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Yorodumi- PDB-5n1p: Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from B... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5n1p | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from Bacillus cereus in complex with N-hydroxynaphthalene-1-carboxamide | ||||||
Components | Peptidoglycan N-acetylglucosamine deacetylase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / CE4 domain / polysaccharide deacetylase / PgdA / Bacillus cereus | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationpeptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.448 Å | ||||||
Authors | Giastas, P. / Andreou, A. / Eliopoulos, E.E. | ||||||
| Funding support | Greece, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2018Title: Structures of the Peptidoglycan N-Acetylglucosamine Deacetylase Bc1974 and Its Complexes with Zinc Metalloenzyme Inhibitors. Authors: Giastas, P. / Andreou, A. / Papakyriakou, A. / Koutsioulis, D. / Balomenou, S. / Tzartos, S.J. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.E. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5n1p.cif.gz | 355.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5n1p.ent.gz | 290.4 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5n1p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5n1p_validation.pdf.gz | 484 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5n1p_full_validation.pdf.gz | 487.2 KB | Display | |
| Data in XML | 5n1p_validation.xml.gz | 37.2 KB | Display | |
| Data in CIF | 5n1p_validation.cif.gz | 54.1 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/5n1p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n1/5n1p | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 5n1jC ![]() 5nc6C ![]() 5nc9C ![]() 5ncdC ![]() 5nekC ![]() 5nelC C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
| #1: Protein | Mass: 23407.607 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q81EJ6, Hydrolases; Acting on carbon-nitrogen bonds, other than peptide bonds; In linear amides |
|---|
-Non-polymers , 6 types, 634 molecules 










| #2: Chemical | ChemComp-8GK / ~{ #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-EDO / | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-PGE / | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.25 Å3/Da / Density % sol: 45.32 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: 100 mM sodium citrate pH 5.6, 10% ethanol, 30% PEG 4000 |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.448→48.445 Å / Num. obs: 149666 / % possible obs: 98.93 % / Redundancy: 5.1 % / Net I/σ(I): 1 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.448→48.445 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3 / Phase error: 20.03
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.448→48.445 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
About Yorodumi




X-RAY DIFFRACTION
Greece, 1items
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