PDB-5ncf: ENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-[ProM-2]-[ProM-4]-OH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ncf

タイトル

ENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-[ProM-2]-[ProM-4]-OH

要素

Protein enabled homolog

キーワード

CELL ADHESION / proline-rich motif / Ena/VASP inhibitor / actin / protein-protein interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

postsynaptic cytoskeleton organization / actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / WW domain binding / Generation of second messenger molecules / axon guidance / filopodium / GABA-ergic synapse ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Barone, M. / Roske, Y.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Designed nanomolar small-molecule inhibitors of Ena/VASP EVH1 interaction impair invasion and extravasation of breast cancer cells.
著者: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, ...

履歴

登録	2017年3月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年10月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ncf.cif.gz	148.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ncf.ent.gz	120.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ncf_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ncf_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5ncf_validation.xml.gz	14.6 KB	表示
CIF形式データ	5ncf_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5ncf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nc/5ncf	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5n91C 5n9cSC 5n9pC 5najC 5nbfC 5nbxC 5nc2C 5nc7C 5ncgC 5ncpC 5nd0C 5nduC 5negC 6rcfC 6rcjC 6rd2C 6xvtC 6xxrC 7a5mC 7akiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ndu-1 5ndu-2 5n91-1 1evh-d 6xxr-1 5nbx-2 3mdp-d 4my6-2 3fq6-1 5naj-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#19 - 2001年7月
アクチン (Actin)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein enabled homolog

B: Protein enabled homolog

ヘテロ分子

27.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein enabled homolog

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: Tetramerization of Ena/VASP is mediated by EVH2 domain (Bachmann1999)
13.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein enabled homolog

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.715, 43.364, 44.181
Angle α, β, γ (deg.)	60.97, 84.19, 84.16
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Protein enabled homolog 分子量: 12628.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENAH, MENA / プラスミド: pGEX-4T-1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8N8S7

-
非ポリマー , 5種, 201分子

#2: 化合物	ChemComp-8T5 / (1~{S},4~{S},7~{R},10~{R})-14-[(3~{S},6~{R},8~{a}~{S})-1'-[(2~{S})-2-acetamido-3-(2-chlorophenyl)propanoyl]-5-oxidanylidene-spiro[1,2,3,8~{a}-tetrahydroindolizine-6,2'-pyrrolidine]-3-yl]carbonyl-2-oxidanylidene-3,14-diazatricyclo[8.4.0.0^{3,7}]tetradec-8-ene-4-carboxylic acid 分子量: 692.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₆H₄₂ClN₅O₇
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.9M ammonium sulfate, 200mM ammonium nitrate / Temp details: plate hotel

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→38.56 Å / Num. obs: 41864 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 2.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 10.39
反射シェル	解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 2.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.12 / Num. unique obs: 6668 / CC_1/2: 0.602 / R_rim(I) all: 0.995 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N9C

5n9c

解像度: 1.4→38.56 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 10.43 / 位相誤差: 35.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2575	2195	5.24 %
R_work	0.2188	-	-
obs	0.2753	41862	94.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→38.56 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1756	0	134	192	2082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2016
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.156	2747
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.915	904
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	282
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	360

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3998-1.4324	0.4014	136	0.3449	2576	X-RAY DIFFRACTION	88
1.4324-1.4682	0.3177	138	0.3247	2623	X-RAY DIFFRACTION	89
1.4682-1.5079	0.348	139	0.3213	2642	X-RAY DIFFRACTION	89
1.5079-1.5522	0.3058	138	0.3015	2616	X-RAY DIFFRACTION	89
1.5522-1.6024	0.3263	139	0.2928	2640	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6024-1.6596	0.2838	140	0.2859	2660	X-RAY DIFFRACTION	90
1.6596-1.7261	0.3011	139	0.2793	2638	X-RAY DIFFRACTION	90
1.7261-1.8046	0.2923	139	0.2779	2655	X-RAY DIFFRACTION	91
1.8046-1.8998	0.2963	140	0.2776	2651	X-RAY DIFFRACTION	90
1.8998-2.0188	0.2844	142	0.2709	2693	X-RAY DIFFRACTION	91
2.0188-2.1746	0.3123	140	0.2692	2672	X-RAY DIFFRACTION	91
2.1746-2.3935	0.2979	139	0.265	2641	X-RAY DIFFRACTION	91
2.3935-2.7397	0.2808	143	0.2575	2702	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7397-3.4514	0.2866	141	0.2443	2688	X-RAY DIFFRACTION	91
3.4514-37.859	0.3512	141	0.2782	2670	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.009	0.0023	0.0043	0.0045	-0.0006	0.0025	0.0046	0.0066	0.0109	-0.0014	-0.0007	-0.0014	-0.0052	-0.0065	-0.0478	0.0531	0.0104	0.0232	0.1469	0.0727	0.1784	1.6637	37.5809	-10.8172
2	0.0041	0.0017	0.005	0.0007	0.002	0.0062	-0.0012	0.0051	-0.0089	-0.0001	-0.0005	0.0093	0.0003	-0.0053	-0.0033	0.0629	0.0131	0.0063	0.1574	0.0793	0.1831	3.101	17.9907	-6.7688
3	0.0102	-0.0091	-0.0033	0.0081	0.0028	0.001	0.002	-0.0071	0.0275	-0.0013	0.0016	-0.0091	-0.0043	-0.0068	0.0271	0.0504	0.0067	0.0203	0.1501	0.0733	0.1927	1.3628	39.2322	-9.388
4	0.0648	-0.0193	-0.0277	0.0074	0.0133	0.0275	0.0069	0.0047	0.0101	-0.0043	0.0093	0.0039	-0.0042	-0.012	0.0356	0.053	0.0052	0.0114	0.1734	0.0705	0.1995	-5.188	34.9233	-8.4906
5	0.0266	0.013	0.0202	0.0175	0.0295	0.0491	-0.0021	-0.0083	0.0027	-0.0017	-0.0107	-0.0025	0.0032	0.002	-0.0244	0.0624	0.02	0.02	0.1883	0.0601	0.2159	13.8275	32.0235	-13.0432
6	0.015	0.0007	0.0004	-0	0.0018	0.0226	-0.0071	-0.0018	-0.0223	0.003	-0.0054	-0.0088	0.0054	-0.0023	0.0024	0.06	0.0121	0.0267	0.1683	0.0885	0.1763	7.4844	28.7166	-10.5258
7	0.0033	-0.001	-0.0021	0.0011	-0.0001	0.0022	0.0009	0.0043	0.0065	-0.0009	-0.0059	-0.0016	-0.0024	-0.0013	0.0229	0.0437	0.0033	0.0026	0.161	0.0795	0.1614	11.4635	39.006	-17.7693
8	0.0123	0.0009	0.0169	0.0258	-0.0152	0.0341	0.002	0.0008	0.0175	0.0049	-0.004	0.0016	-0.0117	0.0008	-0.0159	0.0993	0.009	0.0574	0.2295	0.0399	0.2793	-10.4793	51.0151	-19.5644
9	0.0294	0.0011	-0.0015	0.007	0.0046	0.0096	-0.0085	0.008	-0.0054	0.0007	0.007	-0.0038	0.0029	0.0006	0.0057	0.0648	0.027	0.0265	0.1846	0.0723	0.1605	-8.6302	40.8425	-36.816
10	0.0002	-0.0003	-0.0003	0.0073	0.0068	0.0064	-0.0013	0.0084	-0.0049	-0.0002	0.0075	-0.0074	0.0047	0.0089	-0.0037	0.0942	0.018	0.0078	0.2607	0.1152	0.1989	-10.3079	40.8078	-46.9274
11	0.0766	-0.0128	-0.0174	0.04	0.0255	0.0331	0.0051	-0.0049	0.0469	-0.0025	-0.0101	0.0145	-0.0038	-0.0015	-0.044	0.0773	0.0274	0.0317	0.1939	0.0938	0.2055	-6.5425	46.4892	-28.1527
12	0.0336	-0.0155	-0.0165	0.0226	0.0166	0.0133	0.0065	-0.0026	0.0252	0.005	0.009	0.0058	-0.0134	0.0026	-0.0284	0.0662	0.0268	0.0419	0.1552	0.0446	0.1976	-11.5188	53.7225	-25.5402
13	0.0004	-0.0006	0.0006	0.019	0.0078	0.0195	-0.0029	-0.0125	0.029	-0.0055	0.0234	-0.0139	-0.0019	0.0038	0.058	0.0608	0.0198	0.0277	0.227	0.0968	0.2022	-11.434	44.7703	-31.4614
14	0.0135	-0.0158	0.0088	0.0191	-0.0122	0.0093	0.0065	-0.0116	0.0127	-0.0016	0.0103	0.0033	-0.0069	-0.0203	0.0156	0.0742	0.0361	0.0328	0.2656	0.1278	0.1872	-16.7004	43.0268	-29.6473

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 25 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 26 through 52 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 53 through 63 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 64 through 76 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 77 through 93 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 94 through 111 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 8 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 9 through 17 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 18 through 25 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 26 through 40 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 41 through 52 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 53 through 76 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 77 through 111 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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