PDB-5nbx: ENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-PP-[ProM-9]-OH

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5nbx

タイトル

ENAH EVH1 in complex with Ac-[2-Cl-F]-PP-[ProM-9]-OH

要素

ACY-2L5-PRO-PRO-8SN
Protein enabled homolog

キーワード

CELL ADHESION / proline-rich motif / Ena/VASP inhibitor / actin / protein-protein interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

postsynaptic cytoskeleton organization / actin polymerization-dependent cell motility / profilin binding / Signaling by ROBO receptors / actin polymerization or depolymerization / WW domain binding / Generation of second messenger molecules / axon guidance / filopodium / GABA-ergic synapse ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Barone, M. / Roske, Y.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Designed nanomolar small-molecule inhibitors of Ena/VASP EVH1 interaction impair invasion and extravasation of breast cancer cells.
著者: Barone, M. / Muller, M. / Chiha, S. / Ren, J. / Albat, D. / Soicke, A. / Dohmen, S. / Klein, M. / Bruns, J. / van Dinther, M. / Opitz, R. / Lindemann, P. / Beerbaum, M. / Motzny, K. / Roske, ...

履歴

登録	2017年3月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年3月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月25日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.2	2022年10月26日	Group: Advisory / Database references カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 2.1	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5nbx.cif.gz	152 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5nbx.ent.gz	122.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5nbx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5nbx_validation.pdf.gz	443.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5nbx_full_validation.pdf.gz	443.4 KB	表示
XML形式データ	5nbx_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	5nbx_validation.cif.gz	19.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/5nbx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nb/5nbx	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5n91C 5n9cSC 5n9pC 5najC 5nbfC 5nc2C 5nc7C 5ncfC 5ncgC 5ncpC 5nd0C 5nduC 5negC 6rcfC 6rcjC 6rd2C 6xvtC 6xxrC 7a5mC 7akiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (1) #214 - 2017年10月キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors) 類似性 (1) #247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #169 - 2014年1月 HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#19 - 2001年7月
アクチン (Actin)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (1)
#214 - 2017年10月
キメラ抗原受容体 (Chimeric Antigen Receptors)
類似性 (1)
#247 - 2020年7月
ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein)
類似性 (1)
#169 - 2014年1月
HIV外被糖タンパク質 (HIV Envelope Glycoprotein)
類似性 (1)
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組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein enabled homolog

B: Protein enabled homolog

C: ACY-2L5-PRO-PRO-8SN

D: ACY-2L5-PRO-PRO-8SN

ヘテロ分子

26.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein enabled homolog

C: ACY-2L5-PRO-PRO-8SN

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: Tetramerization of Ena/VASP is mediated by EVH2 domain (Bachmann1999)
13.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein enabled homolog

D: ACY-2L5-PRO-PRO-8SN

登録者が定義した集合体
13.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.214, 131.615, 35.704
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-201- BR
2	1	A-390- HOH
3	1	B-378- HOH
4	1	B-389- HOH

#1: タンパク質	Protein enabled homolog 分子量: 12628.273 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ENAH, MENA / プラスミド: pGEX-4T-1 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q8N8S7
#2: タンパク質・ペプチド	ACY-2L5-PRO-PRO-8SN 分子量: 652.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 41 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 300mM potassium bromide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→45 Å / Num. obs: 25469 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.086 / Net I/σ(I): 12.73
反射シェル	解像度: 1.65→1.75 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.58 / Num. unique all: 3536 / Num. unique obs: 3505 / CC_1/2: 0.607 / R_rim(I) all: 0.746 / % possible all: 85.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5N9C

5n9c

解像度: 1.65→32.19 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.06

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1953	1274	5 %
R_work	0.1665	-	-
obs	0.168	25465	97.36 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→32.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1745	0	95	228	2068

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	1940
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.256	2643
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.002	1281
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	277
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	346

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6499-1.716	0.2687	118	0.3078	2232	X-RAY DIFFRACTION	82
1.716-1.7941	0.3073	135	0.2426	2578	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7941-1.8887	0.2445	143	0.1996	2716	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8887-2.007	0.2007	143	0.1788	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
2.007-2.1619	0.1789	144	0.1573	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1619-2.3794	0.211	146	0.1481	2769	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3794-2.7236	0.1907	144	0.1588	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7236-3.4308	0.1702	147	0.1516	2780	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4308-32.1964	0.1802	154	0.1559	2924	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2051	0.1764	-0.0024	0.2504	-0.2853	0.8528	0.0856	-0.2983	-0.0011	-0.0125	-0.0387	0.0553	0.0151	0.0459	0.0001	0.111	-0.0156	-0.0003	0.1552	-0.0066	0.1051	-9.5094	-11.6123	13.2398
2	0.215	-0.3283	0.0153	0.5476	-0.0527	0.0115	-0.0459	-0.0573	0.1168	-0.0107	0.2848	0.2767	-0.065	-0.9999	0.147	0.1427	-0.0213	0.0044	0.3939	0.0587	0.1799	-27.9201	-7.9427	14.0978
3	0.0474	-0.0199	-0.1121	0.4572	-0.1349	0.3167	-0.0167	-0.4389	-0.1394	0.0266	0.0572	-0.0288	0.0361	0.3116	-0.0016	0.1619	-0.0031	-0.0003	0.1932	-0.0017	0.1694	-8.4401	-14.0984	15.9501
4	0.4282	0.0145	0.167	0.51	0.0104	0.088	-0.1945	-0.1436	-0.2809	0.1636	-0.0694	0.0398	0.6216	0.1488	-0.0698	0.2749	0.051	0.0487	0.1511	0.0177	0.2042	-6.7987	-21.3476	9.4057
5	0.2556	-0.0964	-0.2056	0.1149	0.0662	0.1663	-0.1658	-0.5781	-0.4089	0.1382	0.0591	-0.0733	0.0877	0.7741	-0.04	0.1917	0.0136	-0.0193	0.3924	0.0817	0.2092	-9.9144	-14.1724	25.9526
6	0.0241	-0.0369	0.0115	0.0439	-0.0308	0.0673	-0.2441	0.0649	-0.2608	-0.1666	0.0657	0.1906	-0.112	-0.3013	0.0009	0.2138	-0.0274	-0.0057	0.1601	0.0044	0.1993	-13.6939	-18.8055	13.1563
7	0.1433	-0.1787	0.0287	0.1504	0.0404	0.206	0.0365	0.0856	0.0828	-0.1578	-0.0574	-0.188	-0.1476	-0.0481	-0.0001	0.158	-0.0004	0.0233	0.1587	-0.0091	0.141	-13.39	-8.8439	2.2295
8	0.1547	-0.0458	-0.0312	0.2064	0.1948	0.2019	0.0751	-0.1694	0.0447	-0.1266	-0.138	0.0639	0.0828	-0.0599	-0.0093	0.1511	-0.017	0.0115	0.1248	0.0156	0.1102	-19.312	-12.4568	6.9152
9	0.2487	-0.3101	0.0109	0.3861	-0.1071	0.4064	0.0913	-0.0689	0.0787	0.135	0.1126	0.0132	0.0528	-0.0006	0.0889	0.1598	-0.0008	0.0101	0.1586	-0.0241	0.1398	-14.0734	-6.9454	11.781
10	0.5349	-0.2116	-0.3261	0.2996	-0.0503	0.9638	0.0488	0.0121	0.1909	0.1187	0.1578	-0.1903	0.1193	0.0503	0.0827	0.1234	0.0008	0.0199	0.1685	-0.0276	0.1878	-5.2256	-9.1442	2.6943
11	0.6424	0.2841	-0.441	0.431	0.2824	0.582	-0.1319	0.2711	-0.1026	0.0089	0.1733	-0.0352	0.15	-0.0655	0.0317	0.1973	-0.0487	0.0029	0.1787	-0.0029	0.1652	-30.4914	-19.809	-8.5787
12	1.4549	0.5868	0.1313	0.4291	-0.3053	0.587	-0.2076	0.4312	-0.541	-0.2736	0.2175	-0.1304	0.4425	-0.1079	-0.0876	0.3346	-0.0329	0.0798	0.2202	-0.0541	0.3117	-31.6128	-28.253	-8.2934
13	0.5809	-0.0845	0.66	0.0378	-0.1394	0.8157	0.0789	0.1547	-0.0482	-0.447	0.2838	-0.3081	0.1887	0.1576	1.0144	0.4737	-0.2814	0.0958	0.664	-0.3643	0.1624	-32.5185	-24.3921	-21.5575
14	0.6378	0.6663	-0.0591	0.6457	0.091	0.4833	-0.1167	0.0292	-0.1758	-0.047	0.0514	-0.0308	0.1386	-0.0468	-0.0785	0.1726	-0.0124	0.0402	0.1942	0.0002	0.2205	-32.0812	-20.3532	-1.1099
15	0.1816	0.2138	-0.1724	0.3379	-0.1242	0.2844	-0.0179	0.2234	-0.2107	-0.0578	0.0546	-0.0261	0.0529	-0.0458	-0.005	0.1133	-0.0195	0.0009	0.1809	-0.0019	0.1438	-30.6187	-16.4522	-4.2506
16	0.7081	0.2165	-0.3534	0.208	-0.1233	1.1372	-0.0934	0.0971	-0.368	-0.0311	-0.053	-0.0049	0.3945	-0.0588	-0.2299	0.1755	-0.0322	0.0435	0.1666	0.0227	0.2383	-39.3251	-24.9566	0.9362

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 17 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 18 through 25 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 26 through 40 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 41 through 52 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 53 through 57 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 58 through 63 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 64 through 76 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 77 through 85 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 86 through 93 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 94 through 111 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 0 through 25 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 26 through 52 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 53 through 57 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 58 through 76 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 77 through 93 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 94 through 111 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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