density % sol: 51.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 / Details: 100 mM Na citrate, 10% ethanol, 30% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.44→48.61 Å / Num. obs: 41046 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 45.71 Å2 / Net I/σ(I): 8.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.44→2.53 Å / Num. unique obs: 3720 / % possible all: 89.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.44→48.61 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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