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Yorodumi- PDB-5nc6: Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from B... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nc6 | ||||||
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Title | Crystal structure of the polysaccharide deacetylase Bc1974 from Bacillus cereus in complex with (E)-N-hydroxy-3-(naphthalen-1-yl)prop-2-enamide | ||||||
Components | (Peptidoglycan N-acetylglucosamine ...) x 2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / CE4 fold / polysaccharide deacetylase / Bacillus cereus / PgdA / hydroxamate ligand | ||||||
Function / homology | Function and homology information peptidoglycan-N-acetylglucosamine deacetylase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds / carbohydrate metabolic process / membrane / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus cereus (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Giastas, P. / Andreou, A. / Balomenou, S. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.E. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2018 Title: Structures of the Peptidoglycan N-Acetylglucosamine Deacetylase Bc1974 and Its Complexes with Zinc Metalloenzyme Inhibitors. Authors: Giastas, P. / Andreou, A. / Papakyriakou, A. / Koutsioulis, D. / Balomenou, S. / Tzartos, S.J. / Bouriotis, V. / Eliopoulos, E.E. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nc6.cif.gz | 353.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5nc6.ent.gz | 290.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nc6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5nc6 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5n1jC 5n1pC 5nc9C 5ncdC 5nekC 5nelC C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Peptidoglycan N-acetylglucosamine ... , 2 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 23250.412 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Residues of the N-terminus were not detected / Source: (gene. exp.) Bacillus cereus (bacteria) Gene: AT268_30040, B4155_0776, TQ94_03800, TU58_19865, WR51_09920, WR52_09510 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0A3VTA3, UniProt: Q81EJ6*PLUS |
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#2: Protein | Mass: 30719.252 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus cereus (bacteria) Gene: AT268_30040, B4155_0776, TQ94_03800, TU58_19865, WR51_09920, WR52_09510 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A0A3VTA3, UniProt: Q81EJ6*PLUS |
-Non-polymers , 6 types, 98 molecules
#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ZN / #5: Chemical | ChemComp-EDO / | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-PGE / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3 Å3/Da / Density % sol: 58.95 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 / Details: 100 mM Na citrate, 10% ethanol, 30% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SLS / Beamline: X06DA / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 14, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→47.35 Å / Num. obs: 52715 / % possible obs: 99.46 % / Redundancy: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 49.47 Å2 / Net I/σ(I): 1.2 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.9 Å / Redundancy: 4.2 % / Num. unique obs: 2630 / % possible all: 95.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8→47.346 Å / SU ML: 0.59 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.95 / Phase error: 33.85
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→47.346 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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